Glyma.07g259400

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.07g259400): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.07g259400

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm07
Start:	43496747
stop:	43507314
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.07g259400

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT4G21820.1	AT	binding;calmodulin binding	JGI	N/A	IEA
GO:0007051	GO-bp	spindle organization	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005488	GO-mf	binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005515	GO-mf	protein binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005515	GO-mf	protein binding	JGI	N/A	IEA
KOG0165	KOG	Microtubule-associated protein Asp	JGI	N/A	IEA
PTHR13140	Panther	MYOSIN	JGI	N/A	IEA
PTHR13140:SF32	Panther		JGI	N/A	IEA
PF00307	PFAM	Calponin homology (CH) domain	JGI	N/A	IEA
PF00514	PFAM	Armadillo/beta-catenin-like repeat	JGI	N/A	IEA
PF00612	PFAM	IQ calmodulin-binding motif	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.07g259400

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.07g259400 not represented in the dataset	Glyma.07g259400 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

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Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.07g259400

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.17g014900	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.07g259400 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma07g38930	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.07g259400

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.07g259400.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g259400 ID=Glyma.07g259400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g259400.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g259400 ID=Glyma.07g259400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g259400.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g259400 ID=Glyma.07g259400.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.07g259400

Limit To All Plant Sequences

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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain