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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research




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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.09g234400): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.09g234400

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm09
Start:45674348
stop:45693559
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G54280.1AT DNA binding;ATP binding;nucleic acid binding;binding;helicases;ATP binding;DNA binding;helicases JGI N/AIEA
GO:0003676GO-mf nucleic acid binding JGI N/AIEA
GO:0003677GO-mf DNA binding JGI N/AIEA
GO:0004386GO-mf helicase activity JGI N/AIEA
GO:0005488GO-mf binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding JGI N/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding JGI N/AIEA
KOG0392 KOG SNF2 family DNA-dependent ATPase domain-containing protein JGI N/AIEA
PTHR10799Panther SWI/SNF-RELATED MATRIX-ASSOCIATED ACTIN-DEPENDENT REGULATOR OF CHROMATIN SUBFAMILY-RELATED JGI N/AIEA
PTHR10799:SF225Panther TATA-BINDING PROTEIN-ASSOCIATED FACTOR 172 JGI N/AIEA
PF00176PFAM SNF2 family N-terminal domain JGI N/AIEA
PF00271PFAM Helicase conserved C-terminal domain JGI N/AIEA
PF02985PFAM HEAT repeat JGI N/AIEA
PF12054PFAM Domain of unknown function (DUF3535) JGI N/AIEA

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.09g234400 not represented in the dataset

Glyma.09g234400 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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View a gene family containing related genes from other legumes at LIS

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.


View gene and ortholog information at GlycineMine

Gene information in GlycineMine developed by LIS.



View a gene family containing related genes from other plant species at PhyloGenes

Gene families from PhyloGenes.


ParalogEvidenceComments
Glyma.12g002300 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma09g36910 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


>Glyma.09g234400.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g234400 ID=Glyma.09g234400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g234400.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g234400 ID=Glyma.09g234400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TCGACTAATCCCTAACTATTTACGGACTCTCTTTTTCGACTCACACACTCTGCCCTGCCGCCGGCAATTTCCTCGGCTCCGGCACCCAACTCTGCCGACGACCACTTGAATCACAACCACGGGTTCGTTTCTCATTCTTCCATCGCTCCTTCAATTTCTTATTCCCTGCACCGCATGATCTATTATTTCTCACCGTCTGCATTTTCGTAGCCAATCTGAATATTGTTTTTCATTATTATTTTCGCCATTAAACATCGCTGATTTGAATCCCACATTCTGGCTTATTGAATTCTTTAGCTTTTATTATTTCTCGGTATAAAACAATGGAGCCAATCCAAACTCACGATCTGTTTGCCTTTTCCTTTCAATTTCTATAGTCACGTGTTTTTCCCTAGGTGTATCCAGCTCTTCGCAATCCATTTTTACTCGCCCTGGATTGTTGAACTTGCTCTATTGTATGAAATGACCGTTTAGTTGAGATCACTGTATAATGACAGAGAAAAAACCAATCGGTTTTCGTGGTGGATGAACAGGCATAAAGATAGTGTACTCCTAATACTGGTGGCTGTGCTAAATAACCAATTAAAAAAACTATTCTGGGTGGAGGAATAGCTGGGCATTTGCTCGTGTTATTACGTCACTATTATATCATTGCCAATTTTATTTTATTTAAGAAGGATGTTCTTTTATTAGCAAAAGGCAGAAACAATTTACATTGGGCAGGGTAACATATTCTACTAAAATTTAAAATTAAAAGAATATAGCAAGCCACAGAAGCTAGAATATCTAATGAAGCAATCTAGACCATTTATACATCATTTGCGAGATTTACCCCAAAAACAACCATGAGGAGAGCACCACCAAAGAGAAGCCACAAACCTGATCCTACCCCCATTACACAAACTAAATGGCTAAGTGCTAAAGTCAAATCCTTAAAAATGCTTTATGGGACACTGTTGAAAGGAAATTGCTGTAATTATAAGCCTGGCACTAATGCCCTGACCTGAAACGAAATGCCTGCAGCACAACCCAAAAGATTATAGGCAAAGGGAGCAAAAAAGCACTTGGAATGATTTGCTATGGCCCAGCAGTCATCTAGGCTTCAGCGTTTGCTTACTCTCCTAGATACTGGGTCAACCCAAGCAACAAGGTTGACTGCTGCTCGTCAGATAGGGGACATTGCAAAATCACACCCTCAAGACTTGACCAGTCTTCTTAAGAAGGTTTCTCAATATTTGCACAGTAAAAATTGGGATACACGAGTTGCAGCTGCTCATGCAATTGGGTCGATTGCTGAGAATGTTAAGCACATAAGTTTGACTGAACTTTATGCTTGTGCTGTATCAAAAATGTCTGAGAATGGGATATCTTGTAGCATTGAGGATCTGTGTGCATGGTCTTATTTACAATCAAAAGTTACTGGAAGCTCATTTAGAAGCTTTGATATGAACAAGGTGCTTGAATTTGGAGCCTTGTTAGCATCTGGAGGACAGGAATATGATATTGGAAATGATAATATAAAGAACCCAAAGGAGCGACTGGTTCGTCAGAAGCAAAATCTTCGACGTCGTTTAGGTTTGGATGTCTGTGAACAATTTGTGGATATCAGTGATGTAATAAGAGATGAAGATCTTATGGCATCCAAATCAGACTCACATCTGAACGGGATAGATCGTAGACTTTTTACTTCTTGTTCTGCACATAACATCCAGAAAATGGTTTCAAACATGGTTCCTAGTGTCAAATCAAAGTGGCCAAGCGCAAGAGAATTGAATCTTTTAAAGCGTAAAGCAAAAATTAACTCTAAGGACCAAACAAAAAGCTGGTGTGAAGATGGAAGTACAGAGGCGTCAGGTGCTCAAAATTTGACTTCGAAAGGCACATGTCCCGATTCAGTAAATTACAGTAAGGCATTCGTGGGTGTTAATCACGATGAAGATGGCCTTGAACATGATGGGGATGGACAATGGCCTTTCCACACTTTTGTTGAGCAACTTATTATTGATATGTTTGATCCTGTTTGGGAGGTACGACATGGCAGCGTGATGGCATTGAGAGAGATTTTAGCACATCAAGGTGCTTCTGCTGGAGTATTTAAACCTGACTCACGCATGGGTGGGACCTTGTTTATTGAATTAGAAGACAAAAGTATACCAAATATATTGAAGAGAGAGAGGGAAATTGGTTTAAATATGCAAGTTTCAACAGATGAGTTTGTTTCAAACTTGAAGAGGCCAAAACTTGAAGATGTATCATCATCAACCTCTATGGATAGTGTGATGACTTGCAACAATGAAGCTGATATTGAAATCAGCATTAGTTCTGAAACCCATGGATTCAATTTGGCTTTGGATTATGGGAATAGGCAATTTAATGGTAATTCTGTTGACATGGATTGCTCTGATGGCTTACATGATGCATGCAAGGAGCCTGCTAATATAGCAGAACAGAATGGTTATTCTGATGATAATAAGGTTCCCTCTGAAAATCTTAGTGTGCTGAGAAATCTTCCTCAGAATTGTGAGCTGATGCACTCGGTTAAAGTGGTTAGAAGTTCCTGGCTTCGAAACTGTGAATTTCTTCAAGACTGTGTGTTACGCTTTTTGTGCGTGTTGTCACTTGATCGCTTTGGAGATTATGTATCTGATCAGGTTGTTGCTCCAGTGCGTGAAACCTGTGCACAGGCTTTAGGTGCTGCATTTAAGTATATGCATCCCGCACTAGTTAATGAAACATTGAACATATTGTTGAAAATGCAGTGTAGGCCAGAATGGGAGATTCGACATGGCAGTCTTCTTGGTATCAAATATTTGGTTGCCGTACGGCAGGAGATGCTTTCGGATTTGCTTGGATGCGTTCTTCCTTCTTGTAAATCTGGGTTGGAGGACCCAGATGATGATGTCCGAGCAGTTGCTGCTGATGCTTTAATACCAGCTGCATCTGCAATTGTTTCCTTGCAGGGTCAAACATTGCATTCAATTGTGATGCTTTTATGGGATATATTGCTTGATTTGGATGATTTAAGTCCATCCACCAGCAGTGTAATGAATCTGCTGGCAGAAATCTATTCTCAAGAAGATATGGCCCCAAAGATGTACAAAGTTTTTAAATTGGCAGAAAATGAAATGGAAAATGGAGTAGGTGGTTGTGGTGATGTTGATGGAGAAGAAAATCCTTATGTGCTTTCAACATTGGCACCACGTTTGTGGCCCTTTATGAGGCACAGTATCACATCTGTTCGTTATTCTGCGATACGGACTTTGGAGAGGCTACTTGAAGCTGGATATAAGAGAAGCATGTCTGAGTTGTCTAGTGTTTCGTTCTGGCCCTCTTTTATATTTGGAGATACCCTTAGAATTGTCTTCCAGAATCTTCTATTGGAAACAAATGAGGATATTTTGCGATGTTCCGAGAGAGTTTGGAGTCTCCTTGTTCAGTGTTCTGTGGAGGACTTGAAGATAGCTGCGAGGTCTTATGTGGCTTCTTGGACAGAACTTGCATCTACTCCATTTGGCTCAGCATTAGATGCCTCAAAGATGTATTGGCCTGTTGCTTTTCCACGAAAAAGTCAAATTAGAGCAGCTGCTAAAATGAGAGCTGCAAAAATTGAAAATGAAAGTGGTGTGGATTTTAGTCTTGAATCTATAAAAGGAATTATTCCACCAGATAGAAATGGGGATGTTCCTATGAATTCTGTTAAGATAGTTGTTGGTGCTGAGGTAGACACGTCTGTAACTCATACCCGGGTAGTTACAGCAACTGCTTTGGGAATTTTTGCTTCTAAGCTGCCAGAGGGTTCTTTAAAATATGTGATTGATCCACTTTGGAGCTCTCTAACCTCGTTGTCTGGTGTCCAACGCCAGGTTGCATCTTTGGTACTTATTTCTTGGTTCAAGGAGATTAAGAACATAAATTCGTCCAAAAACTTTGATGGTATCCCTGGTGCCCTCAAAGATTGGTTGCTAGACTTATTAGCATGTTCTGACCCAACATTCCCAACAAAAGATTCACTTCTTCCTTATGCTGAGCTTTCAAGAACTTATGGGAAGATGTGCAATGAGACTGGCCAATTACTAAATGTGATCAAGTCTTCTGGTATGTTTAATGAGTTGCTGACAGCTACCCAAATTGAGTTGGATCGCTTGAGTGTGGATGATGCCATTGGTTTTGCATCAAAAATTCCAACTTTGTGTAATGATAGTTCTGCAAATGAATCCTTGGGAAAGAACATCATGGATGATATCGAATCCTTGAAACAGAGACTCTTGACTACTTCTGGATATTTAAAATGTGTTCAGagtaatttgcatgttacagtcacatctgcagttgcagctgcagttgTCTGGATGTCTGAATTTCCTACACGACTTACCCCAATCATTTTGCCTTTGATGGCTTCAATCAAACGAGAGCAGGAGGAAATACTGCAAATGAAGTCAGCTGAGGCCCTTGCCGAGCTAATGTATCACTGTGTTGCACGAAGACCTTGCCCCAATGATAAATTAATTAAGAATATATGTAGTTTAACTTGCATGGATCCCTCTGAGACCCCTCAAGCCAAATCCCTTTGTTCCATGGAGAGTATTGATGACCAAGGTTTTCTGTCTTGTAGAACTCCTGTGAGCAAACAGAAGTTAAAGGTCCATGTGCTGGCTGGTGAGGATCGGTCAAAGGTGGAGGGATTTTTAAGTAGACGGGGATCTGAGCTAGCATTGAGGCATCTATGTGAGAAGTTTGGTGTGTCATTATTTGATAAGCTTCCTAAGCTGTGGGATTGCCTTACTGAAGTGCTTAAGCCCAGCTCCTCTGAATCTCTACTTGTCACTAATGAAAAGTCAGCTACTCTGTCTATTGAGTCTGTTAGCGATCCTCAGGCCTTGATTAACAATATCCAGGTGGTGCGTTCTGTTGCTCCCATCTTAAATGAGGAGTTGAAGCCAAAACTGTTGACACTTCTCCCATGCATTTTTAAATGTATTCAGCATTCTCATGTTGCA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>Glyma.09g234400.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g234400.1 locus=Glyma.09g234400 ID=Glyma.09g234400.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g234400.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g234400.2 locus=Glyma.09g234400 ID=Glyma.09g234400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g234400.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g234400.3 locus=Glyma.09g234400 ID=Glyma.09g234400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g234400.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g234400.4 locus=Glyma.09g234400 ID=Glyma.09g234400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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