SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research



Report for Sequence Feature Glyma.09g060600

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm09
Start:5661672
stop:5675338
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G28430.1AT JGI N/AIEA
KOG2219 KOG Uncharacterized conserved protein JGI N/AIEA
PTHR21481Panther UNCHARACTERIZED JGI N/AIEA
PF09758PFAM Uncharacterised conserved protein JGI N/AIEA

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


ParalogEvidenceComments
Glyma.15g167100 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma09g06820 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


>Glyma.09g060600.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g060600 ID=Glyma.09g060600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TTGCATCACTTTTCAAGATTCCTTGAAAttcttcttaaacttcttcttcttctACCTGGTTCGTTAATTTGAGGCCAAGTGTTCCTGCTTCTTTCGGTGATAGTCTCTCTCATCGCGATCTTTCGAAAACCCTACTTTCTTtctctctctctctctctctctctctctctctctTCTGAAGCTGCTCGGAAGTTTCGAATTCGATTCCAGCATGAATTTCAGTGAGCTCAATTCGGCGCTGTGATCCGCACAACCATGTGGTTTTCCTTCTGGAGATCCAGAGATCGTTTCACCTTGGATCATCTCAGGTACTTAACTGATCAATTGGCGAAAGTTCAGATAGTAAACGAGGTTAATAAGGCACTGAGATCTATTGCGGAGTTGATAACATATGGTGACCAACACGACCCAAGCTTTTTTGAATTCTTCATGGAAAAGCAAGTTGTGGCAGAGTTTGTACGTGTTCTTAAACTTAGCAGAACCGTTAGTATTCCACTTCAGTTGCTACAGACAGTGAGCATTATGATCCAGAACCTAAGAAGTGAACACGCTATATATTATATGTTTAGTAATGAACATATGAACTACCTAATTACATATTCATTCGACTTTCACAACGAAGAGCTATTGTCATACTACATATCCTTTTTAAGAGCAATAAGTGGAAAATTGAACAAGAATACAATTTCTCTGCTTGTGAAGACTCGCAATGATGAAGTAGTTTCATTTCCACTGTATGTTGAGGCAATACGCTTTGCCTTTCATGAGGAGAACATGATTCGCACTGCTGTACGTACTGTGACCCTTAATGTTTATCATGTTGGGGATGAATGCGTTAATAGATATATAACCAGTGTACCTCACACCGATTACTTCTCGAACCTGGTTTCATTTTTTAGGAATCAATGTATGGATTTAAATAGACTGGTCTCTGAAACACTCAAAAATCCATGCCCAGATTCAACTTCTACAATTATTGCTGCTGTAGATGAAATTGAGGATAACCTGTATTACTTTAGCGATGTTATCTCTGCTGGAATTCCTGATGTTGCGAGGCTAATAACAGACAGCATTTTGATGCTTCTGATTTTTCCGTTACTTCTTCCTTCCCTGAGAGTAGTGGATGCTAATGACATGCAAAGTGGTGTTGTCACTTCTCTCTACTTACTTTGTTGCATCTTAAGGATAGTCAAGATCAAAGATTTGGCAAATACCATAGTCGTTGCTCTTTTTTATCCCTTAGAGACCTTTACAAGATTTTCTAGGGGTAAAGTCAATGGCTATATCTCTGAATTTGGTCTTACATCCATAAGCCAAGAACCAGATGATGATAATATTGCCAAGGGCAATGCAGGATGCTTGACAGTGAATGTGCCAAACTCTTCTAGTTCTTCAGGTTTCGACCCAGAAAGTGTTATGTCAGAAGATAATTGTAGCAGTTCAAATTTGGCTTTAAGGGAGGTTTTGCTTTCATATGTTACTAAAGGGGATGATGTACTAGTTTGGGGTTCTTTGAGTGTTCTTGCCACTCTACTGCAAACTAAAGATAGGCTTGGAATTCTTCCACAACGCAAACAGCACAAGAAACAGTTATTGCAAGCTTTGGTTGGTGAGGCTTCAGGTGAAGATCAACTTTTTTCTTCTGAAAATAGCTTGATGAGGGATGGCAGTGGATGTGAGCTTGATGTCTATCTTGAAAAGATCAAGGAGCAATATGGGTTATCTTTTCTGCCTTCTGATTTTCTTATGAGCCCTCGTGTGCCTAGATTTCAGGTGCTCGATGCATTAGTGAGTCTCTTTTGCCGTTCTAATATATCTGCAGAGACACTGTGGGATGGTGGTTGGCTTTTACGCCAGTTGCTTCCTTACAGCGAGGCAGAATTCAATAGTCATCACCTGGAATTGCTGCAAGTTTCATACAAGAATTCTGCTACTGCTCTTGTAAAGGAGGTTAGAGGTTTCTGGCCCGATCTTCTTATTACAGTTCTTTGCAATGAGTGGAGAAAATGCAAAAAAGCAATGGAGTCATCATACCCTCCTAAAGAACCAAAGTGCATACTTTTTCCTTCTCAGATGCTATCTTCAGAAGAAGATATACCTGAGGGCTCATCATTTGCTGCTGGAGAAAAAATGCATGAACTAGTGAAGGTATTTGTAGTTCTGCACCAGCTTCAAATATTCACTCTAGGTAGACCTTTGCCTGAGAAACCTCTTATTTATCCTCCTGGTGATCTCCCAGCAAATTCTCGTGCCCAAACTTCTGGACTTGATGTTTCAGGCCCAAAACCAGGAACTGAAGTCAGCCTTGTTAATGCTGTGCCTTGTAGAATTGCTTTCGAAAGGGGCAAAGAGCGCCATTTTTGCTTTCTAGCAATCTCTGCAGGAACATCTGGGTGGCTTGTGCTAGCAGAAGAGTTGCCAATGAAGAAGCTCTATGGAGTTATTCGGGTTGCTGCACCTTTGGCTGGGTGCAATCCCAGGATTGATGATAAACACCCAAGATGGTTACATCTGCGGATCCGACCATCTTCTTTACCTGTTCTGGATCCTGCCAAGTTCAACCCCAACAGGAAATTAAAGACAAAAGCTTTTGTCGATGGAAGATGGACATTGGCGTTCAGGGATGAGGAGTCTTGCAAGTCTGCTTTATCCATGATTCTTGAAGAGATTAATTTTCTGAGTGACGAGGTTCACAGAAGACTAAAGCCTTTGCTTAACCTTGAAACCGCGTTGGATTTATCAGGCCCAGAGGAGGATTCCTCTTCACATTCAACAACACCTCCCAATTCGGTGTAAGGTCTTTGACTTTATTTGCAATAACATGTGGTTTTCTATTCAAGGGGTGGGAAATTATTAAGTCGGTCACCCTTTTTTTGTATATCCTCCAAATAGACATACCAAATTTGTAGATTAGCTACTGTGGTTTAGTGTCATTCTTTTTGTATATTAGTCTTTTCCTTTTGCTGCCTTTCATTCTTTAGGAGCTCTAACCTAGGCCCCATATTTTTGTTTGTATTACATTGTTGCTAAGCTCTGTAACAAATGTATATTTGAGGGAACCCCGTAAAGAAAGTTTTATTCCTTCTTGTCCAGACAAGTATCTATTTATTTTAACGAGCTATTGCTTAATTATTTGGATTATGGAATGATGATAGGTCTGGCTAGCTAACGATTCGTTTCATATCATGAGGAATTGCTGATGACTTTGAGTTGAATTGTCAATTTGTCATACATGGATG

>Glyma.09g060600.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g060600 ID=Glyma.09g060600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g060600.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g060600 ID=Glyma.09g060600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g060600.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g060600 ID=Glyma.09g060600.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g060600.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g060600 ID=Glyma.09g060600.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g060600.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.09g060600.1.p locus=Glyma.09g060600 ID=Glyma.09g060600.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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