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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.08g053100

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm08
Start:4114392
stop:4118759
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.08g053100
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G12700.1AT ATP binding;nucleic acid binding;helicases JGI N/AIEA
GO:0009451GO-bp RNA modification EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0090305GO-bp nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0043231GO-cc intracellular membrane-bounded organelle EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003723GO-mf RNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0004519GO-mf endonuclease activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding EnsemblGenomesN/AIEA
PTHR24015Panther FAMILY NOT NAMED JGI N/AIEA
PF01535PFAM PPR repeat JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.08g053100
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene model name correspondences to Glyma.08g053100 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma08g05770 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.08g053100
>Glyma.08g053100.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g053100.4.p locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g053100.5.p locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGAAGTAGACGATACCCTTCTTTCCTTCAATCGCATGCTCCGAAAGCACCCTCCCCCACCCATTTTCGTATTCGACAAGCTTCTGGGAGCCATTGTAAGGATGGGTCATTACCCCACCGCCATTTCCCTCTTCTCCCAACTTCACTCAAAGGGAATCACCCCTTCCATCGCCACTCTCACCATCTTGATCAATTGCTACTGCCACCAGGCTCACCTCTCTTTCGCCTTCTCTCTTCTGGGAACCATTCTCAAGATGGGGTTTCAGCCCAACATGGTCACTTTCAACACTCTCATCAACGGTTTCTGCATCAATGGTATGGTCTCTAAAGCTATGGCCTTTCGCCTCGACCTTATGGCAAAAGGGTATCCTTTGGATGAGTTCTCATATGGCTCTTTGATCAATGGCCTGTGTAAAAATGGACAAACTAGAGATGCCCTTCAATTGCTGCAAAAGATGGAAGAGGATTTGGTTCGGCCTAATCTCATTACCTATAGCACAGTCATTGATGGGCTGTGCAAAGATAGACTTATAGCCGATGCCCTCCGTTTGTTTTCTCTGGTCACTTCAAGGGGGATTTTGGTTGATGTTGTCGCCTACAATTCTCTCATCCATGGCTGTTGTAGTGTCGGTCAATGGCGAGAAGCAACTCGATTGCTAACTATGATGGTGCGGGGGAACATCAACCCAGATGATTATACCTTTAACATATTGGTTGATGCGTTGTGTAAAGAAGGAAGGATTGTGGAAGCTCAAGGCGTGTTCGCTGTGATGATGAAAAGAGGCGAGAAGCCTGACATTGTTACTTACAATGCCTTGATGGAAGGGTTTTGTTTAAGCAATAATGTTAGTGAGGCAAGAGAACTATTCAACAGGATGGTCAAAAGAGGCTTGGAACCTGATGTCTTGAATTATAATGTCTTGATTAATGGTTATTGCAAGATTGACATGGTAGATGAAGCCATGGTTCTCTTTAAAGAGATACGTTGTAAAAATTTAGTCCCTAATCTTGCTACTTATAATTCTCTTATTGATGGCTTATGCAAATTGGGGAGAATGTCATGTGTGCAGGAGCTTGTTGATGAAATGTGTGATAGGGGCCAATCCCCTGATATAGTCACTTACAACATTTTTTTAGATGCTTTTTGCAAAAGCAAACCTTATGAGAAGGCAATCTCATTATTTCGACAAATTGTCCAAGGAATTTGGCCTGATTTTTACATGTATGATGTGATTGTAGAAAATTTCTGCAAAGGTGAAAAATTAAAGATTGCAGAAGAAGCTCTTCAACATCTTTTGATACATGGCTGTTGTCCAAATGTCCGAACGTATACCATTATGATCAATGCCCTTTGTAAAGACTGCTCTTTTGATGAAGCTATGACCTTGCTTTCAAAAATGGATGACAATGATTGCCCCCCTGATGCTGTCACTTTTGAAACAATTATTGGTGCTCTCCAAGAAAGAAATGAGACTGATAAGGCAGAGAAACTTCGTCTGGAAATGATTGAAAGAGGTCTTGTAAACGATGAAGCAAGGTTGGTGCATGAACAGTGA

