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Report for Sequence Feature Glyma.08g326000

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm08
Start:44420374
stop:44425474
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.08g326000
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT2G05160.1AT CCCH-type zinc fingerfamily protein with RNA-binding domain JGI N/AIEA
GO:0003676GO-mf nucleic acid binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003676GO-mf nucleic acid binding JGI N/AIEA
GO:0003723GO-mf RNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0046872GO-mf metal ion binding EnsemblGenomesN/AIEA
PTHR24009Panther FAMILY NOT NAMED JGI N/AIEA
PTHR24009:SF14Panther JGI N/AIEA
PF00076PFAM RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.08g326000
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.08g326000 not represented in the dataset
Glyma.08g326000 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.08g326000
ParalogEvidenceComments
Glyma.18g081000 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.08g326000 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma08g43790 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.08g326000
>Glyma.08g326000.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.08g326000
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>Glyma.08g326000.10 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g326000.10.p locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g326000.2.p locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g326000.3.p locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g326000.4.p locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g326000.5.p locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g326000.6.p locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g326000.8.p locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g326000.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g326000.9.p locus=Glyma.08g326000 ID=Glyma.08g326000.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.08g326000
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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