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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.08g259700

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm08
Start:23433510
stop:23442152
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.08g259700
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G24265.1AT Protein of unknown function (DUF1664) JGI N/AIEA
AT1G24265.3AT Protein of unknown function (DUF1664) JGI N/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016021GO-cc integral component of membrane EnsemblGenomesN/AIEA
PF07889PFAM Protein of unknown function (DUF1664) JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.08g259700
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.08g259700
ParalogEvidenceComments
Glyma.18g283800 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.08g259700 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma08g29150 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.08g259700
>Glyma.08g259700.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.7 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.08g259700
>Glyma.08g259700.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g259700.1.p locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g259700.2.p locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGCTCTTTCACTCGGCAAGCTCGTCATTCTCGTCAGCGCAGGAATTGCTGGTTCAGTAATTGCAAAAGAAGGGCGTCTGCCAGATGTCTCTGGTCTCGCCTCTGGTGCTTTTAAGGTTGTTTTGAGGCAACTTAAAAGCGATGATCCTGCTCCAACTGTTAAAAAGCAGCCGCATAATGATGCTTTGTTGGCTCAGGTAAACAGTCTTCGGCAGGAACTGCAACTTCTTGCTAGAGATAGATCGATCACTATTGTAAATGCAAGTGGAACAGGTGGAAGAAAATATATAACAGTGATTGTTATTGTTGTGGTAGGATATGGATACGTTTGGTGGAAGGGATGGAAGCTTCCTGATCTGATGTTTGCAACAAGGCGTGGTTTGTCTGATGCTTGCACATCTATTGGTAATCAGATGGGAAAGCTTTATGAATCAATTGGGGATACCAAAAAGAAATTATCTGCAAGAATCAACGGTCTGGATAAAAATTTAGAAGAATGTGCTGCCATTACTGAAAGTACCAGGGAGGATATATCTGTAATTCAACGTAAAGCAGATACGATAAGTGAAGATTCAAAGTCTTTTCATGTCGCAGTCCATGTTCTGGAATCTAAAATTAAAGAAATAGAAGAGAAGCAGGTGGCCACAATTGAAGGAGTGAACATGTTGTGTCAATTTACCAAGACTTTGGAGAATAGCAGATCCACAGAGTATATTCAGGCATCTTCATCCAGTTCTTCCAGGCCAGCCCTTGAGCCACCACCAGTTTCACCCTCTTCCAGTTCCAGGGGGCCAAAAGTAGACAAAAGCAATGGATCTAGTTCTGGCTTGTTTGGGTTGATATCTGGTGTCTATGGTCCATTGCTGACAAGAACTCGCAGTGCGACAGATGCAGTAGTCCAAAAAACTCGTTCGGCTAGTTAA