>Glyma.08g053100.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g053100.6.p locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGAAGTAGACGATACCCTTCTTTCCTTCAATCGCATGCTCCGAAAGCACCCTCCCCCACCCATTTTCGTATTCGACAAGCTTCTGGGAGCCATTGTAAGGATGGGTCATTACCCCACCGCCATTTCCCTCTTCTCCCAACTTCACTCAAAGGGAATCACCCCTTCCATCGCCACTCTCACCATCTTGATCAATTGCTACTGCCACCAGGCTCACCTCTCTTTCGCCTTCTCTCTTCTGGGAACCATTCTCAAGATGGGGTTTCAGCCCAACATGGTCACTTTCAACACTCTCATCAACGGTTTCTGCATCAATGGTATGGTCTCTAAAGCTATGGCCTTTCGCCTCGACCTTATGGCAAAAGGGTATCCTTTGGATGAGTTCTCATATGGCTCTTTGATCAATGGCCTGTGTAAAAATGGACAAACTAGAGATGCCCTTCAATTGCTGCAAAAGATGGAAGAGGATTTGGTTCGGCCTAATCTCATTACCTATAGCACAGTCATTGATGGGCTGTGCAAAGATAGACTTATAGCCGATGCCCTCCGTTTGTTTTCTCTGGTCACTTCAAGGGGGATTTTGGTTGATGTTGTCGCCTACAATTCTCTCATCCATGGCTGTTGTAGTGTCGGTCAATGGCGAGAAGCAACTCGATTGCTAACTATGATGGTGCGGGGGAACATCAACCCAGATGATTATACCTTTAACATATTGGTTGATGCGTTGTGTAAAGAAGGAAGGATTGTGGAAGCTCAAGGCGTGTTCGCTGTGATGATGAAAAGAGGCGAGAAGCCTGACATTGTTACTTACAATGCCTTGATGGAAGGGTTTTGTTTAAGCAATAATGTTAGTGAGGCAAGAGAACTATTCAACAGGATGGTCAAAAGAGGCTTGGAACCTGATGTCTTGAATTATAATGTCTTGATTAATGGTTATTGCAAGATTGACATGGTAGATGAAGCCATGGTTCTCTTTAAAGAGATACGTTGTAAAAATTTAGTCCCTAATCTTGCTACTTATAATTCTCTTATTGATGGCTTATGCAAATTGGGGAGAATGTCATGTGTGCAGGAGCTTGTTGATGAAATGTGTGATAGGGGCCAATCCCCTGATATAGTCACTTACAACATTTTTTTAGATGCTTTTTGCAAAAGCAAACCTTATGAGAAGGCAATCTCATTATTTCGACAAATTGTCCAAGGAATTTGGCCTGATTTTTACATGTATGATGTGATTGTAGAAAATTTCTGCAAAGGTGAAAAATTAAAGATTGCAGAAGAAGCTCTTCAACATCTTTTGATACATGGCTGTTGTCCAAATGTCCGAACGTATACCATTATGATCAATGCCCTTTGTAAAGACTGCTCTTTTGATGAAGCTATGACCTTGCTTTCAAAAATGGATGACAATGATTGCCCCCCTGATGCTGTCACTTTTGAAACAATTATTGGTGCTCTCCAAGAAAGAAATGAGACTGATAAGGCAGAGAAACTTCGTCTGGAAATGATTGAAAGAGGTCTTGTAAACGATGAAGCAAGGGTTGTCAAAAGCGGTGCTATAGCAGGGTAG

>Glyma.08g053100.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g053100.7.p locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g053100.8.p locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.08g053100.9.p locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGAAGTAGACGATACCCTTCTTTCCTTCAATCGCATGCTCCGAAAGCACCCTCCCCCACCCATTTTCGTATTCGACAAGCTTCTGGGAGCCATTGTAAGGATGGGTCATTACCCCACCGCCATTTCCCTCTTCTCCCAACTTCACTCAAAGGGAATCACCCCTTCCATCGCCACTCTCACCATCTTGATCAATTGCTACTGCCACCAGGCTCACCTCTCTTTCGCCTTCTCTCTTCTGGGAACCATTCTCAAGATGGGGTTTCAGCCCAACATGGTCACTTTCAACACTCTCATCAACGGTTTCTGCATCAATGGTATGGTCTCTAAAGCTATGGCCTTTCGCCTCGACCTTATGGCAAAAGGGTATCCTTTGGATGAGTTCTCATATGGCTCTTTGATCAATGGCCTGTGTAAAAATGGACAAACTAGAGATGCCCTTCAATTGCTGCAAAAGATGGAAGAGGATTTGGTTCGGCCTAATCTCATTACCTATAGCACAGTCATTGATGGGCTGTGCAAAGATAGACTTATAGCCGATGCCCTCCGTTTGTTTTCTCTGGTCACTTCAAGGGGGATTTTGGTTGATGTTGTCGCCTACAATTCTCTCATCCATGGCTGTTGTAGTGTCGGTCAATGGCGAGAAGCAACTCGATTGCTAACTATGATGGTGCGGGGGAACATCAACCCAGATGATTATACCTTTAACATATTGGTTGATGCGTTGTGTAAAGAAGGAAGGATTGTGGAAGCTCAAGGCGTGTTCGCTGTGATGATGAAAAGAGGCGAGAAGCCTGACATTGTTACTTACAATGCCTTGATGGAAGGGTTTTGTTTAAGCAATAATGTTAGTGAGGCAAGAGAACTATTCAACAGGATGGTCAAAAGAGGCTTGGAACCTGATGTCTTGAATTATAATGTCTTGATTAATGGTTATTGCAAGATTGACATGGTAGATGAAGCCATGGTTCTCTTTAAAGAGATACGTTGTAAAAATTTAGTCCCTAATCTTGCTACTTATAATTCTCTTATTGATGGCTTATGCAAATTGGGGAGAATGTCATGTGTGCAGGAGCTTGTTGATGAAATGTGTGATAGGGGCCAATCCCCTGATATAGTCACTTACAACATTTTTTTAGATGCTTTTTGCAAAAGCAAACCTTATGAGAAGGCAATCTCATTATTTCGACAAATTGTCCAAGGAATTTGGCCTGATTTTTACATGTATGATGTGATTGTAGAAAATTTCTGCAAAGGTGAAAAATTAAAGATTGCAGAAGAAGCTCTTCAACATCTTTTGATACATGGCTGTTGTCCAAATGTCCGAACGTATACCATTATGATCAATGCCCTTTGTAAAGACTGCTCTTTTGATGAAGCTATGACCTTGCTTTCAAAAATGGATGACAATGATTGCCCCCCTGATGCTGTCACTTTTGAAACAATTATTGGTGCTCTCCAAGAAAGAAATGAGACTGATAAGGCAGAGAAACTTCGTCTGGAAATGATTGAAAGAGGTCTTGTAAACGATGAAGCAAGGGTTGTCAAAAGCGGTGCTATAGCAGGGTAG
Predicted protein sequences of Glyma.08g053100
>Glyma.08g053100.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g053100.1 locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g053100.10 locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g053100.2 locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g053100.3 locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g053100.4 locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.08g053100.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.08g053100.5 locus=Glyma.08g053100 ID=Glyma.08g053100.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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