Glyma.07g253800

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Report for Sequence Feature Glyma.07g253800

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm07
Start:	43085013
stop:	43089960
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.07g253800

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT4G03000.1	AT	RING/U-box superfamily protein	JGI	N/A	IEA
GO:0009966	GO-bp	regulation of signal transduction	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0016567	GO-bp	protein ubiquitination	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005737	GO-cc	cytoplasm	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0004842	GO-mf	ubiquitin-protein transferase activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
KOG4172	KOG	Predicted E3 ubiquitin ligase	JGI	N/A	IEA
PTHR10044	Panther	INHIBITOR OF APOPTOSIS	JGI	N/A	IEA
PTHR10044:SF81	Panther		JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.07g253800

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.07g253800 not represented in the dataset	Glyma.07g253800 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

Related Plant Genes

Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.07g253800

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.17g020500	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.07g253800 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma07g38400	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.07g253800

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.07g253800.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.15 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.16 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.9 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AAAGGTAAGATCTGGCTGATGGGTACATGAGAATAGAATTTAGAAATACGTTCAGCCCAAAATTACCATTTATTATTATTTTTTTTCGTGAGGAAGAGGCGTTCCATGCTTAAAGCCTCCATCCAAGCTCTCCGACCTCAGCATCTGCACAAaaataaacaaaaaataaataaaGGAGAAAAAAAAAACAATGACAAAAGAAGTGTGAATTTTCTTTCTGATTCTCCAATTTTCTAAGATCGATCGCACCTTTGATTATTGGAAAAATTGCTCCAATCGGTTGTAGCAGTCAAATGTCTCCTTCAGTTTCTTGTCAAGAAAAAGGAAGTAGGAACAAAAGAAAATTCAGAGTTGATCCACCTCTAGGGGAGCCAAATAAGTTCATTCCTGCACCTCAACTCAAGTGCTTCAGTTATGAATTCTCTGCTGAGAGGTTTGAAATAACCCCAGGTCATGGACAAGCTGCTGCTTGTGACCTGTGTGGTGTTAGCCAAGATTATTCTGATGGATTGAAACTTGGCCTTGGATTGTATAATCCTGGAACATCTGAGGTCGGGCCTAGTCAATCTAAGGACGAACCTGAGACAGATGAAATTAATGATGCAGATTGGAGCGATCTCACAGAAGCCCAGCTGGAAGAACTTGTCCTGACTAATTTGGACACCATTCTCAAGAGTGCAATTAAAAAAATTGTAGCATGCGGCTACACTGAAGACGTTGCTACTAAGGCCATTTTAAGACCTGGCATCTGTTATGGATGTAAAGATACTTTGTCTAATATTGTTGATAATTCTTTAGCATTTCTTAGAAATGGTCAAGAGATTGATACATCACGAGAGCACTATTTTGAAGATCTAGTGCAGCTTGAGAAGTATAACTTGGCTGAATTGGTTTGTGTTCTTCGAGAGGTTAGGCCATTCTTCAGTGTTGGGGATGCAATGTGGTGTTTGTTAATTTGTGACATGAATGTGTCACATGCTTGTGCAATGGATTGTAACCCTTTAAGTAGTTTAGGTAATGATAATTCTACTGGTGGTCCATCTAACCAAGCTGAATCACTATCAAAAGCAGAAACCAAATGTCCTGAACCGAGTCTTATAAGTCCTAGTAAATCAATTCCTACATGTTCTCATAATTCTCAATCAAAGAAACCCTTTGTGACAAGAATTCCTGGTGTGAACAACTTGAATCCTCAAATTATTGGTGGAGCCTCAGAGAAGGAGGGTGCCAGTTGTGGATCTGAGTGCATTAATAAAGCATTCAGCGCTGCAGGAACATCTCAATCTGGCCTGATGAAAGAAAAGCGTGGAACAGTTAGAAAGGTCCATTCTGGTAGCACCAAGAGAGACTACATTCTTCAACACAAGTCATTTCACAAAGAAAAAAGTTATCGTACTTATGGATTAAAAGGGTCTTCAAGACGAGGAAAAGTGAATGGCTTGAGTGGTTTGGTCTTGGATAAAAAACTTAAATCTGTGTCAGAATCTTCTACCATAAACTTAAAGAGTGCATCCTTACAGATAAGTAAGGCAGTGGGCATTGATACTACGCAAGACAGTATTAGTGTTAACTTTTCATGTAATGCTGGGACTTCTACATCCACTGCATTTAGCCTGGTGAATTCTTCTGATTCTGTTTGTAGATCAACCAATACTTCATTTGCAATAAATGCAGCAAATACTATACCCGTATTCAGTTGTCCAGCTTCATTATCAGCTACCAATACAGATCTTTCTCTCTCATTGTCTTCAAAAATCAAGCCTTCTACGGAATCTGTCTGCAGCAATAATGAGGCACCTAATAGTAGTTATATGGGAATACTGTataataataataataataataaGTCCCCAAGGCAGTGGATACCCCACGATGGAAAGGATGAGATGATTTTAAAACTGCTTCCAAGGGTTCGGGAGCTGCAAAACCAGCTTCAAGAATGGACAGAGTGGGCTAATCAGAAGGTCATGCAAGCTGCTCGTCGTCTGAGTAAGGAAAAGGCTGAGCTTCAGACACTAAGGCAAGAGAAAGAGGAAGTTGAACGTCTAAAAAAAGAGAAGCAATCTCTAGAGGAAAATACCTTGAAGAAGCTTTCTGAGATGGAAAATGCCCTGTGTAAAGTTAGTGGGCAGGTAGAGCGAGCTAATGCCACTGTCCGGAAGCTCGAGGTGGAGAAGGCTGCACTGAGGAAAGAGGTGGAGGCTGCTAAGATACGTGCCACAGAAACTGCTGCAAGCTGTCAAGAGGTCTCAAGGAGAGAAAAGAAGACACAAATGAAGTTTCAGTCATGGGAAAAGCAGAAATCCTTGTTTCAGGAAGAGCTAACGATTGAAAAACGGAAATTGGCACAGCTGCTGCAGGAATTAGAACAAGCTAGAATGCAGCAGGAGCAAGTTGAGAACCAATGGACCGTGCCTGTATGTTAAATGATATGGGCCTCAAACCAATTTCCCCCTTGCCAGAGTGTTAGCAAATACCTATGACCAAGGGAAAATATCACAGGGTAGATGGCAGCAGGAAGCAAAGGCAAAGGAAGAGTTTATCCTGCAGGCCAGTTCTATAAAAAAGGAAAGAGAACAAATTGAGGAATCAGGAAAATCCAAGGAGGATGCGATCAAATTAAAAGCAGAGAGGAATCGGCAAATGTACAGAGATGACATCCATAAACTTGAAAAGGAAATTTCCCAACTAAGACTGAAGACTGACTCTTCAAAAATTGCTGCACTGAGGATGGGCATTGATGGATGCTATGCCAGCAAATGCTTGGACATGAAAAATGGCACTGCTCAGAAGGAACCCCGGGCTTCTTTCATCTCAGAGCTAGTCATTGACCACTCAGCGACAGGTGGTGTGAAACGGGAACAAGAATGTGTGATGTGCCTTTCAGAGGAGATGTCTGTTCTGTTCATGCCATGTGCTCATCAGGTTGTTTGCAAAACATGTAATGAGCTCCATGAGAAGCAGGGTATGCAAGATTGCCCTTCTTGCAGGAGCCCTATCCAACAGCGTATTGCTGTGCGCTTTCCACGATTTGTTTTGTTGTTGTTGCACTTGTCTTTGCTTGTTTGATAGTATGTAATGG

Coding sequences of Glyma.07g253800

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.07g253800.12 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.12.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.13 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.13.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.14 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.14.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.15 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.15.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.16 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.16.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.2.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.3.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.5.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.6.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.7.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.8.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g253800.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g253800.9.p locus=Glyma.07g253800 ID=Glyma.07g253800.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.07g253800

Limit To All Plant Sequences

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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain