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Report for Sequence Feature Glyma.08g121100

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm08
Start:9348942
stop:9359928
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.08g121100
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT5G10630.2AT Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma family protein JGI N/AIEA
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GO:0005622GO-cc intracellular EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003746GO-mf translation elongation factor activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003924GO-mf GTPase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003924GO-mf GTPase activity JGI N/AIEA
GO:0005525GO-mf GTP binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005525GO-mf GTP binding JGI N/AIEA
GO:0046872GO-mf metal ion binding EnsemblGenomesN/AIEA
KOG0458 KOG Elongation factor 1 alpha JGI N/AIEA
PTHR23115Panther TRANSLATION FACTOR JGI N/AIEA
PTHR23115:SF38Panther HBS1-LIKE PROTEIN JGI N/AIEA
PF00009PFAM Elongation factor Tu GTP binding domain JGI N/AIEA
PF03143PFAM Elongation factor Tu C-terminal domain JGI N/AIEA
PF03144PFAM Elongation factor Tu domain 2 JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.08g121100
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.08g121100 not represented in the dataset
Glyma.08g121100 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.08g121100
ParalogEvidenceComments
Glyma.05g163800 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.08g121100 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma08g12790 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.08g121100
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>Glyma.08g121100.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g121100 ID=Glyma.08g121100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TAATTAACCCATGCTTATACACCACTTTCATAAGGTGGTCACAATGTTCCCTTATAGCTCGAATGATCTGAAAGCAATCATGCTCCTCGATCAGCCTATTAGGCTCCTCAGAATCTGATTGGGCTTCAATGTCATAATACCCTCTCTCTCGGATCATACAGATACCATGCAAAATTCCACACAACTCTCCCTTATGATCTCTCAATATTCCCCCACAGGAAGCTTCTCTCAATATTCCCCTGCCGGAATCCATTTCATTGGCTCTTTGCTTTTGTTGTAGACGGTATTGGCCGGAAATTTGTCACCAACATTTTTAGCAGCTTTCCATGCTTCTTCCAGCTTCTTTAGACGAGCTAGAAACTCTTCACTCCACATTTGGTCCCGAAAAACCCGATGGTTCCTACGTTGCCATAACAGATCCAACGAGGACCTGATACAAAGCAAGAGACCATTAAGCCTGGCCTTTGGCAATGCTCCATTTGCACTTATGACAACGATGAGAGTATGACTTTTTGTGATATTTGTGGTGTTGTACGCCGTCCCTTGGTTAATACTGGAACTTCCAACAGTAACAAAACAGTTGAAGACGTAACCAAAAGTCCTGGAGCATCCAAGTTGGCCAGATCTCTTTTTCAATCATTACAACAACAGATTGCCAAAGAGACTGTATTATTTCCAAAGCCAGATGATGGTTTTCTGACAGATGGCAGTAACTTCTACAAGCTTGACAATGTCCGAGGAGAATTTCATGAAATTCATAAGGATTTTAGTACTCAAAGCCATCCACATTTAAACATAGATCCTTTCAAGTTCAATGTTCCATCCCCCGACGATGTGGTTTATACTGGCCTACGTTCTTCCAAAACGGGTTTGAAAGACAAAGCTACAAACTCTAATTCTCAGCTTTCATCAAGCACCAGAGAGAAGAATGAACTTTCTGTACAGTCAAATGCTGAAAGTTCAGACAACTTATCATCCTTAATGCAAAAGAGCAGACAGGATAGTTCAACTGAGAGCAAGCTTTCCAAAAAAGTAGCAATTGATCTGCAAACAAGTGGTAAAACTTCAAACAGCTTGCCGGAATCTTTGTCAAAAGACAAAGATAACAATATTAATAAAATAAATTCTTCGAAAAATGGTACAATTGATATTCAATCAAGCAAAGAAAAGTCAGGTAGTTTGTCTACACGGTCAAAAGTCAAGGAAAGTGATAACATCAGTTCCTCTTCTATCAAAGATGGAAAACCTGAAAGTATTTCCAGCAGTTTCAGCAACATGGTTGTCGATGTAAGATTTGGAAATTCTGATAACACTAATGCTAAAGGAACTCACTCACGTGTTTCTTATAAGCCAGAAAAATGGATGCTCCCTGAACAAGCTGAAGATACATTGACTCAGCTGAATCTTGCAATTGTTGGCCATGTTGATTCTGGAAAATCAACTCTATCTGGTAGGTTACTGCACCTATTGGGACGGATCTCCCAGAAAGAAATGCACAAATATGAAAAGGAGGCCAAGTTACAGGGCAAGGGATCCTTTGCTTATGCTTGGGCACTTGATGAAAGTTCTGAAGAAAGAGAACGGGGAATAACTATGACAGTGGCTGTTGCTTATTTTGACACGATGAGATATCATGTTGTTGTGCTCGATTCCCCTGGCCATAAAGATTTTGTCCCAAACATGATTTCTGGGGCAACACAAGCTGATGCTGCAATTCTTGTTATAGATGCCTCACTTGGTTCATTTGAAGCTGGTATGGATGGCAGCAAAGGGCAAACAAGGGAGCATGCACAACTTATCAGAAGCTTTGGTGTTGACCGGGTTATAGTTGCTGTAAATAAGATGGATGCTGTTGCGTACTCCCAAGATCGATTTGATTTTATAAGGCAGCAGCTGGGAGTTTTTCTCCACTTTTGTGGTTTCAAAGATTCTTCTCTATCTTGGATTCCCATGAGTGCCATGGAAAATCAAAATTTGGTGGCATCCCCTTCTGATGCTCGTTTAAAAAACTGGTATGGTGGACCTTATCTATTAGATGCAATTGACTCTCTCCAACCTCCTACTAGAGAATTCTCAAAACCTCTACTAATGCCAATATGTGATGTCATCAAATCAACTACACTTGGACAGGTTTCTGCCTCTGGTAAACTAGAAGCAGGAGCTCTTCGGAGTGGATCAAAGGTCTTGGTTATGCCTTCAGCTGTTGTGGGAACAGTACGCTCATTGGAGCGTGACTCTAATGCTTGTACTGTTGCAAGAGCTGGAGATAATGTAGCTGTAACGTTGCAAGGTGTGGATGGAAATCATGTGATGGCAGGAGATGTACTATGCCATCCTGACTTTCCTGTTGCAGTTGCTAAGCATTTGGAGTTGAAAGTGCTAGTGTTGGATGGTGCAAGTCCCATATTGGTGGGCACACAGTTAGAGTTTCACATACACCATGCAAAGGAACCTGGCAGAGTTTCAAGAATATTATCAGTACTTGATCCCAAGACGGGTAAGGTGACCAAAAAGTCACCTCGCTGTCTCTCTGCAAAGCAAAGTGCAGTAATTGAGGTGATTTTGAATGAGACAGTCTGTGTGGTAGAGTTCTCTAGTTGTAAAGCTCTTGGAAGGGTATCCCTAAGATCAATGGGAAGAACGATTGCTGTTGGAGTTGTGACAAGAATAATTGAAGAACAAGGTTAATTTGTGCTATTCATCATATAAAATGATGATAACAAGGAGGGATTCTCAACAGACCATGCATCTTTGTTTGCCATCCTAGCCTGGATTAAGTTGTGCTCCCAGACCACAGGCAGCTATATAACTCTCGATGAGGTTTATGGGTTAACACGTGAATTATCAATTATGTAAGAATGGTGAAGATTTTTTTGTATGTTTTTCACCATATATGTATCATAAGAGAGCGTGCCTTTTCAAAAAATCTAGACTTGTGTATCATAGCAACTAGTCGAACGAAGAGACGGAAAAGTATACGAGGGATGCAATTGCTTTTATTCTTTAATGCCTAGTCTTCATTATAGATTAATCTACCTGCATATCTATAATCAAATTTTG

>Glyma.08g121100.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g121100 ID=Glyma.08g121100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GATCCCTTGCGCGTTTGCTTGCTTGGATCCACACACTCATCATTCTTCTCTTCTGGACCCTACTTATTCACACCATTTCCATTCACTTTCCACTAAAGTAAGGGTTTCACAATCTAACCCCTCCATGCTCCATGCTCGAGAGGGCTAGGTTAACGGTGGCTTAGCACGTAGCTCTAACCAATGAACCTCCGGAACGGTTAACTGTTTGTGCCAAACCCACCGTTCCGCAAAGAACGACGTACGAATTGACGATGCGAGCCTAGTTTCGTTCTCTGTTTCCCAAATCTCTTTCTAATTGATCTGCTGTATCGTTTTCGTGCTCAGTGCCACCATGCCCCGTAAAGTAAATTACGGACTCgattacgacgacgattactatgatgatgattatgatgactatgcttatgatgatgttgatgCAGAAGACTATGGAGGACCTGATACAAAGCAAGAGACCATTAAGCCTGGCCTTTGGCAATGCTCCATTTGCACTTATGACAACGATGAGAGTATGACTTTTTGTGATATTTGTGGTGTTGTACGCCGTCCCTTGGTTAATACTGGAACTTCCAACAGTAACAAAACAGATCCTTTCAAGTTCAATGTTCCATCCCCCGACGATGTGGTTTATACTGGCCTACGTTCTTCCAAAACGGGTTTGAAAGACAAAGCTACAAACTCTAATTCTCAGCTTTCATCAAGCACCAGAGAGAAGAATGAACTTTCTGTACAGTCAAATGCTGAAAGTTCAGACAACTTATCATCCTTAATGCAAAAGAGCAGACAGGATAGTTCAACTGAGAGCAAGCTTTCCAAAAAAGTAGCAATTGATCTGCAAACAAGTGGTAAAACTTCAAACAGCTTGCCGGAATCTTTGTCAAAAGACAAAGATAACAATATTAATAAAATAAATTCTTCGAAAAATGGTACAATTGATATTCAATCAAGCAAAGAAAAGTCAGGTAGTTTGTCTACACGGTCAAAAGTCAAGGAAAGTGATAACATCAGTTCCTCTTCTATCAAAGATGGAAAACCTGAAAGTATTTCCAGCAGTTTCAGCAACATGGTTGTCGATGTAAGATTTGGAAATTCTGATAACACTAATGCTAAAGGAACTCACTCACGTGTTTCTTATAAGCCAGAAAAATGGATGCTCCCTGAACAAGCTGAAGATACATTGACTCAGCTGAATCTTGCAATTGTTGGCCATGTTGATTCTGGAAAATCAACTCTATCTGGTAGGTTACTGCACCTATTGGGACGGATCTCCCAGAAAGAAATGCACAAATATGAAAAGGAGGCCAAGTTACAGGGCAAGGGATCCTTTGCTTATGCTTGGGCACTTGATGAAAGTTCTGAAGAAAGAGAACGGGGAATAACTATGACAGTGGCTGTTGCTTATTTTGACACGATGAGATATCATGTTGTTGTGCTCGATTCCCCTGGCCATAAAGATTTTGTCCCAAACATGATTTCTGGGGCAACACAAGCTGATGCTGCAATTCTTGTTATAGATGCCTCACTTGGTTCATTTGAAGCTGGTATGGATGGCAGCAAAGGGCAAACAAGGGAGCATGCACAACTTATCAGAAGCTTTGGTGTTGACCGGGTTATAGTTGCTGTAAATAAGATGGATGCTGTTGCGTACTCCCAAGATCGATTTGATTTTATAAGGCAGCAGCTGGGAGTTTTTCTCCACTTTTGTGGTTTCAAAGATTCTTCTCTATCTTGGATTCCCATGAGTGCCATGGAAAATCAAAATTTGGTGGCATCCCCTTCTGATGCTCGTTTAAAAAACTGGTATGGTGGACCTTATCTATTAGATGCAATTGACTCTCTCCAACCTCCTACTAGAGAATTCTCAAAACCTCTACTAATGCCAATATGTGATGTCATCAAATCAACTACACTTGGACAGGTTTCTGCCTCTGGTAAACTAGAAGCAGGAGCTCTTCGGAGTGGATCAAAGGTCTTGGTTATGCCTTCAGCTGTTGTGGGAACAGTACGCTCATTGGAGCGTGACTCTAATGCTTGTACTGTTGCAAGAGCTGGAGATAATGTAGCTGTAACGTTGCAAGGTGTGGATGGAAATCATGTGATGGCAGGAGATGTACTATGCCATCCTGACTTTCCTGTTGCAGTTGCTAAGCATTTGGAGTTGAAAGTGCTAGTGTTGGATGGTGCAAGTCCCATATTGGTGGGCACACAGTTAGAGTTTCACATACACCATGCAAAGGAACCTGGCAGAGTTTCAAGAATATTATCAGTACTTGATCCCAAGACGGGTAAGGTGACCAAAAAGTCACCTCGCTGTCTCTCTGCAAAGCAAAGTGCAGTAATTGAGGTGATTTTGAATGAGACAGTCTGTGTGGTAGAGTTCTCTAGTTGTAAAGCTCTTGGAAGGGTATCCCTAAGATCAATGGGAAGAACGATTGCTGTTGGAGTTGTGACAAGAATAATTGAAGAACAAGGTTAATTTGTGCTATTCATCATATAAAATGATGATAACAAGGAGGGATTCTCAACAGACCATGCATCTTTGTTTGCCATCCTAGCCTGGATTAAGTTGTGCTCCCAGACCACAGGCAGCTATATAACTCTCGATGAGGTTTATGGGTTAACACGTGAATTATCAATTATGTAAGAATGGTGAAGATTTTTTTGTATGTTTTTCACCATATATGTATCATAAGAGAGCGTGCCTTTTCAAAAAATCTAGACTTGTGTATCATAGCAACTAGTCGAACGAAGAGACGGAAAAGTATACGAGGGATGCAATTGCTTTTATTCTTTAATGCCTAGTCTTCATTATAGATTAATCTACCTGCATATCTATAATCAAATTTTG

>Glyma.08g121100.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g121100 ID=Glyma.08g121100.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
CACAATCTAACCCCTCCATGCTCCATGCTCGAGAGGGCTAGGTTAACGGTGGCTTAGCACGTAGCTCTAACCAATGAACCTCCGGAACGGTTAACTGTTTGTGCCAAACCCACCGTTCCGCAAAGAACGACTGCCACCATGCCCCGTAAAGTAAATTACGGACTCgattacgacgacgattactatgatgatgattatgatgactatgcttatgatgatgttgatgCAGAAGACTATGGAGGACCTGATACAAAGCAAGAGACCATTAAGCCTGGCCTTTGGCAATGCTCCATTTGCACTTATGACAACGATGAGAGTATGACTTTTTGTGATATTTGTGGTGTTGTACGCCGTCCCTTGGTTAATACTGGAACTTCCAACAGTAACAAAACAGATCCTTTCAAGTTCAATGTTCCATCCCCCGACGATGTGGTTTATACTGGCCTACGTTCTTCCAAAACGGGTTTGAAAGACAAAGCTACAAACTCTAATTCTCAGCTTTCATCAAGCACCAGAGAGAAGAATGAACTTTCTGTACAGTCAAATGCTGAAAGTTCAGACAACTTATCATCCTTAATGCAAAAGAGCAGACAGGATAGTTCAACTGAGAGCAAGCTTTCCAAAAAAGTAGCAATTGATCTGCAAACAAGTGGTAAAACTTCAAACAGCTTGCCGGAATCTTTGTCAAAAGACAAAGATAACAATATTAATAAAATAAATTCTTCGAAAAATGGTACAATTGATATTCAATCAAGCAAAGAAAAGTCAGGTAGTTTGTCTACACGGTCAAAAGTCAAGGAAAGTGATAACATCAGTTCCTCTTCTATCAAAGATGGAAAACCTGAAAGTATTTCCAGCAGTTTCAGCAACATGGTTGTCGATGTAAGATTTGGAAATTCTGATAACACTAATGCTAAAGGAACTCACTCACGTGTTTCTTATAAGCCAGAAAAATGGATGCTCCCTGAACAAGCTGAAGATACATTGACTCAGCTGAATCTTGCAATTGTTGGCCATGTTGATTCTGGAAAATCAACTCTATCTGGTAGGTTACTGCACCTATTGGGACGGATCTCCCAGAAAGAAATGCACAAATATGAAAAGGAGGCCAAGTTACAGGGCAAGGGATCCTTTGCTTATGCTTGGGCACTTGATGAAAGTTCTGAAGAAAGAGAACGGGGAATAACTATGACAGTGGCTGTTGCTTATTTTGACACGATGAGATATCATGTTGTTGTGCTCGATTCCCCTGGCCATAAAGATTTTGTCCCAAACATGATTTCTGGGGCAACACAAGCTGATGCTGCAATTCTTGTTATAGATGCCTCACTTGGTTCATTTGAAGCTGGTATGGATGGCAGCAAAGGGCAAACAAGGGAGCATGCACAACTTATCAGAAGCTTTGGTGTTGACCGGGTTATAGTTGCTGTAAATAAGATGGATGCTGTTGCGTACTCCCAAGATCGATTTGATTTTATAAGGCAGCAGCTGGGAGTTTTTCTCCACTTTTGTGGTTTCAAAGATTCTTCTCTATCTTGGATTCCCATGAGTGCCATGGAAAATCAAAATTTGGTGGCATCCCCTTCTGATGCTCGTTTAAAAAACTGGTATGGTGGACCTTATCTATTAGATGCAATTGACTCTCTCCAACCTCCTACTAGAGAATTCTCAAAACCTCTACTAATGCCAATATGTGATGTCATCAAATCAACTACACTTGGACAGGTTTCTGCCTCTGGTAAACTAGAAGCAGGAGCTCTTCGGAGTGGATCAAAGGTCTTGGTTATGCCTTCAGCTGTTGTGGGAACAGTACGCTCATTGGAGCGTGACTCTAATGCTTGTACTGTTGCAAGAGCTGGAGATAATGTAGCTGTAACGTTGCAAGGTGTGGATGGAAATCATGTGATGGCAGGAGATGTACTATGCCATCCTGACTTTCCTGTTGCAGTTGCTAAGCATTTGGAGTTGAAAGTGCTAGTGTTGGATGGTGCAAGTCCCATATTGGTGGGCACACAGTTAGAGTTTCACATACACCATGCAAAGGAACCTGGCAGAGTTTCAAGAATATTATCAGTACTTGATCCCAAGACGGGTAAGGTGACCAAAAAGTCACCTCGCTGTCTCTCTGCAAAGCAAAGTGCAGTAATTGAGGTGATTTTGAATGAGACAGTCTGTGTGGTAGAGTTCTCTAGTTGTAAAGCTCTTGGAAGGGTATCCCTAAGATCAATGGGAAGAACGATTGCTGTTGGAGTTGTGACAAGAATAATTGAAGAACAAGGTTAATTTGTGCTATTCATCATATAAAATGATGATAACAAGGAGGGATTCTCAACAGACCATGCATCTTTGTTTGCCATCCTAGCCTGGATTAAGTTGTGCTCCCAGACCACAGGCAGCTATATAACTCTCGATGAGGTTTATGGGTTAACACGTGAATTATCAATTATGTAAGAATGGTGAAGATTTTTTTGTATGTTTTTCACCATATATGTATCATAAGAGAGCGTGCCTTTTCAAAAAATCTAGACTTGTGTATCATAGCAACTAGTCGAACGAAGAGACGGAAAAGTATACGAGGGATGCAATTGCTTTTATTCTTTAATGCCTAGTCTTCATTATAGATTAATCTACCTGCATATCTATAATCAAATTTTG

>Glyma.08g121100.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g121100 ID=Glyma.08g121100.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g121100.7 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g121100 ID=Glyma.08g121100.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.08g121100
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>Glyma.08g121100.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g121100.3.p locus=Glyma.08g121100 ID=Glyma.08g121100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g121100.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g121100.4.p locus=Glyma.08g121100 ID=Glyma.08g121100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.08g121100
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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