>Glyma.08g259700.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g259700.3.p locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGCTCTTTCACTCGGCAAGCTCGTCATTCTCGTCAGCGCAGGAATTGCTGGTTCAGTAATTGCAAAAGAAGGGCGTCTGCCAGATGTCTCTGGTCTCGCCTCTGGTGCTTTTAAGGTTGTTTTGAGGCAACTTAAAAGCGATGATCCTGCTCCAACTGTTAAAAAGCAGCCGCATAATGATGCTTTGTTGGCTCAGGTAAACAGTCTTCGGCAGGAACTGCAACTTCTTGCTAGAGATAGATCGATCACTATTGTAAATGCAAGTGGAACAGGTGGAAGAAAATATATAACAGTGATTGTTATTGTTGTGGTAGGATATGGATACGTTTGGTGGAAGGGATGGAAGCTTCCTGATCTGATGTTTGCAACAAGGCGTGGTTTGTCTGATGCTTGCACATCTATTGGTAATCAGATGGGAAAGCTTTATGAATCAATTGGGGATACCAAAAAGAAATTATCTGCAAGAATCAACGGTCTGGATAAAAATTTAGAAGAATGTGCTGCCATTACTGAAAGTACCAGGGAGGATATATCTGTAATTCAACGTAAAGCAGATACGATAAGTGAAGATTCAAAGTCTTTTCATGTCGCAGTCCATGTTCTGGAATCTAAAATTAAAGAAATAGAAGAGAAGCAGGTGGCCACAATTGAAGGAGTGAACATGTTGTGTCAATTTACCAAGACTTTGGAGAATAGCAGATCCACAGAGTATATTCAGGCATCTTCATCCAGTTCTTCCAGGCCAGCCCTTGAGCCACCACCAGTTTCACCCTCTTCCAGTTCCAGGGGGTCACAGTCAGGTTCCGCTAGGCTATCTCTTGAGCCACCATCCCTTACACCATCATCAAGGACTGCATCCTTGCCACCGACATTGCCAACTGATCCACCATCTCCATCGAATTCTGGTGGATCTTTCCAGGTTTGCAATATTTCTGATTTGCTAAATTCAGATTTATTGTGTGTAGAGGGAATGATTAGTTTTTCACATGACATCTTGTTTAGAGATGCTCGGTTATGTTTGACTACCAAAAAATGA

>Glyma.08g259700.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g259700.4.p locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGCTCTTTCACTCGGCAAGCTCGTCATTCTCGTCAGCGCAGGAATTGCTGGTTCAGTAATTGCAAAAGAAGGGCGTCTGCCAGATGTCTCTGGTCTCGCCTCTGGTGCTTTTAAGGTTGTTTTGAGGCAACTTAAAAGCGATGATCCTGCTCCAACTGTTAAAAAGCAGCCGCATAATGATGCTTTGTTGGCTCAGGTAAACAGTCTTCGGCAGGAACTGCAACTTCTTGCTAGAGATAGATCGATCACTATTGTAAATGCAAGTGGAACAGGTGGAAGAAAATATATAACAGTGATTGTTATTGTTGTGGTAGGATATGGATACGTTTGGTGGAAGGGATGGAAGCTTCCTGATCTGATGTTTGCAACAAGGCGTGGTTTGTCTGATGCTTGCACATCTATTGGTAATCAGATGGGAAAGCTTTATGAATCAATTGGGGATACCAAAAAGAAATTATCTGCAAGAATCAACGGTCTGGATAAAAATTTAGAAGAATGTGCTGCCATTACTGAAAGTACCAGGGAGGATATATCTGTAATTCAACGTAAAGCAGATACGATAAGTGAAGATTCAAAGTCTTTTCATGTCGCAGTCCATGTTCTGGAATCTAAAATTAAAGAAATAGAAGAGAAGCAGGTGGCCACAATTGAAGGAGTGAACATGTTGTGTCAATTTACCAAGACTTTGGAGAATAGCAGATCCACAGAGTATATTCAGGCATCTTCATCCAGTTCTTCCAGGCCAGCCCTTGAGCCACCACCAGTTTCACCCTCTTCCAGTTCCAGGACTGCATCCTTGCCACCGACATTGCCAACTGATCCACCATCTCCATCGAATTCTGGTGGATCTTTCCAGGGGCCAAAAGTAGACAAAAGCAATGGATCTAGTTCTGGCTTGTTTGGGTTGATATCTGGTGTCTATGGTCCATTGCTGACAAGAACTCGCAGTGCGACAGATGCAGTAGTCCAAAAAACTCGTTCGGCTAGTTAA

>Glyma.08g259700.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g259700.5.p locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g259700.6.p locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g259700.7.p locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g259700.8.p locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.08g259700
>Glyma.08g259700.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g259700.1 locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g259700.2 locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g259700.3 locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g259700.4 locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g259700.5 locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.6.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g259700.6 locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.7.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g259700.7 locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g259700.8.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g259700.8 locus=Glyma.08g259700 ID=Glyma.08g259700.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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