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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT4G00450.1 | AT | RNA polymerase II transcription mediators | JGI | N/A | IEA |
GO:0006357 | GO-bp | regulation of transcription by RNA polymerase II | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0006357 | GO-bp | regulation of transcription from RNA polymerase II promoter | JGI | N/A | IEA |
GO:0016592 | GO-cc | mediator complex | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016592 | GO-cc | mediator complex | JGI | N/A | IEA |
GO:0003712 | GO-mf | transcription cofactor activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
KOG4522 | KOG | RNA polymerase II transcription mediator | JGI | N/A | IEA |
PF09497 | PFAM | Transcription mediator complex subunit Med12 | JGI | N/A | IEA |
Locus | Gene Symbol | Protein Name |
---|---|---|
MED12-3 | Mediator Complex 12 gene 3 |
Glyma.09g259400 not represented in the dataset |
Glyma.09g259400 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.18g232900 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma09g39551 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.09g259400.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g259400 ID=Glyma.09g259400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 CTTTAACTAAAAATTATTATAACTAGCTCCTCCACCTTCACTGTTCTTCCATTGTGATTCACAGAAAACACCACCAACTCAACACAATCATCATCGTCACTACCAATTTTTTTTAATAAAAAAACCAAAAAAAAAATACAAAGAGTCAAACCCTCGACCACACTACAGAGACTCTTCTTCTTCTTTGTTGCTCTGTTTCTCTCTCTTACATTCTCACTCTTTCCGTCAAAGTTTGCAATTTTTCTTCCCAGTTTAGCTATTACAGCTACTTGTAGTGGTTTGATGCTGAGGGCAGTATGCTGGTTATGATTGGGGGAAATGCAAAGGTATCATGCTGGCAGCTGCACTAGTGCAGTTAATAACAGTGCAATTGGTGGGCCATCCACTAGGGACATTGGAAGAACTGATTCATCTTCTTTGCCGGCTAACTTTCCTGTGAGTTCAAGGCGACAACCACCATTAGCCCCATACAAGTTGAAGTGCGATAAAGAACCTCTGAACTCTAGGCTTGGGCCTCCTGACTATCACCCCCAAACACCAAATTGTCCTGAAGAGACTCTGACCAGAGAATATTTGCAATCTGGATATAGGGACACAGTTGAGGGGCTTGAGGAATCTAGAGAAATTTCTTTGACCCAGGTTCAAAATTTTGGCAAGACAGTTGTCCTTAGTTGCAAAGAGGCTATTAGAAAACGTCTACGGGCAATCAATGAATCTCGTGTGCGGAAACGGAAGGCTGGTCAAGTATATGGAGTGGCTCTTTCTGGGTCACAACTTGCTAAGCCTGGTGTTTTCCCTGAACAAAGGCCTTGTCCTGAAGACTTTCGGAAGAAATGGATTGAGGGCTTATCTCAACAGCACAAGCGATTACGATCTTTGGCAGATCTTGTTCCTCATGTTAGAAGGAAATCACTTTTAGAGGTTCTTATTAGGAATAATGTTCCATTGTTGAGGGCTACCTGGTTTATAAAGGTTTCTTACCTGAATCTGGTTCGGCTGGGTTCTGCTAGTATTCCTTCTGGGACTGCTGACAAAACTCAGCTGTCTTGTTCTGAGCTTTGGACAAAAGATGTTATTGAGTACTTGCAAACTCTTCTTGATGAATTCTTCTCAAAAAATACTTCTCATTTTACTCCTCATAATCGGGACCAATCGCCCCAAGTACCTTATACTGCGTCGCTTCAGCACAGAAGTGACCAGTTATTATCTGTTGCTGATGGTGAAGAACCATCTTTACATTTTAGATGGTGGTATATTGTTCGGCTTTTGCAATGGCATCATGCTGAAGGGCTTCTTCTTCCTTCTCTTATCATTGACTGGGTTTTGCGTCAATTACAGGAAAAACAATTGCTTGAGATTTGGCAGCTGCTATTGCCTATTGTATATGGCTTTTTAGAAATTGTTGTTCTATCTCAAACATATGTTCATACTCTTGCTGGTGTAGCTCTTCGTATTATTCGTGATCCTGCTCCTGGTGGATCAGACCTTGTAGATAATTCCCGGAGGGCATATACTACTTCTGCTCTGATTGAGATGCTCCGATATTTAATATTTGCGGCTTCAGAGACTTTTGTTGCTTTGGATTGCTTTCCTTTGCCATCCTCTGTAGTTTCACATACAATAAATGATGGGAATTTTGTACTGAAAGCAACTGAAGCTGCAGGAAAGATAATAAATAGTTCAGAAGATGTTGTGTGTTTATTTAGAAGTAAAGGATTTGATGCACAATTCCAGTCATTGGCATTTGATCATGTCATTTCGTGCATTCAAGAACGTGTAGAAGATCTCACAAAGGCTGTAAGCCCAGGTTATCCAGGTCAATGTCTGGCTAAAGCTTCCCAAGCCTTGGATAAATCCCTTGTACTTGGTGATATACATGGAGCATACAAATTTCTTTTTGAAGATCTTTGTGATGAAACTGTATCTGAAGGTTGGGTTGCAAAAGTCAGCCATTGTTTAAGGTTATCGCTGAAGTGGTTTGTGACTGTAAATAAATCACTTGTTTATTCAGTGTTTTTCCTGTGTGAGTGGGCAACATGTGATTTCAGGGATTTTCGAAATGCTCCTCCTTGTGACGTAAAGTTCACTGGCAGGAAAGATCTTTCCCAAGTCCATATAGCAATTAGACTTTTAAAGGTGAAGCTAAGGGATATGCAGATTTCACCAAAGCAAAAGAGTGGAAGCACTCGTGGTCATGGAGTCAGTTATTTAGCAAAATGTTCAAGTCTGCAGAGTAATCAGAATTTTGTGAACAATGCATTCAAAATAAAATCTAGTTCAAGAAATTTGGATCAGAATATCTGTTCTTCAGCTATATTTGAAAGCCCAGGTCCTCTACATGATATTATTGTTTGTTGGATTGATCAGCATATGGTGCATAAAGGGGAAGGTTTCAAACGCCTACATCTATATATAGTGGAACTCATACGGGCAGGCATCTTTTACCCACTGGCATATGTACGTCAGCTGATAGTGAGTGGGATCATGGACATGAATGTAAATGTGGTTGACTTGGAGAGACAGAAGAGACATTGCCGAATCTTGAAGCAGCTTCCTGGGAAGTTTGTGCGTGGTGCTTTGGTAGAATCAGGGATTAGTGAAGGGCCATGGCTCACTGAAGCATTGCGGGTTTACTTGAATGAACGCCGCCTCATACTTCGTGGTTCCTTATGGGAGAACCACGACAATGCCAATAATGTGAATATATCTTCTCTCAAGCGAAAACACTGTACAACTTCAACAAAAGACAGAGCTTCTACGGTGTCAATTGATCCATGGAAGAGTATTTTTTCTAATAAAATATCCTCTAAAAATGCAAAGGATGACAATTGTGTTGAAGAACTGAAGACATTCATCTCAACCCTGTTACAGCTACCAAAAAGTTTAACTAATTTGAGCACTACAGGATTGGATGAATCTCAAGGCAGTGTCAGAAAACCTATTGGGTCTCACAACAAGATTGATCTAGTGGAGGCTACACCTGGGTGTGAAGAATGTAGAAAATCAAAGAGGCAAAAATTGAGTGAGGAAAGAAGTTCATTTGTTCAAGCTCCGTCTCTAGTACTGTCTGATGATGAAGACACATGGTGGGTTAAGAAGGGGCTAAAATCCTCCGAGCCTCTCAAAGTTGATCAACCACTTAAGTCAACTAAACAGGTTACTAAGACTCGGCAGAAGACTGTCCGTAAAACCCAGAGTCTTGCTCAACTGGCAGCTTCTAGAATTGAGGGTAGCCAAGGGGCATCAACAAGTCATGTGTGTGGCAATAAGGTTAGCTGCCCTCACCATAGAACTGCTATGGATGGAGATACAACAAGGTCTGTTGATGGAATTCGATCAGGTCACTGTGAAGATATTGTTTCAATTGGAAGGGCACTAAAACAGCTGCGCTTTGTTGAGAGAAAGGAAGTAACACTTTGGCTGATGACTGTATTTAGGGAGCTTATTGAAGAGAGTGAAAAAGATGTTGGTAAAGTTAGCCAGTTTGGCAGGCCTTTTGCCACTGTGGATGATAAAAGTTCAATACGGTGGAAACTTGGTGAGGATGAACTTTCTGCTTTACTTTATTTGATGGATGTCTCAGACGATTTAGTATCAGCTGTCAAATTCCTCGTATGGTTGCTGCCAAAGGTTTATATTAGCCCAAATTCTACAATTCATAGTGGAAGGAATGTGGAGAACCAAGCTTGTGATGTTGGCGAGGCTTTTCTGTTATCATCGCTGAGAAGGTATGAGAATATTCTTACTGCAGCAGATCTTCTTCCTGAAGCTCTGTCATCTATAATGCATCGTGCTGCGGCTATTATAGCAGCATCTAATGGGAGGGTTTCTGGTTCAGGTGCCCTAACTTTTGCTCGTTATTTATTAAAAAAATATGGCAATGTGGTCAGTGTCATTGAGTGGGAGAAAAGTTTTAAGAGTACATGTGATAAGAGACTTGCTTCTGAACTAGAGTCTGGACGGTCAGTTGATGGAGAGTTAGGGCTTCCACTTGGTGTTCCTGCTGGAGTTGAGGACCCTGATGACTTTTTCCGTCAAAAGATAACTGGTGGCCGGTTCCCGTCCAGAGTAGGTTCAGGCATGAGAGATGTTGTACAGCGTAATGTGGAAGAAGCATTTCTTGATCTTTTTGGAAAAGACAGAAAGCTCTTTGCTGCTGGTACACCAAAAGGTCCTGCTTTTGAAAAATGGGATAATGGATATCAAATTGCAAAACAAATAGTTATGGGTTTGATAGATTGCATAAGGCAGACTGGTGGTGCTGCTCAAGAAGGGGACCCCTCTTTGGTTACTTCTGCTGTTTCTGCCATAGTTGGCAGTGTTGGTCCAACATTAGCAAAATTGCCTGATTTTTCAGCTGGCAGTAATCATTCAAATATGTCATTGGCTACAAGTTCATTGAACTATGCTAAATGCATTCTGCGAATGCATATAACTTGTTTGTGTTTGCTTAAGGAAGCCTTGGGAGAACGTCAAAGCCGTGTATTTGAGATTGCACTTGCAATGGAAGCTTCTACTGCTCTTGCTGGAGTTTTTGCTCCAAGTAAAGCATCTCGAGCTCAGTTTCAAATGTCACCTGAAACCCATGATACTGGTACTATTTCAAATGATGCTGCAAACAACAGTAGTAAAATTGTGGTTGCAAGAACAACGAAAATTAGTGCTGCTGTTTCTGCACTTGTTGTTGGTGCAATTATATGTGGTGTTACCAGCCTGGAAAGAATAGTAACCATTCTCAGACTAAAGGAGGGCCTGGATGTTGTACAATTTGTAAGAAGCACAAGATCCAATTCAAATGGGAATGCACGTTCAGTTGGGGCTTTTAAGGTGGATAGTTCAGTTGAAGTTCATGTCCATTGGTTTAGATTGCTTGTTGGGAACTGCAGAACCATCTGTGAAGGCTTAGTGGTGGATCTCTTGGGTGAACCGTCCATTGTTGCTCTTTCAAGGATGCAGCACATACTTCCTCTAACTTTGGTCTTTCCACCTGCCTATTCAAT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>Glyma.09g259400.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g259400 ID=Glyma.09g259400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||