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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.09g002600): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

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Report for Sequence Feature Glyma.09g002600

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm09
Start:217752
stop:224886
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.09g002600
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G66340.1AT Signal transduction histidine kinase, hybrid-type, ethylene sensor JGI N/AIEA
GO:0000160GO-bp phosphorelay signal transduction system EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000160GO-bp phosphorelay signal transduction system JGI N/AIEA
GO:0006355GO-bp regulation of transcription, DNA-templated JGI N/AIEA
GO:0007165GO-bp signal transduction EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0007165GO-bp signal transduction JGI N/AIEA
GO:0009873GO-bp ethylene-activated signaling pathway EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0010105GO-bp negative regulation of ethylene-activated signaling pathway EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016310GO-bp phosphorylation EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0018106GO-bp peptidyl-histidine phosphorylation EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0023014GO-bp signal transduction by protein phosphorylation EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0050896GO-bp response to stimulus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005622GO-cc intracellular EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005783GO-cc endoplasmic reticulum EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005789GO-cc endoplasmic reticulum membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane JGI N/AIEA
GO:0016021GO-cc integral component of membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000155GO-mf phosphorelay sensor kinase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000155GO-mf phosphorelay sensor kinase activity JGI N/AIEA
GO:0000156GO-mf phosphorelay response regulator activity JGI N/AIEA
GO:0000166GO-mf nucleotide binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0004673GO-mf protein histidine kinase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding JGI N/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding JGI N/AIEA
GO:0016301GO-mf kinase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016740GO-mf transferase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016772GO-mf transferase activity, transferring phosphorus-containing groups EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0038199GO-mf ethylene receptor activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0046872GO-mf metal ion binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0051740GO-mf ethylene binding EnsemblGenomesN/AIEA
KOG0519 KOG Sensory transduction histidine kinase JGI N/AIEA
PTHR24423Panther TWO-COMPONENT SENSOR HISTIDINE KINASE JGI N/AIEA
PF00072PFAM Response regulator receiver domain JGI N/AIEA
PF00512PFAM His Kinase A (phospho-acceptor) domain JGI N/AIEA
PF01590PFAM GAF domain JGI N/AIEA
PF02518PFAM Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.09g002600
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.09g002600 not represented in the dataset
Glyma.09g002600 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.09g002600
ParalogEvidenceComments
Glyma.12g241700 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.09g002600 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma09g00490 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.09g002600
