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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.07g214000

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm07
Start:38604950
stop:38610741
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.07g214000
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G52950.1AT Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein JGI N/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016021GO-cc integral component of membrane EnsemblGenomesN/AIEA
PTHR23273Panther REPLICATION FACTOR A 1, RFA1 JGI N/AIEA
PF02721PFAM Domain of unknown function DUF223 JGI N/AIEA
PF08646PFAM Replication factor-A C terminal domain JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.07g214000
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.07g214000 not represented in the dataset
Glyma.07g214000 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Gene model name correspondences to Glyma.07g214000 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma07g33701 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.07g214000
>Glyma.07g214000.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g214000 ID=Glyma.07g214000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g214000.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g214000 ID=Glyma.07g214000.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TTTGGCGTTAATATAAAGTAGCAGATCGAGGTACGTGCAGTTACATTTGCATTCTTTCTGCTCTGCCATATTGCCTATATTCACACTGATCTTTTGCAGAACTAACTTCTCATTGCTACTTTGATCAGCACAAGTCTTGTATTTGCTTGTTACATTATTCTCATGAATTGGCAGTTCTATCCAATTTTATGGCAAGGATTCCTGACAAGATTAAGTCTATTGATGGGTCAAGAGAGACGCTTAAGCTTGCTGTGAGAATCACCGACCTTTGGTTCGTTGGGACTCCCAACAAGTTTGAGCAAGCGGAAATGGTTATTGTTGATTCTGAGGGTGATCAAATTCATGTTGTTTGTAAAGCGGACCACCTAAAGTCTTGGAAAGCTGATTTGAAGGAGAATTCCACTTATGTTATGCATAATTTCAAAGTGGTCAAGAATGATGGTCAATTTAGAGTGTGTGAACATGAGTACAAGTTAGCTTTTATTGGAGTGACTATTGTTAGAGAAGTTGATTTGCATGAACTACCTTTTAAGGAATTTAGATTTGTTGAATTTGGAAATGTCGTTGCTGGGAATTTTGTGGTTGGCCTGTTGGTTGATATTATTGGGGTCGTTGATCAGGTGCTTTTTCAGCATGTTTCATCAAAAAATACCAGGGTTGTTTTTAGAATGAAGGATTTAAGTGGTGAAGTTTTATCTTGCACACTTTGGGAAAATTATTGTATGCAGTTCTTAGCCTATTTGAATGAACGTGGAAATGATGGGCCGATCGTTATTATTTTGACACATGCCAGAATAAAAGATGCGCAGGGAAGTTATCTAGCTTCAGTGAGTAATTCGTTCAAGGCCTCAAAATTATTAATTAATGAACCTATATTGGAAATCCAGGAATTTAGAGAGAGGCTTTTAGATTTAGGTGTTAAGGTCAGCCCAGTTTTGCCACCTGGCGATCAAGGAAGTTCACAACTTTCAAGGGGAAGCCAACTATCATCAAAGGATGCATTTCTTTCGAAAGTTGAAGCCAAAACTATTTACGAGATCAATGGCATTTCTGAGGATGTTGTTTGTGTTACAGTGGGCACTATTAGCAAAATAGTCATGAATAATCATTCATGGTGTTATCCAGCTTGCGTTCAATGTCATAGAAAAACTGACATCCAAACAGGACCATTCACATGCGGATGTGGCAAAAATAATGACCAGCCTGTTCTAAGAGTTGAAGTAATGGTTAGCCAAAACAATGACAGTAGCAAGTTTTTGCTCTGGGACCGTGAATGTGCTGAATTGATTGGTCAAACAGCTGATGAAGTGAATAGGGTCAAGATTGAAGATGGTGATGTTGATTTAAATGCTTCTCCTCAAGCAGTTGATAGGCTGTTGGGTTATGTGCTTGCTTTTAAGGTTAGGATTCAATCAAAATTCAGGAATGTCGTTGTTCTTAGATGCTCAAATGAATTAGATTTGATCAATGTTGTGCTCGACATGCTGGCTGATACTGAGGCATGTTCGAAAATAGATGCTTCGAACGTTGATTGCAATAATGCTACGCATCCTGAATGTCGGACCATTATCCAATTGCAGGATTCCCTTTAACGCCCAAAAAACGGCTATCATCTGATGAAGTTGATGATGAGTTAGGAAGCTCCCAAATTTCCCCAACCCAACTATCGTCTAACAAATTAACAAGGCATTATGATAAGAGTGAATTTAGATAATTCTAGATTGTTTTGACTGTGTTTTCACGGTGCTGTTATAATATTGTGGGATTAAGCAAACAATTATGTAGTTTTGCTTATGACTACCTCTGACAATTCCTCTGACATTTCTTTCCACCATGCTGATGTTTTGGCCATTTGAAAATCCATTTTTTTGGATTCATGCTATTTTGTCTCTTGGTACTGTACATTTTTGTCTTTTATATTCTGTCAGTTCTGGAGCTAACTATGACTTATTTTTAACAGCTTACAATTCACTCAATTGTGGGCAATTAAAGCTAAGCAATTGTCTGTTAGGGTGCTTTTTTGTGAAGCTTTTAGACGTCTTAAATTGACAATTGCACGTATCATGTGTTGCTACCGTAATATTAGAAGTTT

