Glyma.12g024600

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.12g024600

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm12
Start:	1781192
stop:	1803922
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.12g024600

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT4G38760.1	AT	Protein of unknown function (DUF3414)	JGI	N/A	IEA
GO:0006405	GO-bp	RNA export from nucleus	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0006606	GO-bp	protein import into nucleus	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0006913	GO-bp	nucleocytoplasmic transport	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005622	GO-cc	intracellular	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0044611	GO-cc	nuclear pore inner ring	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0017056	GO-mf	structural constituent of nuclear pore	EnsemblGenomes	N/A	IEA
KOG4833	KOG	Uncharacterized conserved protein	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.12g024600

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.12g024600 not represented in the dataset	Glyma.12g024600 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

Related Plant Genes

Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.12g024600

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.11g098600	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.12g024600 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma12g02771	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.12g024600

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.12g024600.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g024600 ID=Glyma.12g024600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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TAGCTGTGGTTACTGCTATGGTTAAATCCTTGGGAGACAATTCTTCTGGCACCGCTATTGTGGACAGCATGATACCGTACTTTTTTTCAGAGAAAGCTCGTCTTATTTTTAATTCTCTAAATGCCCCAGACTTTCCTTCTGATGATCATGACAAGAAAAGACCTCGGGCACAGAGGGCATGGATTTCTTTAGCTACTCTTAAAGAAACTGAACATACTTTGATGCTCATGTGTGAGCTAGCAAAACATTGGAATTCATGGATTAAGGCAATAAGAAATGTGGATAGACAGCTTAGAGAGAAGTGTATCCATCTTTTAGCCTTCATTAGCAGGGGATCTCAACGCCTTAGTGAATTGTCAAGCAGAAATGCCCCTCTTTTATGTCCACCTACTGTGAAAGAGGAATTTGAAATTTGCTTAAAACCTTCTTATGTCAATAGCAAAAATGGATGGTTTGCTCTTTCACCACTCGGATGTGTGCCAAAACCGAAGATCTCTTCTTTCTCAACTGCATTATCTACCTATGGTCAAGCAACTGAGAGTAGGAATCCTGCTTCAAAAACAGGCTTCTCTGATACTGTTGCCTTGCAGGTATATAGAATAGCATTTCTCCTTTTAAAGTTTCTTTGTTTACAAACTGAGGGTGCTGCTAAAAGGGCTGAGGAAGTTGGGTTTGTTGATCTTGCACATTTTCCTGAGCTTCCAATGCCAGAAATCTTGCATGGACTGCAGGTACCATGATCTTCACAAATCACATGCATATAATGTTTACATTTTTATAATAAGCCCAAATTTAGAAGTATTTGAAATTCTGTCAATGGTTTGATTTATGGGTGTGCTTAAGGCTTGCTTTATGCCAAAAATGATTTGTTGTGGGATGCCTGAATCCAAGAAGCAAATAATTGGATGTTTGTCTGAGCCTTATTTTCTTTTGGGTGCAGGATCAAGCTATTGCCATTACTACGGAGCTCTGTGAAGCCAACAAACTAAAGGTCTCCCCAGAAACACAGGATGTTTGCAACTTATTGTTGCAAATACTTGAAATGGCCTTGCACTTGGAACTTTGTGTTCTACAAATTTGTGGCATAAGACCTGTATTAGGACGTGTGGAGGATTTTTCAAAGGAAGCCAAATCTTTATTTAGTGCATTGGAGGGTCATGCTTTTCTAAAAGCATCTTGCAACTCTCTAAAACAGATGATATCGTGTGTCTATCCCGGATTGCTGCAGGGAGAGAATTTCATATAAGATTTGATGTAGACAAAAGAGCACATTATTAATTGTACAGAATTTCATAGTGCCAATTGTCAGTCTTCTTTCACTATGTAGCTAGGTTATCAACATGGGGATAATACATAGGCCGTGTGTTGCATGATTTTCGGTAGTAAATGAATTCTTTGTGCGGCCACGCACCGTGCCTCGGTGATGGTGATTGTGCCCAATGCTGTCTTGGTTTCGCTTGATCAGGACCTGTTCTAAAGGTTGACAAGTTTGACACAATTTTGCAAGGGATGTCAAATACTTGATTTTAACCATAGTTCGCAATTTGTGGTAAATGGACTATCATCATGTAAGTGAAATCGTAATTTACTTATCATATTGAATATCATGGCTCAACAGATTTACTTTATACATCTTTATATTAATTTAGGTCTCCTCTTCTCTAGGCGTTAAACGACCTTAAATATAGCCAAAGCTTATTGGTCTGCAATTTAATTGGCTTTTAAAGAATTCTGGAAAATACTGTATAAACAGGCCTATTTCCACAATTTTGGGTACTGAACTGACATGGTGGGTGCAATCGTAACTTGAAATGGTGATTATCACTTCATTCGGTATTGCCAGGCATGATGAGGGGTTCCTTATTCTAGTGCAGAATTTCACTATGTGCCAATATAAAATAGAATAATTGATACCATAAAGAAAGAGAGAAAAGTATATGGAGCTATCATAAATAGTCTTTTACAAATAGGAATTTTGTATTTTA

