Report for Sequence Feature Glyma.10g141400
Feature Type: gene_model
Chromosome: Gm10
Start: 37489560
stop: 37495624
Source: JGI
Version: Wm82.a2.v1
High confidence: yes
A previous version of this gene model can be found here:
Annotations for Glyma.10g141400
Proteins Associated with Glyma.10g141400
Locus Gene Symbol Protein Name
PHYA1 Phytochrome A gene 1
PHYA1 Phytochrome A gene 1
PHYA phytochrome A
Expression Patterns of Glyma.10g141400
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
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Related Legume Genes
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS .
Gene information in GlycineMine developed by LIS .
Related Plant Genes
Gene families from PhyloGenes .
Paralogs of Glyma.10g141400
Paralog Evidence Comments
Glyma.20g090000 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.
Gene model name correspondences to Glyma.10g141400 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding Name Annotation Version Evidence Comments
Glyma10g28170 Wm82.a1.v1.1 IGC As supplied by JGI
Transcripts of Glyma.10g141400
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.10g141400.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.10g141400 ID=Glyma.10g141400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.10g141400.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.10g141400 ID=Glyma.10g141400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.10g141400.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.10g141400 ID=Glyma.10g141400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TTTGGTATATTGGCCACTCATAAAAGCTCGAACTGTAGAACGAATAAAAATGAGGAATTGTTTAATATTATTTTTATTTTAATAATCAGAGTTCATTCCCCAGTAACTCCCACATTCACATGGTGCTCGAACTGGGTACTATAAAAATGATATCTTTATGCCATGGTGGTCTCTGGTCACACTCACAGTTGTGGTGGTGAGTTTGAAGAAGACTAGAGGGGGTTGGGTTCCATGGTTGTTGTTGTTGCCCACACCTCTTTTCTTTATTTTAACCCTTAGCCTCATTGCTTCCTTCCCTTTGTTCCCACTCTTTCGCTTTCAAGGAGCGATGAGTTGGATGGTTAAGATTGGAGGGaagaggatataagTGCAGTTTGGAGTGAAAATGTCTACCTCAAGGCCTAGCCAATCATCCAGCAATTCAAGGAGATCAAGACATAGTGCTAGAATGGCTCAGGCAACTGTAGATGCAAAAATCCATGCAACTTTTGAGGAGTCCGGTAGTTCCTTTGATTACTCCAGTTCGGTGCGTGTCTCTGGTACAGCTGATGGAGTCAATCAACCAAGGTCTGACAAAGTTACAACAGCTTACCTCAATCACATGCAGAGAGGCAAGATGATTCAGCCTTTCGGTTGCTTGTTGGCCATTGATGAGAAAACATGTAAGGTCATTGCATACAGTGAGAACGCGCCCGAAATGCTGACCATGGTTAGCCATGCTGTCCCCAGTGTTGGTGACCACCCTGCCCTTGGCATTGGCACTGACATAAAAACTCTATTCACTGCACCAAGTGTTTCTGGATTGCAGAAGGCTCTAGGATGTGCGGACGTTTCGCTTCTTAACCCCATACTTGTCCATTGCAAGACCTCTGGGAAGCCCTTTTATGCAATTGTCCATCGCGTCACTGGTAGTTTGATCGTTGACTTTGAGCCAGTCAAGCCTTATGAAGTTCCCATGACTGCAGCAGGTGCCTTGCAATCTTACAAGCTTGCTGCCAAAGCAATTACCCGATTGCAATCATTGCCTAGTGGGAACATGGAAAGACTATGTGATACTATGGTTCAGGAAGTTTTTGAACTCACAGGTTATGATAGGGTGATGGCTTATAAATTTCATGAGGATGATCATGGAGAGGTGATTGCTGAGATAACAAAGCCCGGTCTTGAGCCATATCTGGGTTTGCACTATCCAGCCACCGACATTCCCCAGGCTTCACGCTTTTTATTTAGGAAGAACAAGGTTCGTATGATAGTTGACTGTCATGCAAAACACGTGAGGGTTCTTCAAGATGAAAAACTCCAATTTGATTTGATTTTGTGTGGTTCCACCTTAAGAGCTCCTCATAGTTGCCACGCGCAGTACATGGCTAACATGGATTCAATTGCTTCCCTGGTTTTGGCAGTTGTAGTCAATGACAACGAAGAAGATGGGGACACTGATGCTGTTCAGCCACAAAAGAGGGAGAGACTTTGGGGTTTGGTAGTTTGCCATAACACTACTCCCAGGTTTGTTCCCTTTCCTCTAAGGTATGCTTGTGAATTTCTGGCTCAAGTATTTGCCGTCCATGTGCACAAAGAAATAGAGTTAGAATATCAGATTATTGAGAAGAATATCCTGCGCACCCAGGCACTCTTGTGTATGCTGATGCGAGATGCACCCCTAGGAATTGTATCAGAGAGTCCTAATATAATGGATCTAGTTAAATGTGATGGAGCTGCCCTCATATACAGGAACAAAGTATGGAGATTAGGAGTGACACCAAGTGAACCCCAGATAAGAGAGATAGCTTTGTGGTTGTCTGAGTACCATATGGATTCCACAGGCTTTAGTACAGATAGCTTGTTTGATGCAGGGTTCCCATCGGCTCTTTCTCTGGGTGATGTTGTGTGTGGAATGGCATCTGTTAGAGTAACTGCAAAAGACATGGTATTTTGGTTTCGGTCACACACTGCTGCAGAAATCCGATGGGGTGGTGCAAAGCATGAGGCTGGAGAAAAAGATGATAGTAGGAGGATGCATCCAAGATCATCATTCAAGGCTTTCCTTGAAGTTGTGAAGGCAAGGAGTTTACCTTGGAAGGAATATGAAATGGATGCTATTCATTCCTTGCAGATAATACTGAGAAATGCATTCAAAGAAGATACCGAGAGTTTGGATTTAAACGCAAAAGCAATTAATACAAGACTAAGTGATTTGAAGATTGAAGGGATAAACGATTTGAAGATTGAAAGGATGCAGGAACTGGAAGCAGTGACAAGTGAGATCGTTAGGTTGATTGACACAGCAACAGTGCCTATTTTGGCCGTTGATGTTGATGGGCTGGTCAATGGGTGGAACATAAAAATTGCTGAGTTGACGGGTCTTCCAATTGGTGAAGCTACTGGAAAGCATTTACTCACACTTGTTGAGGATTCTTCAACTGATAGAGTCAAGAAGATGCTTAACTTAGCACTGCTAGGTGAAGAAGAGAAGAATGTCCAATTTGAGATCAAAACACATGGGTCTAAGATGGATTCTGGTCCTATTAGTTTGGTAGTAAATGCTTGCGCGAGCAGGGATCTTCGAGATAATGTTGTCGGGGTTTGTTTTGTGGCCCATGATATAACTGCTCAGAAGAATGTCATGGACAAATTCATCCGTATTGAAGGTGATTACAAGGCAATTGTACAGAACCGCAATCCATTAATCCCTCCTATATTTGGCACAGATGAATTTGGCTGGTGTTGTGAGTGGAATCCAGCTATGATGAAGTTAACTGGATGGAAGCGAGAGGAGGTGATGGATAAAATGCTTTTGGGAGAGATTTTTGGCACCCAGATGGCTGCTTGTCGCCTAAAGAATCAAGAAGCTTTTGTTAATTTGGGCGTCGTACTTAATAAAGCCATGACTGGTTCAGAAACAGAGAAGGTTCCTTTTGGTTTCTTTGCTCGGAATGGCAAGTATGTAGAATGCCTGCTTTCTGTGAGTAAGAAATTGGACGTAGAGGGCCTAGTTACTGGGGTCTTCTGCTTCTTACAGCTAGCTAGCCCAGAGCTCCAACAAGCATTACATATTCAGCGTCTATCTGAGCAAACTGCTTCGAAGAGATTGAATGCATTAAGTTACATGAAAAGGCAGATCAGGAATCCTTTGTGTGGAATTGTATTTTCCCGGAAAATGTTGGAGGGTACTGACTTGGGAACAGAACAGAAACAACTTCTGCGCACTAGTGCTCAGTGCCAGCAGCAGCTTAGTAAAATTCTTGATGACTCAGATCTTGACACCATCATAGATGGTTACTTGGATCTTGAGATGGCTGAGTTCACCCTGCATGAAGTTCTGGTTACCTCCCTTAGTCAAGTCATGACAAAAAGTAATGGAAAGAGTATCCGAATAGTCAATGATGTTGCAGGGCATATTATGATGGAAACTTTATATGGTGATAGTCTTAGGCTTCAGCAGGTCTTGGCTGACTTTTTACTTATTTCCATCAATTTCACTCCAAATGGAGGTCAGGTTGTTGTAGCAGGCTCTCTAACCAAAGAACAGTTAGGCAAATCTGTCCATCTTGTTAAGTTAGAGCTCAGCATAACACATGGTGGGAGTGGGGTACCAGAAGTGTTACTGAATCAGATGTTCGGAAACAATGGGCTAGAATCCGAGGAGGGTATTAGCCTACTGATAAGCAGAAAGCTGCTGAAGCTGATGAATGGAGATGTTCGCTATCTAAGGGAAGCAGGCAAATCAGCTTTTATCCTCTCTGCTGAACTTGCTGCAGCCCATAATTTGAAAGCTTAAAAGTTTTGGAAAAAAGAATAAAAGATGATGCAACAGCAACACAATCTGTTTTCTACATCATAAAGAGAACGGAGCTAGAAATTAATTTGCATCCAATGTAACTCTAATTTGTTCCCACGTTTCTTTAACTGCTTCTTGTAACGTACGTTGTAGATATGTATGATTAATCTTCTTCCCATTCCTTGACCTGTTCTCATTCTCACTAGAGCTTTTCCTTATTTATTCCTTCAGCAAACAGCAATGATGAGGCTAATTCTGTCTCTCGCTTCTTATCTTCACGTGTTAGCCATGGTTT
Coding sequences of Glyma.10g141400
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.10g141400.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.10g141400.1.p locus=Glyma.10g141400 ID=Glyma.10g141400.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.10g141400.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.10g141400.2.p locus=Glyma.10g141400 ID=Glyma.10g141400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.10g141400
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NR Limit To All Plant Sequences
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>Glyma.10g141400.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.10g141400.4 locus=Glyma.10g141400 ID=Glyma.10g141400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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