>Glyma.07g214000.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g214000 ID=Glyma.07g214000.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GCCATATTGCCTATATTCACACTGATCTTTTGCAGAACTAACTTCTCATTGCTACTTTGATCAGCACAAGTCTTGTATTTGCTTGTTACATTATTCTCATGGATTCCTGACAAGATTAAGTCTATTGATGGGTCAAGAGAGACGCTTAAGCTTGCTGTGAGAATCACCGACCTTTGGTTCGTTGGGACTCCCAACAAGTTTGAGCAAGCGGAAATGGTTATTGTTGATTCTGAGGGTGATCAAATTCATGTTGTTTGTAAAGCGGACCACCTAAAGTCTTGGAAAGCTGATTTGAAGGAGAATTCCACTTATGTTATGCATAATTTCAAAGTGGTCAAGAATGATGGTCAATTTAGAGTGTGTGAACATGAGTACAAGTTAGCTTTTATTGGAGTGACTATTGTTAGAGAAGTTGATTTGCATGAACTACCTTTTAAGGAATTTAGATTTGTTGAATTTGGAAATGTCGTTGCTGGGAATTTTGTGGTTGGCCTGTTGGTTGATATTATTGGGGTCGTTGATCAGGTGCTTTTTCAGCATGTTTCATCAAAAAATACCAGGGTTGTTTTTAGAATGAAGGATTTAAGTGGTGAAGTTTTATCTTGCACACTTTGGGAAAATTATTGTATGCAGTTCTTAGCCTATTTGAATGAACGTGGAAATGATGGGCCGATCGTTATTATTTTGACACATGCCAGAATAAAAGATGCGCAGGGAAGTTATCTAGCTTCAGTGAGTAATTCGTTCAAGGCCTCAAAATTATTAATTAATGAACCTATATTGGAAATCCAGGAATTTAGAGAGAGGCTTTTAGATTTAGGTGTTAAGGTCAGCCCAGTTTTGCCACCTGGCGATCAAGGAAGTTCACAACTTTCAAGGGGAAGCCAACTATCATCAAAGGATGCATTTCTTTCGAAAGTTGAAGCCAAAACTATTTACGAGATCAATGGCATTTCTGAGGATGTTGTTTGTGTTACAGTGGGCACTATTAGCAAAATAGTCATGAATAATCATTCATGGTGTTATCCAGCTTGCGTTCAATGTCATAGAAAAACTGACATCCAAACAGGACCATTCACATGCGGATGTGGCAAAAATAATGACCAGCCTGTTCTAAGGTATAGAGTTGAAGTAATGGTTAGCCAAAACAATGACAGTAGCAAGTTTTTGCTCTGGGACCGTGAATGTGCTGAATTGATTGGTCAAACAGCTGATGAAGTGAATAGGGTCAAGATTGAAGATGGTGATGTTGATTTAAATGCTTCTCCTCAAGCAGTTGATAGGCTGTTGGGTTATGTGCTTGCTTTTAAGGCATGTTCGAAAATAGATGCTTCGAACGTTGATTGCAATAATGCTACGCATCCTGAATGTGATTCCCTTTAACGCCCAAAAAACGGCTATCATCTGATGAAGTTGATGATGAGTTAGGAAGCTCCCAAATTTCCCCAACCCAACTATCGTCTAACAAATTAACAAGGCATTATGATAAGAGTGAATTTAGATAATTCTAGATTGTTTTGACTGTGTTTTCACGGTGCTGTTATAATATTGTGGGATTAAGCAAACAATTATGTAGTTTTGCTTATGACTACCTCTGACAATTCCTCTGACATTTCTTTCCACCATGCTGATGTTTTGGCCATTTGAAAATCCATTTTTTTGGATTCATGCTATTTTGTCTCTTGGTACTGTACATTTTTGTCTTTTATATTCTGTCAGTTCTGGAGCTAACTATGACTTATTTTTAACAGCTTACAATTCACTCAATTGTGGGCAATTAAAGCTAAGCAATTGTCTGTTAGGGTGCTTTTTTGTGAAGCTTTTAGACGTCTTAAATTGACAATTGCACGTATCATGTGTTGCTACCGTAATATTAGAAGTTT

>Glyma.07g214000.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g214000 ID=Glyma.07g214000.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g214000.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g214000 ID=Glyma.07g214000.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g214000.7 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g214000 ID=Glyma.07g214000.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g214000.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g214000 ID=Glyma.07g214000.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.07g214000
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>Glyma.07g214000.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g214000.3.p locus=Glyma.07g214000 ID=Glyma.07g214000.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g214000.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g214000.6.p locus=Glyma.07g214000 ID=Glyma.07g214000.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g214000.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g214000.7.p locus=Glyma.07g214000 ID=Glyma.07g214000.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.07g214000
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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