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Warning: get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.09g168700): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1025

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.09g168700

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm09
Start:39338715
stop:39352099
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.09g168700
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G17700.1AT cyclic nucleotide-binding transporter 1 JGI N/AIEA
GO:0006811GO-bp ion transport EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0006811GO-bp ion transport JGI N/AIEA
GO:0034220GO-bp ion transmembrane transport EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0042391GO-bp regulation of membrane potential EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0055085GO-bp transmembrane transport EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0055085GO-bp transmembrane transport JGI N/AIEA
GO:0071805GO-bp potassium ion transmembrane transport EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005887GO-cc integral component of plasma membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane JGI N/AIEA
GO:0016021GO-cc integral component of membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005216GO-mf ion channel activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005216GO-mf ion channel activity JGI N/AIEA
GO:0005249GO-mf voltage-gated potassium channel activity EnsemblGenomesN/AIEA
KOG0498 KOG K+-channel ERG and related proteins, contain PAS/PAC sensor domain JGI N/AIEA
PTHR10217Panther VOLTAGE AND LIGAND GATED POTASSIUM CHANNEL JGI N/AIEA
PTHR10217:SF7Panther JGI N/AIEA
PF00520PFAM Ion transport protein JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.09g168700
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.09g168700 not represented in the dataset
Glyma.09g168700 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.09g168700
ParalogEvidenceComments
Glyma.16g218300 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.09g168700 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma09g29880 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.09g168700
>Glyma.09g168700.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g168700.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g168700.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
CAATTAAATGTAATGAGATGTGGAATACTGGTGTTGGACCCAAAATAGGGTTACATGTCATCGTGTGAGTTTCGCAATACCCTCTATGGGGATGCTAGGGATTGGGCAAGAAGACTTTTTGATTTCTTGATTCCACTTGTTCCTAGAGTTATGAATCCTCATAATAGACTTGTACAACAATGGAATAAATTTTTTGCAATTTGTTGCTTGGTGGCAATTTTTGTGGATCCATTATTTTTCTTCTTGCTCTCTGTGCAGAAGAACCATCAATGTATTGTTATAGACTGGACTATGACAAAAATGCTGGTTGTACTTAGAAGCATGAATGATTTCATACACTTCCTAAACATTGTTCTTCAGTTTAGGTTGGCTTATGTGGCTCCTGAGTCGAGGGTGGTTGGTGCTGGGGAGTTAGTTGACCATCCTAAGAAAATAGCCCTTCACTACCTTCGGACATCTTTTGTTATTGACTTATTTGTTGTACTTCCACTTCCTCAGATATTCATATTGTTTGTCCAACCGAAACACTTGGGGTCATCAGGAGCAAACTATGCAGGTTTCTTCCTACCGAAACACTTGCGTATCGTGATCATTGTTCAGTATATTCCCAGATTGTGTAGGTTTCTTCCTATGCTAATTTCTCCAACAGGATTAATATTTGAGTCACCATGGGCAAGTTTCTTTATAAATCTTTTTACCTTTATGCTATCTGGCCATGTTGTTGGATCATGGTGGTACCTCTTCGGTTTGCAGAGGGTTAATCAGTGTCTACGAGATGTCTGCCAGAAAGTAATCAAAGAACATAATGAATGCGCAAAATTCATTGATTGTGGGCATGGTCAAGCTGAAGAAAATCAAAATAACCCAACCTTGCATAATTGGAGGAGCAATTCTGAAGCAAGTTCTTGTTTTACTGAAGATGGTTTTCCATATGGGATCTATAATAAAGCTGTTAACCTTACTGCAGATCAAAATGTGATCACTAGATATGTATATTCATCATTTTGGGGATTCCAGCAAATTAGTACTCTGGCTGGCAATTTAACCCCCAGCTATTATGTTTGGGAAGTCATCTTTACCATGGCAATCATAGGATCAGGACTGTTGTTGTTTGCCCTTCTCATTGGAAACATACAAAACTTTCTTCAGGCTCTTGGGCGCAGGAGGCTAGAAATGTCACTTAGACGATGTGATGTTGAGCAATGGATGAGCCATCGGCGCTTAGCGGAAGATCTGAGAAGGAGAGTGCGACAGGCTGAACGTTATAACTGGGCCGCAACAAGAGGGGTGAATGAAGAAATGCTCCTGGAGAATTTGCCAGAAGACCTCCAAAGGGACATCAGACGTCATCTCTTTACATTTATTAAGAAAGTTCGAATTTTCGCCTTGTTGGATGAGCCTATCTTGGATGCCATATGTGAGAGGCTAAGACAAAAAACATATATCAAAGGGAGCAAAATTTTTTATGATGGCGGTTTGGTAGAGAAGATGGTTTTCATTGTGCGTGGAAAATTGGAGAGTGTTGGCGAAGATGGAATTAGTGCTCCCCTTTATGAAGGAAGTGTTTGTGGTGAAGAACTTCTGACATGGTGTCTTGAGCATCCTTTAGCAAGCAAAGTTTCTCTTGTAGGTTGTGGAAAAGCAAGGATTCCAAGGCAAAAGTTGGTTAGTAACCGGACAGTAGGCTGCTTAACGAATGTGGAGGCATTTTCCCTTAGAGCAGCAGACCTTGAAGAAGTTACAAGCCTTTTTGCAAGATTCTTTCGGAGTCCCCGTGTTCAAGGAGCCATAAGGTATGAATCACCTTACTGGAGATGCTTTGCAGCAACAAGCATCCAGGTTGCATGGAGATACAGGATGAAATGTCTTAGTCGTGCTGACACTACACGATCAAATGAAATATCAAAGATTTACAATTCACTGTAATATCTAAGGTATATTAGACACAATAGGTATGCATAGCTACAAAAATATATTGTAAATTCACTAGTTTGTATTGGAAGTTCCTAGAAAAATAAATATATTTTTTTTTAGTCTTTTCAGTCATGAGTTAAATATACAAGATAAATTATATAAATAATTATTTTTATCTTTTAATTTA

>Glyma.09g168700.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g168700.14 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g168700.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g168700.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.09g168700.7.p locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g168700.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.09g168700.8.p locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.09g168700
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>Glyma.09g168700.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g168700.2 locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g168700.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g168700.3 locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g168700.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g168700.4 locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g168700.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g168700.5 locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g168700.7.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g168700.7 locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g168700.9.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g168700.9 locus=Glyma.09g168700 ID=Glyma.09g168700.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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