Glyma.07g053500

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.07g053500): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.07g053500

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm07
Start:	4680736
stop:	4685361
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.07g053500

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT1G49160.1	AT	Protein kinase superfamily protein	JGI	N/A	IEA
AT1G49160.2	AT	Protein kinase superfamily protein	JGI	N/A	IEA
GO:0006468	GO-bp	protein phosphorylation	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0006468	GO-bp	protein phosphorylation	JGI	N/A	IEA
GO:0016310	GO-bp	phosphorylation	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0035556	GO-bp	intracellular signal transduction	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005829	GO-cc	cytosol	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0004672	GO-mf	protein kinase activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0004672	GO-mf	protein kinase activity	JGI	N/A	IEA
GO:0004674	GO-mf	protein serine/threonine kinase activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005524	GO-mf	ATP binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005524	GO-mf	ATP binding	JGI	N/A	IEA
GO:0016301	GO-mf	kinase activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
KOG0198	KOG	MEKK and related serine/threonine protein kinases	JGI	N/A	IEA
KOG0584	KOG	Serine/threonine protein kinase	JGI	N/A	IEA
PTHR13902	Panther	SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE WNK (WITH NO LYSINE)-RELATED	JGI	N/A	IEA
PTHR13902:SF39	Panther		JGI	N/A	IEA
PF00069	PFAM	Protein kinase domain	JGI	N/A	IEA

Proteins Associated with Glyma.07g053500

Locus	Gene Symbol	Protein Name
	WNK6	with no lysine kinase 6

Expression Patterns of Glyma.07g053500

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.07g053500 not represented in the dataset	Glyma.07g053500 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Related Legume Genes

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

Related Plant Genes

Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.07g053500

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.16g022600	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.07g053500 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma07g05930	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.07g053500

