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Report for Sequence Feature Glyma.07g253800

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm07
Start:43085013
stop:43089960
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.07g253800
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT4G03000.1AT RING/U-box superfamily protein JGI N/AIEA
GO:0009966GO-bp regulation of signal transduction EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016567GO-bp protein ubiquitination EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005737GO-cc cytoplasm EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0004842GO-mf ubiquitin-protein transferase activity EnsemblGenomesN/AIEA
KOG4172 KOG Predicted E3 ubiquitin ligase JGI N/AIEA
PTHR10044Panther INHIBITOR OF APOPTOSIS JGI N/AIEA
PTHR10044:SF81Panther JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.07g253800
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.07g253800
ParalogEvidenceComments
Glyma.17g020500 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.07g253800 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma07g38400 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.07g253800
>Glyma.07g253800.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TACATGAGAATAGAATTTAGAAATACGTTCAGCCCAAAATTACCATTTATTATTATTTTTTTTCGTGAGGAAGAGGCGTTCCATGCTTAAAGCCTCCATCCAAGCTCTCCGACCTCAGCATCTGCACAAaaataaacaaaaaataaataaaGGAGAAAAAAAAAACAATGACAAAAGAAGTGTGAATTTTCTTTCTGATTCTCCAATTTTCTAAGATCGATCGCACCTTTGATTATTGGAAAAATTGCTCCAATCGGTTGTAGCAGTCAAATGTCTCCTTCAGTTTCTTGTCAAGAAAAAGGAAGTAGGAACAAAAGAAAATTCAGAGTTGATCCACCTCTAGGGGAGCCAAATAAGTTCATTCCTGCACCTCAACTCAAGTGCTTCAGTTATGAATTCTCTGCTGAGAGGTTTGAAATAACCCCAGGTCATGGACAAGCTGCTGCTTGTGACCTGTGTGGTGTTAGCCAAGATTATTCTGATGGATTGAAACTTGGCCTTGGATTGTATAATCCTGGAACATCTGAGGTCGGGCCTAGTCAATCTAAGGACGAACCTGAGACAGATGAAATTAATGATGCAGATTGGAGCGATCTCACAGAAGCCCAGCTGGAAGAACTTGTCCTGACTAATTTGGACACCATTCTCAAGAGTGCAATTAAAAAAATTGTAGCATGCGGCTACACTGAAGACGTTGCTACTAAGGCCATTTTAAGACCTGGCATCTGTTATGGATGTAAAGATACTTTGTCTAATATTGTTGATAATTCTTTAGCATTTCTTAGAAATGGTCAAGAGATTGATACATCACGAGAGCACTATTTTGAAGATCTAGTGCAGCTTGAGAAGTATAACTTGGCTGAATTGGTTTGTGTTCTTCGAGAGGTTAGGCCATTCTTCAGTGTTGGGGATGCAATGTGGTGTTTGTTAATTTGTGACATGAATGTGTCACATGCTTGTGCAATGGATTGTAACCCTTTAAGTAGTTTAGGTAATGATAATTCTACTGGTGGTCCATCTAACCAAGCTGAATCACTATCAAAAGCAGAAACCAAATGTCCTGAACCGAGTCTTATAAGTCCTAGTAAATCAATTCCTACATGTTCTCATAATTCTCAATCAAAGAAACCCTTTGTGACAAGAATTCCTGGTGTGAACAACTTGAATCCTCAAATTATTGGTGGAGCCTCAGAGAAGGAGGGTGCCAGTTGTGGATCTGAGTGCATTAATAAAGCATTCAGCGCTGCAGGAACATCTCAATCTGGCCTGATGAAAGAAAAGCGTGGAACAGTTAGAAAGGTCCATTCTGGTAGCACCAAGAGAGACTACATTCTTCAACACAAGTCATTTCACAAAGAAAAAAGTTATCGTACTTATGGATTAAAAGGGTCTTCAAGACGAGGAAAAGTGAATGGCTTGAGTGGTTTGGTCTTGGATAAAAAACTTAAATCTGTGTCAGAATCTTCTACCATAAACTTAAAGAGTGCATCCTTACAGATAAGTAAGGCAGTGGGCATTGATACTACGCAAGACAGTATTAGTGTTAACTTTTCATGTAATGCTGGGACTTCTACATCCACTGCATTTAGCCTGGTGAATTCTTCTGATTCTGTTTGTAGATCAACCAATACTTCATTTGCAATAAATGCAGCAAATACTATACCCGTATTCAGTTGTCCAGCTTCATTATCAGCTACCAATACAGATCTTTCTCTCTCATTGTCTTCAAAAATCAAGCCTTCTACGGAATCTGTCTGCAGCAATAATGAGGCACCTAATAGTAGTTATATGGGAATACTGTataataataataataataataaGTCCCCAAGGCAGTGGATACCCCACGATGGAAAGGATGAGATGATTTTAAAACTGCTTCCAAGGGTTCGGGAGCTGCAAAACCAGCTTCAAGAATGGACAGAGTGGGCTAATCAGAAGGTCATGCAAGCTGCTCGTCGTCTGAGTAAGGAAAAGGCTGAGCTTCAGACACTAAGGCAAGAGAAAGAGGAAGTTGAACGTCTAAAAAAAGAGAAGCAATCTCTAGAGGAAAATACCTTGAAGAAGCTTTCTGAGATGGAAAATGCCCTGTGTAAAGTTAGTGGGCAGGTAGAGCGAGCTAATGCCACTGTCCGGAAGCTCGAGGTGGAGAAGGCTGCACTGAGGAAAGAGGTGGAGGCTGCTAAGATACGTGCCACAGAAACTGCTGCAAGCTGTCAAGAGGTCTCAAGGAGAGAAAAGAAGACACAAATGAAGTTTCAGTCATGGGAAAAGCAGAAATCCTTGTTTCAGGAAGAGCTAACGATTGAAAAACGGAAATTGGCACAGCTGCTGCAGGAATTAGAACAAGCTAGAATGCAGCAGGAGCAAGTTGAGGGTAGATGGCAGCAGGAAGCAAAGGCAAAGGAAGAGTTTATCCTGCAGGCCAGTTCTATAAAAAAGGAAAGAGAACAAATTGAGGAATCAGGAAAATCCAAGGAGGATGCGATCAAATTAAAAGCAGAGAGGAATCGGCAAATGTACAGAGATGACATCCATAAACTTGAAAAGGAAATTTCCCAACTAAGACTGAAGACTGACTCTTCAAAAATTGCTGCACTGAGGATGGGCATTGATGGATGCTATGCCAGCAAATGCTTGGACATGAAAAATGGCACTGCTCAGAAGGAACCCCGGGCTTCTTTCATCTCAGAGCTAGTCATTGACCACTCAGCGACAGGTGGTGTGAAACGGGAACAAGAATGTGTGATGTGCCTTTCAGAGGAGATGTCTGTTCTGTTCATGCCATGTGCTCATCAGGTTGTTTGCAAAACATGTAATGAGCTCCATGAGAAGCAGGGTATGCAAGATTGCCCTTCTTGCAGGAGCCCTATCCAACAGCGTATTGCTGTGCGCTTTCCACGTATTTGATTTATTTATTTGCTTGAGATTTGTTTTGTTGTTGTTGCACTTGTCTTTGCTTGTTTGATAGTATGTAATGG

>Glyma.07g253800.14 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.15 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.9 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AAAGGTAAGATCTGGCTGATGGGTACATGAGAATAGAATTTAGAAATACGTTCAGCCCAAAATTACCATTTATTATTATTTTTTTTCGTGAGGAAGAGGCGTTCCATGCTTAAAGCCTCCATCCAAGCTCTCCGACCTCAGCATCTGCACAAaaataaacaaaaaataaataaaGGAGAAAAAAAAAACAATGACAAAAGAAGTGTGAATTTTCTTTCTGATTCTCCAATTTTCTAAGATCGATCGCACCTTTGATTATTGGAAAAATTGCTCCAATCGGTTGTAGCAGTCAAATGTCTCCTTCAGTTTCTTGTCAAGAAAAAGGAAGTAGGAACAAAAGAAAATTCAGAGTTGATCCACCTCTAGGGGAGCCAAATAAGTTCATTCCTGCACCTCAACTCAAGTGCTTCAGTTATGAATTCTCTGCTGAGAGGTTTGAAATAACCCCAGGTCATGGACAAGCTGCTGCTTGTGACCTGTGTGGTGTTAGCCAAGATTATTCTGATGGATTGAAACTTGGCCTTGGATTGTATAATCCTGGAACATCTGAGGTCGGGCCTAGTCAATCTAAGGACGAACCTGAGACAGATGAAATTAATGATGCAGATTGGAGCGATCTCACAGAAGCCCAGCTGGAAGAACTTGTCCTGACTAATTTGGACACCATTCTCAAGAGTGCAATTAAAAAAATTGTAGCATGCGGCTACACTGAAGACGTTGCTACTAAGGCCATTTTAAGACCTGGCATCTGTTATGGATGTAAAGATACTTTGTCTAATATTGTTGATAATTCTTTAGCATTTCTTAGAAATGGTCAAGAGATTGATACATCACGAGAGCACTATTTTGAAGATCTAGTGCAGCTTGAGAAGTATAACTTGGCTGAATTGGTTTGTGTTCTTCGAGAGGTTAGGCCATTCTTCAGTGTTGGGGATGCAATGTGGTGTTTGTTAATTTGTGACATGAATGTGTCACATGCTTGTGCAATGGATTGTAACCCTTTAAGTAGTTTAGGTAATGATAATTCTACTGGTGGTCCATCTAACCAAGCTGAATCACTATCAAAAGCAGAAACCAAATGTCCTGAACCGAGTCTTATAAGTCCTAGTAAATCAATTCCTACATGTTCTCATAATTCTCAATCAAAGAAACCCTTTGTGACAAGAATTCCTGGTGTGAACAACTTGAATCCTCAAATTATTGGTGGAGCCTCAGAGAAGGAGGGTGCCAGTTGTGGATCTGAGTGCATTAATAAAGCATTCAGCGCTGCAGGAACATCTCAATCTGGCCTGATGAAAGAAAAGCGTGGAACAGTTAGAAAGGTCCATTCTGGTAGCACCAAGAGAGACTACATTCTTCAACACAAGTCATTTCACAAAGAAAAAAGTTATCGTACTTATGGATTAAAAGGGTCTTCAAGACGAGGAAAAGTGAATGGCTTGAGTGGTTTGGTCTTGGATAAAAAACTTAAATCTGTGTCAGAATCTTCTACCATAAACTTAAAGAGTGCATCCTTACAGATAAGTAAGGCAGTGGGCATTGATACTACGCAAGACAGTATTAGTGTTAACTTTTCATGTAATGCTGGGACTTCTACATCCACTGCATTTAGCCTGGTGAATTCTTCTGATTCTGTTTGTAGATCAACCAATACTTCATTTGCAATAAATGCAGCAAATACTATACCCGTATTCAGTTGTCCAGCTTCATTATCAGCTACCAATACAGATCTTTCTCTCTCATTGTCTTCAAAAATCAAGCCTTCTACGGAATCTGTCTGCAGCAATAATGAGGCACCTAATAGTAGTTATATGGGAATACTGTataataataataataataataaGTCCCCAAGGCAGTGGATACCCCACGATGGAAAGGATGAGATGATTTTAAAACTGCTTCCAAGGGTTCGGGAGCTGCAAAACCAGCTTCAAGAATGGACAGAGTGGGCTAATCAGAAGGTCATGCAAGCTGCTCGTCGTCTGAGTAAGGAAAAGGCTGAGCTTCAGACACTAAGGCAAGAGAAAGAGGAAGTTGAACGTCTAAAAAAAGAGAAGCAATCTCTAGAGGAAAATACCTTGAAGAAGCTTTCTGAGATGGAAAATGCCCTGTGTAAAGTTAGTGGGCAGGTAGAGCGAGCTAATGCCACTGTCCGGAAGCTCGAGGTGGAGAAGGCTGCACTGAGGAAAGAGGTGGAGGCTGCTAAGATACGTGCCACAGAAACTGCTGCAAGCTGTCAAGAGGTCTCAAGGAGAGAAAAGAAGACACAAATGAAGTTTCAGTCATGGGAAAAGCAGAAATCCTTGTTTCAGGAAGAGCTAACGATTGAAAAACGGAAATTGGCACAGCTGCTGCAGGAATTAGAACAAGCTAGAATGCAGCAGGAGCAAGTTGAGAACCAATGGACCGTGCCTGTATGTTAAATGATATGGGCCTCAAACCAATTTCCCCCTTGCCAGAGTGTTAGCAAATACCTATGACCAAGGGAAAATATCACAGGGTAGATGGCAGCAGGAAGCAAAGGCAAAGGAAGAGTTTATCCTGCAGGCCAGTTCTATAAAAAAGGAAAGAGAACAAATTGAGGAATCAGGAAAATCCAAGGAGGATGCGATCAAATTAAAAGCAGAGAGGAATCGGCAAATGTACAGAGATGACATCCATAAACTTGAAAAGGAAATTTCCCAACTAAGACTGAAGACTGACTCTTCAAAAATTGCTGCACTGAGGATGGGCATTGATGGATGCTATGCCAGCAAATGCTTGGACATGAAAAATGGCACTGCTCAGAAGGAACCCCGGGCTTCTTTCATCTCAGAGCTAGTCATTGACCACTCAGCGACAGGTGGTGTGAAACGGGAACAAGAATGTGTGATGTGCCTTTCAGAGGAGATGTCTGTTCTGTTCATGCCATGTGCTCATCAGGTTGTTTGCAAAACATGTAATGAGCTCCATGAGAAGCAGGGTATGCAAGATTGCCCTTCTTGCAGGAGCCCTATCCAACAGCGTATTGCTGTGCGCTTTCCACGATTTGTTTTGTTGTTGTTGCACTTGTCTTTGCTTGTTTGATAGTATGTAATGG
Coding sequences of Glyma.07g253800
>Glyma.07g253800.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.1.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.10 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.10.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.12 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.12.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.13 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.13.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.14 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.14.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.15 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.15.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.16 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.16.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.2.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.3.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.4.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.5.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.6.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.7.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.8.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.9.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.07g253800
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