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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.08g293600

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm08
Start:40865806
stop:40872453
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.08g293600
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G27170.1AT transmembrane receptors;ATP binding JGI N/AIEA
AT1G27180.1AT disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class), putative JGI N/AIEA
GO:0006952GO-bp defense response EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0007165GO-bp signal transduction EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0007165GO-bp signal transduction JGI N/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016021GO-cc integral component of membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding JGI N/AIEA
GO:0043531GO-mf ADP binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0043531GO-mf ADP binding JGI N/AIEA
KOG0472 KOG Leucine-rich repeat protein JGI N/AIEA
KOG4658 KOG Apoptotic ATPase JGI N/AIEA
PTHR23155Panther LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN JGI N/AIEA
PTHR23155:SF302Panther JGI N/AIEA
PTHR23155:SF303Panther JGI N/AIEA
PF00560PFAM Leucine Rich Repeat JGI N/AIEA
PF00931PFAM NB-ARC domain JGI N/AIEA
PF01582PFAM TIR domain JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.08g293600
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.08g293600 not represented in the dataset
Glyma.08g293600 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Gene model name correspondences to Glyma.08g293600 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma08g40501 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.08g293600
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>Glyma.08g293600.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g293600 ID=Glyma.08g293600.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g293600.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g293600 ID=Glyma.08g293600.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.08g293600
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>Glyma.08g293600.11 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g293600.11.p locus=Glyma.08g293600 ID=Glyma.08g293600.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g293600.12 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g293600.12.p locus=Glyma.08g293600 ID=Glyma.08g293600.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.08g293600
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>Glyma.08g293600.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g293600.11 locus=Glyma.08g293600 ID=Glyma.08g293600.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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