Glyma.11g251500

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.11g251500

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm11
Start:	34283168
stop:	34289333
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.11g251500

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT5G43270.1	AT	squamosa promoter binding protein-like 2	JGI	N/A	IEA
GO:0005634	GO-cc	nucleus	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005634	GO-cc	nucleus	JGI	N/A	IEA
GO:0003677	GO-mf	DNA binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0003677	GO-mf	DNA binding	JGI	N/A	IEA
GO:0046872	GO-mf	metal ion binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
PF03110	PFAM	SBP domain	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.11g251500

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology


Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

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Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.11g251500

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.18g005600	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.11g251500 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma11g36980	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.11g251500

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.11g251500.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AAAGAGCACAGTGATTGTTGTGTTGTGTGAGTGCGAGAAACACGAAGAGAGGTTCATGGGTACTAGTACGAGGAGTACGTTTTCAGGTTCAGCTCTTTGTGTTACTCTTACCGGCAATCAATGCTAATGAAATGCTGAGATACTAGTAGTAGTATTTCAAATCCAAAACCAAATGCTGAATAATTTATCACCTTTTCCCCAAAATTTGATTTACAAAAGCAAAAGGCCATAAGAATCAGAAAAGGAAACAAAGACCACTGGTTTTGAGTCTGTTATCTGCTGCTTTACCTGATTTAGCTTACAAACACACACATCGAGTTCTGTGTTGATCGTTTGCAGATCACAGTGACCATTTGTGTATGAATTTCTAAGGTCTTGTCATGGAGTGTAATGCAAAATCTCTCGGGCAATGGGACTGGGAGCACTTATTCTTCTTCAATACAAAAGCAGCTGAAAATCCAAGGTTACAACCAACTGATTGTAGCAGTGAAGCAGATCGGGAAATCAACGTTGGAATGTTGCATCCATCAGGTGGTAGTGCTTGTTCTGGCTCTGAACTAATACATGCTTCTTCATCAAGGAGCTCAAAATCAGCTTCCAACAATTCATCATCAAATGGGGATAGCAAGGCATCTATATTGACTCTGGAAGGTTCTCATGATGATTCCACTGGGAAGAAAGAATTGTGCAATGGAGAGCCAATTGAAACTTCTCCTGCAGCAGTGCCCTCTCCTGTCTCTGGTGAACCGTTGCTCACTCTAAAGCTTGGTAAACGATTGTACTTTGAGGATGTCTGTACCGGAAGTGATTCCAAGAAACCATCTTCCTTTGACATTCCCATTTCATCAGGAAAGAAACATAAAACCAGTAGTCAGACTTTACAGCATCCAAGCTGCCAGGTGGAAGGCTGTGGCCTTGACCTCTCATCTGCTAAAGATTACCATCGCAAACACCGAGTTTGTGAAGCTCATTCCAAATCCCCTAAGGTGGTTATAACTGGTTTGGAACGCCGATTTTGCCAGCAATGTAGCAGGTTCCATGCTCTGTCAGAGTTTGATGACAAAAAAAGAAGCTGTAGGCGACGTCTTTCAGATCACAATGCAAGGCGCCGCAAACCTCAGCCTGACTCAATCCAATTAAATCCATCAGCTTTGTCTTCATCACCCTATGATGGGAGGCAAATAGTGAGTCCATTTGCATTTTCAAGGACTGCCACAAATTTAGCTTGGCAAGATATGCACCCCCAGACAAAAGAATTTCTCCCGAAGCCTGCAAAAGCCTTCAATAAGATACCGAGTATTGTCTCCATGCTTTCTGATGATTCCAGTGGCCTTCTAACATCTAGAGGCATAGCAACGAAGAGTACTGTTCCAGATGTTGCAGGTATGGAAGATCCCATTAGGTTGTCTGATCCAAACGGTACACAAGATGTTAACCGTGCTCTCTCTCTTCTGTCAACGAATTCTTCATCTTCATGGGGTGCATATGAGACTAAGTCCCTTTCTTTGGAACACTCCACTCGGGCAACACACTCAATCACTCAGCATCACTTACCACTTCCTTCCTCGGCAGAGTATTGGCACACTGATCATCAACAACATTCAAGCATGTGTATCTCATTCACGGATTGCGATAGCAGCAATCGCTTTCAAGACTTTCAGCTGTTGAGCTCACCCTATGAATCACCTTTTCCTTGCAACCAACTGGATTAACAACACTATGCTTCTACTTCAACAAAATTTCTAGGGTGCTGTCTTTCATTTGCTTGCTTTTTCAAATGGAGATTAATTAAAACTGCATGTTGATTGCAGTTCGAATGGTGTAAGACCTGTTCTCTTGAAAACTCCCAAGACATTTTCATTTTGTACCAGACTGCGCTCATTTCAATTTTAACTTTAATTTCTACTTAACCTACCATGTCTCCACCAGCAACAGTTTTTTATACCTTAGCTTCTTACCTATGTTACGCACATCTCCCTACTTCATAATACTATTTACTCACATCCCAAAACAAATATTGCATTTGATTTTTTAATATAAATTAATTATTCTTTTTC

>Glyma.11g251500.14 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AAAGAGCACAGTGATTGTTGTGTTGTGTGAGTGCGAGAAACACGAAGAGAGGTTCATGGGTACTAGTACGAGGAGTACGTTTTCAGGTTCAGCTCTTTGTGTTACTCTTACCGGCAATCAATGCTAATGAAATGCTGAGATACTAGTAGTAGTATTTCAAATCCAAAACCAAATGCTGAATAATTTATCACCTTTTTTGCAGATCACAGTGACCATTTGTGTATGAATTTCTAAGGTCTTGTCATGGAGTGTAATGCAAAATCTCTCGGGCAATGGGACTGGGAGCACTTATTCTTCTTCAATACAAAAGCAGCTGAAAATCCAAGGTTACAACCAACTGATTGTAGCAGTGAAGCAGATCGGGAAATCAACGTTGGAATGTTGCATCCATCAGGTGGTAGTGCTTGTTCTGGCTCTGAACTAATACATGCTTCTTCATCAAGGAGCTCAAAATCAGCTTCCAACAATTCATCATCAAATGGGGATAGCAAGGCATCTATATTGACTCTGGAAGGTTCTCATGATGATTCCACTGGGAAGAAAGAATTGTGCAATGGAGAGCCAATTGAAACTTCTCCTGCAGCAGTGCCCTCTCCTGTCTCTGGTGAACCGTTGCTCACTCTAAAGCTTGGTAAACGATTGTACTTTGAGGATGTCTGTACCGGAAGTGATTCCAAGAAACCATCTTCCTTTGACATTCCCATTTCATCAGGAAAGAAACATAAAACCAGTAGTCAGACTTTACAGCATCCAAGCTGCCAGGTGGAAGGCTGTGGCCTTGACCTCTCATCTGCTAAAGATTACCATCGCAAACACCGAGTTTGTGAAGCTCATTCCAAATCCCCTAAGGTGGTTATAACTGGTTTGGAACGCCGATTTTGCCAGCAATGTAGCAGGTTCCATGCTCTGTCAGAGTTTGATGACAAAAAAAGAAGCTGTAGGCGACGTCTTTCAGATCACAATGCAAGGCGCCGCAAACCTCAGCCTGACTCAATCCAATTAAATCCATCAGCTTTGTCTTCATCACCCTATGATGGGAGGCAAATAGTGAGTCCATTTGCATTTTCAAGGACTGCCACAAATTTAGCTTGGCAAGATATGCACCCCCAGACAAAAGAATTTCTCCCGAAGCCTGCAAAAGCCTTCAATAAGATACCGAGTATTGTCTCCATGCTTTCTGATGATTCCAGTGGCCTTCTAACATCTAGAGGCATAGCAACGAAGAGTACTGTTCCAGATGTTGCAGGTATGGAAGATCCCATTAGGTTGTCTGATCCAAACGGTACACAAGATGTTAACCGTGCTCTCTCTCTTCTGTCAACGAATTCTTCATCTTCATGGGGTGCATATGAGACTAAGTCCCTTTCTTTGGAACACTCCACTCGGGCAACACACTCAATCACTCAGCATCACTTACCACTTCCTTCCTCGGCAGAGTATTGGCACACTGATCATCAACAACATTCAAGCATGTGTATCTCATTCACGGATTGCGATAGCAGCAATCGCTTTCAAGACTTTCAGCTGTTGAGCTCACCCTATGAATCACCTTTTCCTTGCAACCAACTGGATTAACAACACTATGCTTCTACTTCAACAAAATTTCTAGGGTGCTGTCTTTCATTTGCTTGCTTTTTCAAATGGAGATTAATTAAAACTGCATGTTGATTGCAGTTCGAATGGTGTAAGACCTGTTCTCTTGAAAACTCCCAAGACATTTTCATTTTGTACCAGACTGCGCTCATTTCAATTTTAACTTTAATTTCTACTTAACCTACCATGTCTCCACCAGCAACAGTTTTTTATACCTTAGCTTCTTACCTATGTTACGCACATCTCCCTACTTCATAATACTATTTACTCACATCCCAAAACAAATATTGCATTTGATTTTTTAATATAAATTAATTATTCTTTTTC

>Glyma.11g251500.15 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.16 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.18 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.18.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.11g251500

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.11g251500.11 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.11g251500.11.p locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.12 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.11g251500.12.p locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.14 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.11g251500.14.p locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.17 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.11g251500.17.p locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.17.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.18 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.11g251500.18.p locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.18.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.11g251500.2.p locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.11g251500.3.p locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.11g251500.4.p locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.11g251500.5.p locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.11g251500.6.p locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g251500.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.11g251500.7.p locus=Glyma.11g251500 ID=Glyma.11g251500.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.11g251500

Limit To All Plant Sequences

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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain