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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT4G19420.1 | AT | Pectinacetylesterase family protein | JGI | N/A | IEA |
GO:0071555 | GO-bp | cell wall organization | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005576 | GO-cc | extracellular region | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005618 | GO-cc | cell wall | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0009505 | GO-cc | plant-type cell wall | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016020 | GO-cc | membrane | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016021 | GO-cc | integral component of membrane | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016787 | GO-mf | hydrolase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0052793 | GO-mf | pectin acetylesterase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
KOG4287 | KOG | Pectin acetylesterase and similar proteins | JGI | N/A | IEA |
PTHR21562 | Panther | NOTUM-RELATED | JGI | N/A | IEA |
PTHR21562:SF1 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
PF03283 | PFAM | Pectinacetylesterase | JGI | N/A | IEA |
Glyma.09g216800 not represented in the dataset |
Glyma.09g216800 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.01g151600 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma09g35050 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.09g216800.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g216800 ID=Glyma.09g216800.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.09g216800.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g216800 ID=Glyma.09g216800.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.09g216800.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g216800 ID=Glyma.09g216800.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 ATCTTATATCGGTGAGTGTTAGGTCGAAGTGAAAAAAGAGTTGGAAAGTTGAAATGAATAGTTCATTCATTCATTCACCGAATGGAGAATGCGAGAATAAGCCAGTGGTTGATCCTTCTGGTGTGTGCGCTGCTGTTGCTGATATCAGAAGCTTCTTATGTGCCAATCACTATTGTTCAGAACGCGGTAGCAAAAGGAGCTGTTTGTTTGGATGGGAGTCCACCAGCTTATCATTTTGATAGGGGATTTGGATCAGGGATTAACAATTGGTTGGTTGCATTTGAGGGAGGAGGATGGTGCAACAATGTCACTACTTGCCTTGCTCGCAAGACCAATCGTTTAGGTTCATCTAAGCAAATGGCCAAGCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAGATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCATTTACTGGTGATGTGGAAGCAGTGAATCCAGTGACTAAGTTGCACTTCAGAGGAGGTAGGATTTTCAATGCTGTCATGGAGGATTTACTAGCAAAAGGAATGAAAAATGCTCGAAATGCTATTATCTCGGGATGTTCAGCTGGAGGATTAACATCAGTACTGCATTGTGATCGATTTCGAGCTCTATTACCTAGGGGAGCTAGAGTGAAATGCCTCTCAGATGCTGGTTACTTTATCAATGGAAAGGATGTCTTGGGAGAACAACACATTGAACAGTACTTCAGTCAAGTTGTTGCCACACATGGCTCTGCTAGGAATTTGCCTCAATCGTGCACTTCAAGACTTAGCCCAAGGCTGTGCTTTTTCCCACAATATTTGGTGTCACGTATCACTACACCAATCTTCTTTGTAAACGCGGCTTACGACTCATGGCAGATTAAGAACATTTTGGCACCGGGTGTTGCTGATCCTGAAGGCCATTGGCATAGCTGCAAGCTTGATATAAACAACTGCTCACCTGATCAACTTGATCTAATGCAAGGCTTCAGGACAGAATTTTTAAGGGCTATAACTGTGCTAGGCAACTCTTCATCTAAAGGAATGTTCATAGACTCTTGCTATGCCCACTGCCAAACTGAAATGCAGGAGACATGGTTGAGAAGTGACTCTCCAGAGCTGAAAAAGACAACAATTGCAAAGGCTGTAGCAGATTGGTTTTATGAAAGAAGGCCTTTCCATCAGATAGATTGCCCTTACCCTTGCAACCCCACTTGTCACAACCGTGTTTTCGATCCACAAGACGACCATCCAGGAAAAAATGTGACCGCGAAAGGAACATCAGATGCATCAGCTACAAAGCCCAATTTTCCCAAACTAACAAACAAGGCACAGTGGATTGAACTTGTGTGCATTAGTCGCGGGATCAGTGGGCTTCTACTAACGTTGGTTCTTCTGGTCATCCTATAAAAGCTGGTTTGCTTTTTTGATTAAATATGAGTATATGACACAGCTGGACCATCTCTCCTACTGTTTTCCATAACAAGATGAAATAAAAGCCAATCCCATTGAATTGATCACTTTTTGACTTCATACAGACTGCAATAAACTTCAGACAGAGCTTCATAATGAGATCCAATCAGTGTAAGCTTGAACTTTACTGCAGTTACTTGGCCTATATTTGTATTTACTGATTTATTTTTGGGGGAGGGGATGTTCTGGTAATTCTGCTGAGCTTCTTTTTGAATGTCCTGTATTACGAAAAACATTTAATTTTGTGAAGCATGGAATTTTTTCCTGCAAAATTGCTCAACTTTGAAAAATATACTCTTAAGTTGCTGGATTCTCCCACGTATCTAGGTAAGTAGATAGGATTCAAGGAGAGTTGGGTGATGGTTCTGCTACTAATGGAGCATGTAGGATGATTGTTTCTGGTTGTGCACTGCTGAGCGATAATAAACTGTACTCTATATGGCTAATATGAACTTTATACATTGGTTTAAGATGTCAGTGGAGGAGAATTGAAAGAGGTTACGGTGTTACACTAATTGCTTAAGTATATCTAGCAATCCATGAATTGAAAAGCACAATTGCTGGAAGTTTCTAATACAAATTTTGAACTTCTCAACTGATTAATTTAGGAGACGTCTACTGTGCGTGTTAGAGCGAGGTTATGACTATGCTAATCCCAATTCCTGTGATTTTGGGGCACACTGATCTTGTAATTCAACAGGTGTGAAGTTCCATTAGCCTGGAATCTTGTGTTAACTTACTTGCAATCCTGGGATATTTTACAATGCTACACGTTGAATATCTCTCTATCCATAATtgttaatttattgtcaagtgtactaaattatcaaaggtagtaaagtaattagaagtgtgaccgtgtaa 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>Glyma.09g216800.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g216800 ID=Glyma.09g216800.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.09g216800.7 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g216800 ID=Glyma.09g216800.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.09g216800.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g216800 ID=Glyma.09g216800.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.09g216800.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.09g216800.1.p locus=Glyma.09g216800 ID=Glyma.09g216800.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||