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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT5G46410.1 | AT | SCP1-like small phosphatase 4 | JGI | N/A | IEA |
GO:0006470 | GO-bp | protein dephosphorylation | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016311 | GO-bp | dephosphorylation | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0004721 | GO-mf | phosphoprotein phosphatase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005515 | GO-mf | protein binding | JGI | N/A | IEA |
GO:0016791 | GO-mf | phosphatase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
KOG1605 | KOG | TFIIF-interacting CTD phosphatase, including NLI-interacting factor (involved in RNA polymerase II regulation) | JGI | N/A | IEA |
PTHR12210 | Panther | NUCLEAR LIM INTERACTOR-INTERACTING FACTOR-RELATED | JGI | N/A | IEA |
PTHR12210:SF6 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
PF03031 | PFAM | NLI interacting factor-like phosphatase | JGI | N/A | IEA |
Glyma.09g088300 not represented in the dataset |
Glyma.09g088300 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.15g196400 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma09g11585 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.09g088300.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g088300 ID=Glyma.09g088300.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.09g088300.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g088300 ID=Glyma.09g088300.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||