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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.08g301700

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm08
Start:41962541
stop:41968109
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.08g301700
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT4G03250.1AT Homeodomain-like superfamily protein JGI N/AIEA
GO:0006355GO-bp regulation of transcription, DNA-templated JGI N/AIEA
GO:0005634GO-cc nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003677GO-mf DNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003677GO-mf DNA binding JGI N/AIEA
GO:0003700GO-mf sequence-specific DNA binding transcription factor activity JGI N/AIEA
GO:0043565GO-mf sequence-specific DNA binding JGI N/AIEA
PTHR24326Panther FAMILY NOT NAMED JGI N/AIEA
PTHR24326:SF77Panther JGI N/AIEA
PF00046PFAM Homeobox domain JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.08g301700
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.08g301700
ParalogEvidenceComments
Glyma.18g118400 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.08g301700 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma08g41330 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.08g301700
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>Glyma.08g301700.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g301700.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g301700.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g301700.7 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g301700.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GCACTTAAGGAAAATTTCCCAACATTAGGTCGACTTTGATTGTCCATGCATCCATCCTTTTCCATGTTGTCATTGCAAAGTAACTGAGTTGCAGTCTGAAGAAAATAAATTGTCTATGGAGAAAAATAAGAAAAGAAGGCTCAAAACACCAGCCCAGCTTAAGGCCTTGGAAGATTTTTATAATGATAACAAATATCCCACGGAGGAAATGAAATCAGAACTTGCCGATGAGTTAGAATTGACAGAAAAGCAAATATCTGGATGGTTTTGCCACAGAAGATTGAAAGATAAAAAAATGTTGAATGATGAAGTATGTGCTAATGGACGACAAGATCGTTCAAGTGGTGTCATTCAGGATCGTGGCAGTGGTCTAGTGCAGGATTCATGCGGAAGCACTAAACATGTTCACTATAGGTATCTGGATCCCAAAGAGGTTGAGAGTCATGGCCTCTATAACCATGGATTTTCAGCTGCAGATATAACCTATGGACACAAAAACCATCGTTATGCAGAAAATGATAGTGCAACAGATAACACATCATCTGAGAGTAGCTCATCTTTGCAAGATCGATTGCTTTGTCAAGGACAGGATCCGTATGATATGGAGCCTTCTAGTCATGTAACACCTAATGGATCTCTTCTGCCTCCCAATACCAAGGGTGCAAATAACATGGGACATAAACCATCAGGATATTTGAAAGTGAAGGGAGAGATAGAGCATGCTGCTATTACTGCTGTTAAAAAGCAATTAGGAAAGCATTATCGGGAAGATGGTCCACTACTTAGTGTTGAATTTGATACAATTCCTCCTGAGGCATTTGAATGTCAAATTGCAGATCTAGCTAATGAAGCATACTATGCTGCAAATCCTGCTCTTCCAAATTCTCCAGAAGTCTCTGCAGTGAAAAAACAGTCCAGTCTCAGTTCTAGATATGATTCATATTTTACCAAAATCAGTTCCCAAGATTCACAAATGGTCAGAGACTCTACTGGGGAAGCATCTGCTTATAATAACACTAAAAATTGTAGAAAGGGTACTAAGCATGGTTTTGATGGGACGAGATATGACTCTGGTTCTAACCCCAGTGATCACTATGAAGAGAATAACCTAGTGGTTAACCAGACAGATTCTCTGCTACATGGCTATGAAAACAGCAACCTGAAGAATGTACAAAGGGGTGAATATGTGAAATCTAAACCTTCAAATTCAGTACATAAGTCTCAAGTTTACTTGGATACTGGAGAAAGAAGAGGGCTTAATAAAAGGATGGCAAAGGAAGAGAAGTTTGATGGGGATAGAAAGATAAAAAAACAATATCGTGATCCAGATGAAGTTAGGGTGCTTACAAATGAAATGACGGTTGCAAAGTGGGCTAAAGTTGATCCACTTGAACAATATGATGTTAAACAATCATCTGTTGCTGAGTTGGAACCAAGAAAAAGTCAAAGGTCTGCTGCAGAGATGCCATCTAGCTTTAGTGAGGATGAAACTGCTGAAACCAGTTCCTCAGCGGATTAAGTGTTGTTGTCAGATTCCACAGATATGATATTTATAGGGTTTCTCTATGCCATTGGTTTTGTACAGTCTAGAGAGACAGATCCATTTTGCACAGTAACATCTAGAAAGACACACTAACATGACTAACTTGATTTGCTGTTGTGCTTGCCTATTTGCTTCTGTAACAAAAGAAACCCCACTCCCTACCCCTTTTTCTTGAAATTTTGGATGTAAAATCTTATTTTCATGCAGCTGCTTGTGGTAGGAGGGATCCAAATGCAGTTGATAGATAGTGTCTTCTTTTTTTCATAATGGTTTGTGGTGTTTGATTCACCTTTTCATCAGGTTGAGCGTCAATCCAACACAAGAGGGAGATTGGCGTTCAATGTGTATTGGATTGCGTGATTTGGCTTTTCCAAACACACTATCAATTATTGCAGTGCCTCTGGCGTCTTGGTTTGGTTCAATTGGATCCTTTGTTGGAGTAGTTACCCACTTATGCTTTTAGTATTTGAAAAGAATAATTTTGATTCGTTTTGATTGAGGTGAAAGAACACCAGAAGATCCTGTGGAAAAGTAATGATAAAGAAATTTTAATAAATTGATCCCTCATCAAGCCATTGT
Coding sequences of Glyma.08g301700
>Glyma.08g301700.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g301700.1.p locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g301700.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g301700.2.p locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g301700.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g301700.3.p locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g301700.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g301700.4.p locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g301700.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g301700.5.p locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g301700.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g301700.6.p locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g301700.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g301700.8.p locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.08g301700
>Glyma.08g301700.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g301700.1 locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g301700.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g301700.2 locus=Glyma.08g301700 ID=Glyma.08g301700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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