>Glyma.09g002600.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g002600.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g002600.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TTGATGTTTACAACAACATTAATGTAAAATTGAATTAGAAAAAGGAAAGATATGAGTAAGAGGCGAGAGAGGCTTGACTGTTTGAGACTTGCAGAGATCTGTCTCCATCATATTTTCAACTTGTTCTGCTGCTATTCATTTCTTTTCTCTTGTCTTGCTTTTCCATCCATatgtttcactgtccatggggggcatgggcaccttcgtaaccaaagaaggacaccttcacaggagtaagTTATGTGAAAAAGGAAAAATCGCCTGAGGTGGTTCAAACACTATGGAATCCTGCAATTGTATTGACCCACAAGTGCCAGCTGATGACTTATTGATGAAATACCAATATATCTCTGATTTCTTCATTGCCCTTGCTTATTTCTCAATCCCTTTGGAGCTTATCTACTTTGTTAAGAAATCAGCAGTATTTCCATATAGATGGGTCCTTGTTCAGTTTGGTGCTTTCATTGTTTTATGTGGAGCAACACATCTAATTAATTTATGGACATTTAGAATTCATTCAAGAACTGTGGCTGTTGTAATGACCACTGCTAAGGTTTTAACTGCTGTGGTATCGTGTGCAACTGCCCTCATGCTGGTACATATTATTCCTGATTTATTAAGTGTTAAAACTAGGGAATTATTTTTGAAGAACAAGGCTGCAGAGCTTGATAGAGAAATGGGCCTGATTCGCACACAAGAAGAAACTGGTCGACATGTTAGGATGTTGACTCATGAGATTAGAAGCACTCTTGATAGACACACAATATTGAAAACGACTCTTGTTGAACTGGGTAGAACTTTGGCACTAGAGGAATGTGCGTTATGGATGCCAACACGAACTGGTTTGGAGCTTCAACTCTCTTACACATTGCGACAGCAGAACCCAGTTGGATACACAGTACCCATTCATCTTCCTGTTATCAATCAAGTATTTAGTAGCAACAGGGCAGTAAAAATTTCACCTAATTGTCCAGTTGCTAGATTACGACCTTATGCTGGAAAATACATGCCTGGGGCAGTAGTAGCTGTTCGAGTTCCTCTCCTACATCTTTCTAATTTCCAAATATATGATTGGCCTGAGGTTTCGACAAGAAGTTATGCTTTGATGGTTTTGATGCTTCCATCAGATAGTGCTAGGCAATGGCATGTGCATGAGTTAGAACTGGTTGAGGTAGTCGCTGACCAGGTAGCTGTTGCTCTTTCACATGCTGCAATCTTAGAAGAGTCAATGAGGGCAAGGGATCAGCTCATGGAGCAGAATGTTGCATTGGATCTAGCAAGAAGAGAAGCAGAAACTGCAATTCGTGCTCGTAATGACTTTTTGGCTGTTATGAACCACGAGATGAGAACTCCCATGCATGCAGTTATTGCACTCTCTTCATTACTACAGGAAACAGATTTGACGGCTGAGCAACGTCTGATGGTGGAGACAATATTGAAAAGCAGCAATTTGTTGGCTACCCTCATCAATGACGTTTTGGATCTTTCACGGCTTGAAGATGGCAGTCTTCAACTTGAAGCAACAACATTTAACCTCCATTCTTTGTTCAGAGAGGTCCTTAACTTGATTAAGCCTGTTGCATCTGTTAAAAAGTTATCACTCACTTCACATATAGCCTCAGATTTGCCAATGTATGCCATTGGTGATGAAAAACGTCTCATGCAAACTATTCTGAATGTTGTTGGTAATGCTGTGAAGTTCTCAAAAGAGGGCTGCATTTCCATCTCTGCTTTCGTTGCAAAGCCTGAATCCTTTAGAGATGCTAGAATTCCTGACTTTCTTCCAGTGCTAAGTGATAACCACTTTTATTTGCGAGTACAGGTAAAAGATTCAGGATCAGGAATTAATCCACAAGATATCCCAAAGATATTCACTAAGTTTGCACAAAACCAATCGTTAACAACAAGAAATCCTGCTGGAAGTGGACTTGGCCTGGCAATTTGTAGGAGGTTTGTAAATCTTATGGAAGGACATATTTGGGTTGAAAGCGAAGGTATTGGTAAAGGATGTACAGTCACTTTTATTGTAAAACTTGGAATCCCAGACCGATCAAATGAATTTAAGCTACCTTTTGTACCTAAAGTACCGGGAAATCATGGATCTACAAACTTTGCTGGGCTCAAAGTTCTTGTCACGGATGACAATGGGGTTAGCAGGACAGTAACAAAGGGACTTCTTATGCATTTAGGATGTGATGTAACCACAGCAAGCTCAAGTGAAGAATGTCTGCGTGTTGTTTCTCTGGAACATGAAGTGGTCTTCATGGATGTTTGTGCAGGGTTAGATGGTTATGAACTTGCAATCCGCATACATGAAAAGTTTACTAAACATCAAGATAGACCACTAATAGTTGCTCTTACTGGAAACACCAAAAAGGTAACAAAAGAAAACTGTATGAGGGTTGGTATGGATGGCCTTATATTGAAACCTGTTTCTGTTGACAAAATGAGGGGTGTTTTATCAGAACTATTGGAGCGCCGAGTTCTGTTCGAAACTGTTTAACCTGTTAGATTGTTGTATATAGCTACATCAAATTTGGAGAAACACAAACTTATGAAAACATGAGGCAATTGACATTAATTTTCATCCTTTTTGCTTTTATGAGATCCCGGCGAAAGGAACAACGATTGAGTCTACGTTGTTAAATCATTTTTTATGAACAGAAGTTCGTATATGTTGTATATTCTGCATTTTTATAGCAGTCTTTCAATGTTTTTCAATGGCGGT

>Glyma.09g002600.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g002600.14 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g002600.15 sequence-type=transcript locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.09g002600
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>Glyma.09g002600.11 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.09g002600.11.p locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g002600.17 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.09g002600.17.p locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.17.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g002600.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.09g002600.2.p locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g002600.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.09g002600.7.p locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g002600.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.09g002600.9.p locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.09g002600
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>Glyma.09g002600.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g002600.10 locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g002600.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g002600.11 locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g002600.12.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g002600.12 locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.09g002600.13.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.09g002600.13 locus=Glyma.09g002600 ID=Glyma.09g002600.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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