>Glyma.12g024600.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g024600 ID=Glyma.12g024600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AAAGCGCGAAAAAGAGAGAAAAATCAAATCAAATGAAAAATTAAACTAAACCCTTCCATTACTGTGTTTTCCGCAGTGTTAGGGTTTAACTttctcttcttcgttcccgttctcgttctcgtcctcTCCTCTAACAATGGCTGATACCAGTTCCGTGGATGCGTCTCTGTGGTGGGACTCATTCACTGTCCTCTTCTCTGAGCTTGAAAATTCCTCTCTGACCTCAGATCTCCCACCGAATTTGGCGAAGAAGTTGAAAGACAACCATGCCTGGTTCGTGGACACACTGACGCGCTTCAAACCGCCCAATCAGAGTTCAAAGGAAGCTTTGAGTTCAAAAACGCTGAAAATTGGATCTCACCAACTCACTATTCAACCTCAGCTGAAAGATACAGCGTTGCAGATTAGCTCCTGTCTGCTACTAGACGAGGTTCAATCATACATTCTTGTCGAAAGGTCCATCAAACACAACAATGCTGCTGTGGCTGATTCCATGGCTCCAGAGTTTCTTTACATGATGTTAGTTCAATATTACAAGGAGCGACAGTGCTTGCTAAAGTGCATCAGGTGGATTCTCATGCATGCTATACACAATGGTTATGTGGCTGAAGACAATACTATGAAGGAGGAGGCAAGAAAACTGTTTCATGATGGACTGGAAAATAAATTAATATTGTTCTTTAGCAATCTTTTGTCATGTAGTTTCCCAGAGCAAATGGATGTTGATCTTTTTACTCTGTGGGCTGAGGAGACTCTAATTGAAGACAACTTGGTTTTAGATATCCTTTTCCTAGCATATTATGATTCGTTTTGTACCTGTAGCAGTGAAATGTGGAAGAAGTTTATTTCTCTTTACAAGGGGATCTTAGCTGGTGATTATAATTTGGGAAAGCTATCAATTACAACAGAAACACAACAGTTGTCTTATCATGCTAAAGTTCAGCTGCTGCTTATTTTAATAGAAACCCTGAACCTGGAGAATGTTCTTCAAATGGTTCATGATGAAGTACCTTACAGGAAAGGCGTGTCTACATTTTCCATGACTGATGTTCAAGAAATGGATGCACTAGTTTCTACATTCAATGCTTTTGAAATGAAAGAAGCTGGTCCTCTAGTTCTAGCATGGGCAGTATTTCTTTATCTACTCTTGACACTTGTGGAAAAAGATGAAAATAATGAGCTAATGGAGATTGATCACATTAGTTATGTTCGTCAAGCCTTTGAGGCTGGATCCTTGCGTTATTGTCTTGAAATTCTTGAATGTGACATTTTGAAGGAATATGATGGCCCAGTGTCTGGATATCGCGGTGTTTTGAGGACATTTATATCTGCATTTGTTGCATCTTATGAAATCAACCTTCAGCCTGAGGACAGTAACCCCACTTTGATGCTGGATATTCTTTGCAAGATTTACCGTGGAGAGGAATCATTGTGTATTCAGTTTTGGGACAAGGAAAGTTTTATTGACGGTCCAATTCGGTCTCTTCTTTGCAACCTAGAGAGTGAGTTTCCTTTCAGGACACTCGAACTTGTACAACTCCTGTCATCCCTTTGTGAAGGAACTTGGCCTGCAGAGTGTGTGTATAACTTTCTAAATAGGTCTGTTGGTATATCATCCTTGTTTGAGATTAGTAGTGATTTGGAGGTAGTTGAGGCACAACAGGCAGTGCAAGTTCCTGGGGTTGAAGGTTTCTTTATTCCAGCTGGAACTCGTGGTAGTGTCTTGAGAGTTGTTGGAGAGAACACTGCCCTTGTACGATGGGAGTATTCACCATCTGGAATGTTTGTGTTACTCCTACATTTGGCCCAAGAGATGTATTTGAATAGCAAGGATGGAGTTGTTTATACTCTTGACCTGCTTAGTAGATTGGTGTCTTTTAACACTGGTGTTTGCTTTGCTGTGATGGACATCAGCAACTCTCTGCTATTTCATGATGTTGGTTTGATGGATGAGCAGGTTGAAAAGAGGGTCTGGGTAGTTGACATAATATGCAATCTTGTAAAAAACCTGACTCTGAATTCCTGCGGTGCTGCACTTATGTCAATGGGTGTCAAGATTTTGGGGATTATGTTGATTTGTTCTCCAGCTAATGTTGCAGCAACCACTCTAAATGCAAATCTTTTTGATATTACTTTGCAGACACCTACGTTCAACGTAGGCAGTAATGGTTTGTCAAGTGGGTCATGGTTGCTTTCTTGCAAACTGGCTAGGATGCTTTTAATTGACTGTGAGCAAAACAGTAATGACTGCCCCTTGGCAATATCAGTGCTGGACTTCACCATACAGCTTGTAGAAACAGGAGTAGAGCATGATGCTCTCCTGGCATTGATCATTTTCTCTTTGCAGTATGTCCTAGTCAATCACGAGTATTGGAAATACAAGATGAAACATATTAGATGGAAAATAACATTGAAGGTTCTTGAGTTGATGAAAAAATGCATTTCATCAATGCCTTATTATGGAAAATTGGGTGAGATCATAAACAACGTGTTGTTCTCTGATTCTTCCATCCATAACACACTATTCCAAATTGTTTGCACTAATGCACATGCTTTGGAGAAATTGCATGTAAGCCGCCTCTTTGATCCAATGGAAATTGAAGGGTTACAGCTTGCTATAGGTTCTGTTTTAGATATTCTTTCAGTCATGTTGACCAAACTTTCTAAGGATACATCATCGAACTTTCCAGTTTTTCTCCAAGCATTGTTCTCATGCACAACCAAACCGGTTCCTGTTGTCACTTCTGTTATGTCCCTGATTTCATACTCTCAAGATCCTGCCATCCAATTCGGTGCTGTTAGGTTTATTTCAATGTTATTTGCCATAGCAGATTGTATTCAACCATTTTCATATGGAATCACATGCTTCATTCCAGATAATGAGATCATGGATTTGAGGCACTCTGTGAACTACATACTGCTTGAGCAATCAGAATCAAATGAAGATCTCTTTGTTGCTACAGTCAATCTGTTTACTTCTGCTGCACATTACCAGCCTTCTTTCATTGTTGCTATCTTTGCTCTAGAGGAGAACACTGAAGGCCACTTGAGCATTGGTGATGCAAAGCTGCAAAAAAAGGAAACTTCTCCTACAACTGTAGTTTCTAAAAGATCAAGTCTTGTAGATGCACTTATGCACTATATTGAAAGGGCAGATGATCTGATCAAGAGCAATCCCCGCATACTGCTTTGTGTACTTAACTTCATGATTGCCTTATGGCAAGGGGCTCCCCATTATGCCAATCTCTTGGATGCTTTAAGAAGGCATGGAAAGTTTTGGGAACACTTGGCCAATGCAATCTCTAACATTGCTAGCAGTGAAATTCCCTTACTTAGGAGTCTTGAAGAAAAAGATGCTTTCAATCTGGCTTACTGTTTCCATTGTCAATCTTCCATACATGGAATCATGGCTTATGAATTATTCTTGCACAAGAAGTTGTTTCATGCAGAGTCACTTGTGAAGGATGTAGCTGAATCCAAGGACAAGGAGCAAAATGCCTCAAAAACAGAAAAATCCAAAGCACCAGATCTTCAGGATCTTAAGGGAATCTGGTCTTCATGGTTCAACGACTCTATTTTAGAGAAACTAATAAAGTCATACACTTCTTGTGGATATAATAATGATATATATGGTGGTGCAAAGGTCGCCACCAGTTTATTCTCTGTTCATGTGATGATGAAATTAGCAGTTTGTGACTCTGGAAGTATATCTGTGTTATTGCTTCAGAAGATTCATGAAATTCTGACGAAGCTCAGCATTCATCCTGCTTTCTCTGAATTGGTGTCTCAGTATTCACAACGTGGTTACAGTGAAGGGAAGGAACTAAAGAAATTGATACTCAGTGACCTCTTTTATCATTTGCAAGGAGAACTTGAAGGGAGGAAAATTGATATTGGCCCATTCAAAGAATTATCTCAGTATCTTGTCGAATCAAATTTTTTGGGAACGTATCAACACCTGTTCAATGAAGACTCTTTTACAAAGAACATGTTTACAAAGAATGTGTACTTGTTTGACCTTGCACACTTGCGAGAAGATTTGAGATTAGATTTGTGGGATTGTTCTAATTGGAAAACATCCAAGGAGATTGCAGAAACCATGCTGCGTTTCCTGCAGGATGCAAACTCAGTTATGTTGCTTTCAAGTTCAAAGCTTTCTGCTTTGAAAGGACTGATAGCTGTTTTGGCTGTCAACCATTATGATTCACAAGGGAGGGCTACAACTGGAGGGAGAATTTCAGATGAACTCATATTCGCTTTCATGGATAATATATGCCAATCTTTCCTTGCTACCATAGAGACATTATCATCTGTTCTAGACGCCTCTGAGGATATTCTTAACTTTCTTGCATGTCAAGCAGAATTACTCCTCCAGTTGACAAGAACTGTCTGTAAAAGCCTCTCCTTACATGTATCCCTACTTGTTCTGAAATGTGCTAGTTCAGGTCTTAAACTATTGAGTGCACTTAAGCCTTTACCTTCTGAGGCTAATCTGATCATGAAACTTTTACTCACATTGCTGCTTTCAGTACTACAGTCCGACTCCCTTAATGCGCATTCAGATGGGGCAACTGATGAGAGTTCTGGTGAGGACTTCTCAAAGGTTTCAAATGCAACCCTGGGACTACTACCCATTCTTTGCAACTGCATTGCAACTTCTGAGCATTGCATGCTATCCCTATCAGTTATGGACTTGATATTGAGACGCTTCTTGACACCCAGGACTTGGTTACCTGTCCTGCAGAATCATCTCCAACTGCCAATTGTTATGCTGAAACTCCATGATAAAAATTCTGCCTCTATTCCAATAATAATGAAGTTCTTTTTGACCCTTGCACGGGTTAGAGGAGGTGCTGAGATGCTTTATTGTTCTGGCTTCTTGTCATCTTTAAGAGTGCTATTTGCTGAATCCGGTGAGGATTTCTTGAGAATTGGTAGTGAGAATCTGGGCAGCTCATGTGAGAAGTTTGTAATACCGCAGGATATTTGGGGTCTTGGAT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>Glyma.12g024600.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g024600 ID=Glyma.12g024600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.12g024600

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.12g024600.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.12g024600.2 locus=Glyma.12g024600 ID=Glyma.12g024600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g024600.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.12g024600.4 locus=Glyma.12g024600 ID=Glyma.12g024600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain