Glyma.11g114500

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.11g114500): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Report for Sequence Feature Glyma.11g114500

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm11
Start:	8740182
stop:	8744368
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.11g114500

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT1G76390.1	AT	ARM repeat superfamily protein	JGI	N/A	IEA
GO:0005634	GO-cc	nucleus	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005737	GO-cc	cytoplasm	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005488	GO-mf	binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005515	GO-mf	protein binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005515	GO-mf	protein binding	JGI	N/A	IEA
KOG0166	KOG	Karyopherin (importin) alpha	JGI	N/A	IEA
KOG4224	KOG	Armadillo repeat protein VAC8 required for vacuole fusion, inheritance and cytosol-to-vacuole protein targeting	JGI	N/A	IEA
PTHR23315	Panther	BETA CATENIN-RELATED ARMADILLO REPEAT-CONTAINING	JGI	N/A	IEA
PTHR23315:SF36	Panther		JGI	N/A	IEA
PF00514	PFAM	Armadillo/beta-catenin-like repeat	JGI	N/A	IEA
PF05804	PFAM	Kinesin-associated protein (KAP)	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.11g114500

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.11g114500 not represented in the dataset	Glyma.11g114500 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Related Legume Genes

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

Related Plant Genes

Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.11g114500

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.12g040400	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.11g114500 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma11g12221	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.11g114500

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.11g114500.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g114500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g114500.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g114500.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.11g114500

Limit To All Plant Sequences

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Predicted protein sequences of Glyma.11g114500

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.11g114500.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.11g114500.1 locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g114500.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.11g114500.2 locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g114500.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.11g114500.3 locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g114500.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.11g114500.4 locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g114500.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.11g114500.5 locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g114500.6.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.11g114500.6 locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g114500.7.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.11g114500.7 locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g114500.8.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.11g114500.8 locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.11g114500.9.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.11g114500.9 locus=Glyma.11g114500 ID=Glyma.11g114500.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain