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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT3G06670.1 | AT | binding | JGI | N/A | IEA |
GO:0005488 | GO-mf | binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
KOG2175 | KOG | Protein predicted to be involved in carbohydrate metabolism | JGI | N/A | IEA |
PTHR23318 | Panther | ATP SYNTHASE GAMMA-RELATED | JGI | N/A | IEA |
PF04802 | PFAM | Component of IIS longevity pathway SMK-1 | JGI | N/A | IEA |
Glyma.09g037900 not represented in the dataset |
Glyma.09g037900 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.15g143000 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma09g04260 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.09g037900.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g037900 ID=Glyma.09g037900.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.09g037900.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g037900 ID=Glyma.09g037900.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.09g037900.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g037900 ID=Glyma.09g037900.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.09g037900.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g037900 ID=Glyma.09g037900.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.09g037900.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g037900 ID=Glyma.09g037900.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.09g037900.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.09g037900.1.p locus=Glyma.09g037900 ID=Glyma.09g037900.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||