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.07g053500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AAAAAACCATCCGTGATATTTTCCATCAATCGAAAGATAAAAGTCATCTGATCCTCATCTCCACATTAATATAAATTGAAGTTTCTTTCTGTTAGGTAGTTACTTAGTTTAGTTCATAACTTCTCCCATTTGACCTCAAAAGTCAAACCTCATCTTCTTCCTTCTCAAACGCATATTTCTTAACAAAATTAGCACTCTGATTCACCATATACCTGTCTGTTCACCCCTTCTCTTTCTCATCCATTGTttcctcattttctctttcttccctcaccaaccaccattcctcattcctcCCTTTTTTCCCTTTTGATTATTTTCCTCAGAAGGTTGGATAATGGGAGACCCATTTGGTAAATTTTAAACCTTTGGGAGTTTTTGGTACCTGGGTCGATGGAAGAATGGACTTTGAGAGGAAGGTGGTGGTGTTGGGTTTCATTTGATTATGATTTTTTGCTATGACATGGAAGGTTGGGTTTTGGATTTAGGTTCATTGCCTCCAACCATTGTCATCGAATGCCGATTCCAGCTGCGGTCGGCATTCGATTCCTCCTTCGTTCAGTCCCAACCTTTCTCCATTCCAACCACGAACTAGGGCCCATCCTGTAAGCACAAATAAACAAATACAAAAACAAGCAATTTGTGTTTGGTTCTGTTTGTTTCAGCCACTAGAATGAATTCTGGTGCTGTCTTGGCATTGCCTCCTGTAAGCAACGTGTTCAGGACAAGGGAACCTCATGATTTTGAGGATGACTTTGTGGAGAAAGATCCAACCGGCCGCTACATAAGGAACAATGAAATCTTGGGTAGAGGTGCCTTCAAAACCGTTTATAGGGGGTTTGATGAAGTTGATGGAATAGAAGTTGCTTGGAACCAAGTTAAGATTGATGGCCTCATGCATTCAGTAGATGATCTTGCGAAATTGTATTCTGAAGTTAATCTATTAAAGTCTTTGAAACATGAAAATATCATTAAGTTCTATGATTCTTGGATTGATGATAAGAAGAAAACTGTTAACATGATTACTGAACTCTTCACATCAGGAAATTTAAGGCAATATCGCAAGAAGCATAAATATGTTGAAATGAAAGCTATAAAAGGTTGGGCCAGGCAGATTCTTCATGGCTTAGTATATCTTCACAGTCACAAGCCGCCCATTATTCACAGAGATTTGAAATGTGACAACATCTTTGTGAATGGAAACCAAGGTGAAGTTAAGATAGGGGACCTTGGTTTAGCAATTGTCATGCAACAACCAACCGCCCAAAGTGTTATTGGGACTCCTGAGTTTATGGCTCCAGAACTATATGAAGAGGCATACACTGAACTTGTTGACATCTATTCTTTTGGGATGTGCATATTGGAGATGGTTACTCTTGAATATCCCTATAGTGAATGCCAAAATCCTGCTCAAATCTTTAAGAAAGTTACCTCAGGCATCAAACCTGCTTCCCTTAATAAGGTGAGTGATCCCCAACTTAAGGACTTTATTGAGAAATGTCTGGTTCCAGCATCTGAGAGATTGTCAGCAGATGAGCTTCTTAAAGACCCATTTCTACAAGTTGAGAATCCAAAAGATCCCATCCTTTATCCTTTACAACCTCCTAGCAGAACACTGAGAGCATATTCATTCAAGTCTGGTTCTCTATCTATGGACATGGATTCTGACTACAAACCGTTTTCTATGAGCATTTATTCTGAAAGCAACCAGGAAAACCCACATTGTCCTATTTTTGAAGTGCAGAGGACATATAAGAACAACAAGTTTAGGTTGAAAGGGACTAAAAATGATGTTAATTCAGTATCATTGACCTTGCGAATTGCTGATACATGTGCAGGTCGAGTCCGGAATATACATTTTCTCTTTTACCCTGATACAGATACCGCAGTCTCTGTGGCCACAGAGATGGTTGAACATTTGGAGCTGGCAGATCATGATGTAGATTTCATAGCCGAGCTTATTGATTACTTGATAATGAAACTTCTACCTTGGTGGAAGCCCTCACCAGATCATTGCTCATGTGGAGAATTAAGTCCTTATTGTACAAATATAGATGGCCAAACATTAATGGCATGGCCGTGGGGTTCTGTCTCAACTAGTATTCCCTCTGAATTGGTTATTGGTCAGGATGGCTTCTCTGGGTCTGATACAACTCCCAAAGAAGATTTTGTGGTGTCTGAGAATAGCAGTGTTTCCAAAATTGCTAATAATGCTACTTTTGAGGGTGATTGTAATTCTTCTAGTCTGGTTAAATTGGAAGATCGATATTCACAAGGATCTAGAGCTTCTGAGATGATTATTGAAAATACTTCTATGAAAAATGACAATTGTCATGATTCCAATGATGATTTAAGTTCTAAATGCTTTAGTAGTTCCATGTCTGAACTTAGGGATGTATATTTTGAGGACTGTAAATTGCAACAAACAGAGTATTGTGTTGGGGAAGGAGTTGTGATAAATGAATTCCCAAAGAACTCGGGGTCAGTTCTTGGAACATCCATTAATGTTGAAAATCTGGCAAGTAGCTGTTCTTATGTGTCATCAACAGAAGAGGACATTGATCTTGGGCTAAAGTTTAAACTTGATGAAATTGAGGCACACTATCAGCATTGGATTGATGAACTTAATGAAATGATGCTGGAGGCATTGGAATCCACCAGACGGAGATGGATGGCCAAGAAGAAATTGGCTGCTCAGTGATTTTGAACTTGTTGATTGACCTCTTTTTACCCTTGTCAAAATTGTTTCATTGTAAAGTTTGTGTTCTTAACGGCAATTTGTGTATTGGATGTGGCTCTTTTTAGTGGAAGCGAGTATCCTTACCCTCAACCTATTTTTTCCATGCTTTGGAGATATTTCTCAATCTCTCATTAGCATAGCATAATGTAGGAGAATGTGTCTCGAGAAAATTTTATAGTTCTAGAAGACGCATTCTGATGGGGACCCTTTGCTATTTTAGTATATTGTTCATCATTACAGCTTTGCATGCCACAATTGTTGCAGATCATTAGACTTCTTCCCTCCACAAAATAAGCACG

>Glyma.07g053500.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g053500.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g053500.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g053500.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.07g053500

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.07g053500.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g053500.2.p locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g053500.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g053500.3.p locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g053500.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g053500.4.p locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g053500.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g053500.5.p locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g053500.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g053500.6.p locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g053500.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g053500.7.p locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g053500.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g053500.8.p locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g053500.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.07g053500.9.p locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.07g053500

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.07g053500.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.07g053500.3 locus=Glyma.07g053500 ID=Glyma.07g053500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain