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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT5G02880.1 | AT | ubiquitin-protein ligase 4 | JGI | N/A | IEA |
GO:0016567 | GO-bp | protein ubiquitination | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005737 | GO-cc | cytoplasm | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0004842 | GO-mf | ubiquitin-protein transferase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0004842 | GO-mf | ubiquitin-protein ligase activity | JGI | N/A | IEA |
GO:0005488 | GO-mf | binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016740 | GO-mf | transferase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0061630 | GO-mf | ubiquitin protein ligase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
KOG0170 | KOG | E3 ubiquitin protein ligase | JGI | N/A | IEA |
PTHR11254 | Panther | HECT DOMAIN UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE | JGI | N/A | IEA |
PTHR11254:SF73 | Panther | E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE TRIP12 | JGI | N/A | IEA |
PF00632 | PFAM | HECT-domain (ubiquitin-transferase) | JGI | N/A | IEA |
Glyma.10g049100 not represented in the dataset |
Glyma.10g049100 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.13g136900 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma10g05620 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.10g049100.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.10g049100 ID=Glyma.10g049100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.10g049100.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.10g049100 ID=Glyma.10g049100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.10g049100.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.10g049100 ID=Glyma.10g049100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.10g049100.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.10g049100.1 locus=Glyma.10g049100 ID=Glyma.10g049100.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||