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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT4G15880.1 | AT | Cysteine proteinases superfamily protein | JGI | N/A | IEA |
GO:0006508 | GO-bp | proteolysis | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0006508 | GO-bp | proteolysis | JGI | N/A | IEA |
GO:0016926 | GO-bp | protein desumoylation | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005634 | GO-cc | nucleus | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0004175 | GO-mf | endopeptidase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0008234 | GO-mf | cysteine-type peptidase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0008234 | GO-mf | cysteine-type peptidase activity | JGI | N/A | IEA |
KOG0778 | KOG | Protease, Ulp1 family | JGI | N/A | IEA |
PTHR12606 | Panther | SENTRIN/SUMO-SPECIFIC PROTEASE | JGI | N/A | IEA |
PF02902 | PFAM | Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain | JGI | N/A | IEA |
Glyma.07g246900 not represented in the dataset |
Glyma.07g246900 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.17g027100 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma07g37640 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.07g246900.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g246900 ID=Glyma.07g246900.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.07g246900.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.07g246900.1 locus=Glyma.07g246900 ID=Glyma.07g246900.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MAVVTSNGKRRQHWPSANYHFPSPNSKRPRLPTMSQNHAQSVLSSSSIISRISTYPETKPPLHREVHAPCRPRKFDSPAFNRSAHYYRKEEISHDVGNLLSKNYQRAKNSALASIRFGEKGKEVIEVDADSSKDMVSEEDSSVEEVRFVEEDGREVRSVVTEHKWQEGDLVVTEVKDLDAKDMCGGPQQQSTSSVVSELTNGDLNVVNAEKMLDILSLTPDHDLSSVQAYKKLLDALGQRTDTLNRLEAEIKVNEKRMSTFELLRPKKELVEEVPLEPFIPLTKEEEVEVAHAFSTNRKKILVSHEKSGIEISGEKFQCLRPGAWLNDEVINVYLELLKERERREPQKFLNCHFFSTFFYKRLISGKNGYDFKSVRRWTSQKKLGYGLHECDKIFVPIHKEIHWCLAVINKKDKKFQYLDSLRGTDAQVMKVLASYIVDEVKDKTGKDIDVSSWKKEFVEDLPEQQNGYDCGVFMIKYADFYSRNLGLCFNQEHMSYFRRRTAKEILRLKAN* >Glyma.07g246900.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.07g246900.10 locus=Glyma.07g246900 ID=Glyma.07g246900.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||