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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.08g091700

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm08
Start:6898977
stop:6902284
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.08g091700
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT2G19640.2AT ASH1-related protein 2 JGI N/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding JGI N/AIEA
PTHR12197Panther SET AND MYND DOMAIN CONTAINING JGI N/AIEA
PTHR12197:SF90Panther SET AND MYND DOMAIN-CONTAINING PROTEIN DDB_G0277331 JGI N/AIEA
PF00856PFAM SET domain JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.08g091700
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.08g091700
ParalogEvidenceComments
Glyma.05g136500 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.08g091700 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma08g09700 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.08g091700
>Glyma.08g091700.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g091700 ID=Glyma.08g091700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g091700.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g091700 ID=Glyma.08g091700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g091700.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g091700 ID=Glyma.08g091700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g091700.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g091700 ID=Glyma.08g091700.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g091700.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g091700 ID=Glyma.08g091700.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.08g091700
>Glyma.08g091700.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g091700.1.p locus=Glyma.08g091700 ID=Glyma.08g091700.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g091700.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g091700.2.p locus=Glyma.08g091700 ID=Glyma.08g091700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g091700.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g091700.3.p locus=Glyma.08g091700 ID=Glyma.08g091700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g091700.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g091700.4.p locus=Glyma.08g091700 ID=Glyma.08g091700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.08g091700
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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