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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT1G17210.1 | AT | IAP-like protein 1 | JGI | N/A | IEA |
GO:0005634 | GO-cc | nucleus | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005634 | GO-cc | nucleus | JGI | N/A | IEA |
GO:0008270 | GO-mf | zinc ion binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0008270 | GO-mf | zinc ion binding | JGI | N/A | IEA |
KOG4765 | KOG | Uncharacterized conserved protein | JGI | N/A | IEA |
PTHR15835 | Panther | FAMILY NOT NAMED | JGI | N/A | IEA |
PTHR15835:SF4 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
PF07967 | PFAM | C3HC zinc finger-like | JGI | N/A | IEA |
Glyma.08g099500 not represented in the dataset |
Glyma.08g099500 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.05g143100 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma08g10480 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.08g099500.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g099500 ID=Glyma.08g099500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 CTCCCTTTCACGCGGTTGAGATTCGAAAGGCCGGTGGCGATAATGAGAAATTTGACAAGGCGCAGGCATTGGCATCGTAAAATAATATTCGTATTCGCAGTGGAGTCCACGCGCTCTGACACTTGCTTATATGCGCGAAGCTGGCATTCCCATTTCCCAGTCACTCCTCATTTTCACTTTCATTTGCTTCGGAATTCGAGAATGAGAGAAGAGGTTATCAGCTCCGGAGGCACCGTTGATCCAACACCTGCTGCCAGTTCTGCTGGGGCATCATCCCCAGCTGTTCCAATGAATGTTGGCAGCATAGATGGGTCAAGTCATGGACAAGTCTCTAAAGCGGCTTCTCTCTCATGTGTTGGTTCACAACCACCATGGACTTCATTGAGCACAAGTGCTGGTGGTTCTGCTTTTGGTTCTTCAAGATCTTCATGTAGACCTTGGGAAAGAGGAGATTTATTAAGACGTTTGGCTACATTTATTCCTTCAAATTGGCTTGGGAAGCCTCAGATCATCAGTTCATTGGCTTGTGCTCAGAAAGGCTGGATGAATAATGGTGTAGACAAAATTGCTTGCGAGTCATGTGGTTCTTGCCTGAGTTTTACAGCATTGCCATCTTGGACATTAGCTGAAGCTCAAAATGCCAACGAATCCTTTGCCAGGCAGCTGGATTCGGGTCATAAAGTTAATTGCCTTTGGAAAGGAAACAGCTGTCCTGAAAGCTTAGTGCAGTTCCCTCCAACTCCTCCATCTGCATTAATTGGGGGCTACAAGGATAGATGTGATGGACTCGTACAATTTCACAGCCTTCCTGTGGTAGCCATCTCTGCAATTGAGTTGATGTCTGTTTCTCGTGGCCCGCAAATTGAACGCTTTCTATCACAGTCTCAGAATTTTATGTCAGGAGAAGTAGATATCAAACCAGACATTGTATCTGACCTTGAAAATGCTCAAGATGAGGCATACTGTTTATACTCTCGCGCACAGAAGCTTATAAGCCTTTGTGGGTGGGAATCAAGCTGGCGTTTAAATGTTCAAGATTGTGAAGAACACTCTGCCCAATCTGAAAGAAATGGATATTCTTTTGGCCCAAGCAAGACTCAACTTCATCTTACTCAAGATCCCGGGTCAAAGGCAGTTTCTGCTTCTACTAAATTGGATGCCAGAAAGGCCAAGGCGCCTCTTAAGGAGCCTAGACTTGACTCTAGGTCACCTTTGCTTGATTGTAGCTTATGTGGCGCTACAGTTAGAATTTCAGATTTTCTGACAGTTCCTCGTCCTGCTCGTTTTGCATCTAACAGTATAGATATTCCTGATACTAGTAAAAAAATAGGATTGACTCGTGGAGCGAGTGCTGCTAGTGGAATCAGTGGTTGGATTGCAGCTGATGATACAGAGAAAGATCAGACTGAAGACCGTGACGAAGTTGCAACAACGAATGAGGGGAAATTGTTGGCGAACACAGATTTAGATTTAAATCTTTCCATGGCAGGGGGTTTTCCTTTTACTCCTTTGGGCAGGACAGCAACATCTGAATATACTCATGAGGATATGGGAAGGGATTTAATGATTGGCCAGCCTTCAGGGAGCGAGATTGGTGATCGTGCAGCTTCATATGAATCACGTGGGCCAAGCTCTCGTAAGAGAAATCTTGAAAAAGGTGGAAGCTCAGATAACCGGCCTGTTCTTAGGCTGCAGCAGCAGGCTGATAGTGTTGAAGGAACTGTCATTGATCGTGATGGTGATGAAGTTACAGATGGTGGACAATATTCAGCTGGTCCTTCAAAACGTGCACGTGACTCTGATATTTTCGACACATATTGTTCACCTCAACAAAGAGACTCATCTGGTGCCGGTCCGAGTCATTCAATGGGTTTAGAGGCTTACATTACTGGAAATCGAGTTTCTTCATACCGTCAAGGTAGTGACCTCCCAATGGGTATCCAATCAGCTAGAGACTCAACCCGTGCATCATCTGTCATTGCAATGGACACAATATGTCATAGTGTGAATGGTGATTCTATGGAAAGTGTTGAAAACTACCCTGGAGACCTTGATGATGTTCATTTCCCCTCCTCTAGCATGTATGGCAatgtggacatgaatgaaacatctgaactgaataacagcaatcaagctcagcaaagcacttgcTTACAAACAGCTACTGAAGTTGCCCGTGGTGATGTGGGTGTCAGTAGTACAAACTATGGGGAAGAACTTTTCAATGCAGAAACTGTGACTGCTCAGGCTCGTGATGGAATCAGTTTGGGCATCAGTGGAGGGAGTGTTGGAATGTGTGCTAGTCATGAAGCTGAAATCCACGGGGCTGATATATATGTGCACAGAGCTGATAGTGTTGTTGGTGAAATGGAACAGAGAGTAGAAGATGCTGAAAACCAGGGACAGACAGGTGAGTCTGTTCCAGATCCAGGTCTGATGGATGAGATTATCCCTGATATGAACAGGGAAGATCCTATTGGTGATAGCCAGGAGATGATGTCTCACTCTGCAGGAAGAACAGACAGTGGGTCAAAAATTGGCTGCTCTACAGAATCTGTTGAAAGTGGTGAAAAGATTAGTCAAAACTGCAATCTTCTACCTGCTAATAGTAGTCACCCTTCTCGTTCTTGTAATGCTAATATTTACTCTGGTTGTGAAAATACTAAGGAAGAGATCATGAAGCGTGATAAATCATCATTTGCCAACAATAGTGCTCTCCCTGAATCAGATTTTGCCATTGCAAATGGGATAGGCCCTCCAAAAGGAGAGAGTAATTATGAAGCTGCAGAGTTTGATCCTATTGTGCATCACAATCAATGTTGCCCTTGGGTTAATGGCAATGTTGCTGCTGCTGGCTGTGCTAGTTCTGTTCCAAGCACAAGTAGTGATGCAATTGCCCTTTGTGGTTGGCAGCTGACGTTAGATGCTTTGGATGCTTTGTCGCTGGGGCACAATGCAATTCCAACAGTACCATCTGAATCTGCTGCATCCCTGTACAAGAATGACCAGCAAGCACCTGGTCAAAAACTCTTTCGCAACCACTCTATGAGCTGAAGCCATGATCAACTCTAAGATTTTGTTTGAGTATTGGGTAGTTTCCATTTCCTTGTAAGTGGCTAAAGTTATATCTTAAACAAGATTGTAGAGGCGTATTGGACCAAGCTATACGTGGTATTCTTGCATTTTTCAGTTTCCCTTGCTAAAACTCAGTGAGATTTTAGCAGAAATGTTACTTTTCTCCCGGCTTTTGCACATGCTAATGCCACAAGGGAAACCGGTTGTTCAGCAGAGCGGGGGATCTTGCATTATTCTGTGTTGCCAATCAATAATAGTTTTTATCAAACTATTTATTTACTTCAAAAACTTGTCTGTAATTTGAGCATTAAATTGAAAGTTGTAAATACTGGAAATTCCTTTTATGGCAGAATTGTGTCTAGGTTTTGTAACGTGTTAATTAGAATTTTCTTTAAAAAAATTTCGTTCTGTTTAAATTTCTAGTGGTGTACATTTTTACTACTGAATAAATGTGAATTTCGTC >Glyma.08g099500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g099500 ID=Glyma.08g099500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.08g099500.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g099500 ID=Glyma.08g099500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.08g099500.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g099500.1.p locus=Glyma.08g099500 ID=Glyma.08g099500.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||