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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.07G036300

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm07
Start:2937723
stop:2948161
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.07G036300
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G14010.1AT CTC-interacting domain 4 JGI N/AIEA
GO:0010603GO-bp regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0034063GO-bp stress granule assembly EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0010494GO-cc cytoplasmic stress granule EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003723GO-mf RNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
KOG2375 KOG Protein interacting with poly(A)-binding protein JGI N/AIEA
PTHR12854Panther ATAXIN 2-RELATED JGI N/AIEA
PF06741PFAM LsmAD domain JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.07G036300
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.07G036300 not represented in the dataset
Glyma.07G036300 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.07G036300
ParalogEvidenceComments
Glyma.16g005700 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.07G036300 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.07g036300 Wm82.a4.v1ISS As supplied by JGI
Glyma07g04060 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.07G036300
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>Glyma.07g036300.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g036300 ID=Glyma.07g036300.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g036300.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g036300 ID=Glyma.07g036300.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g036300.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.07g036300 ID=Glyma.07g036300.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.07G036300
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>Glyma.07g036300.8.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.07g036300.8 locus=Glyma.07g036300 ID=Glyma.07g036300.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.07g036300.9.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.07g036300.9 locus=Glyma.07g036300 ID=Glyma.07g036300.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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