Glyma.06g143800

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.06g143800

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm06
Start:	11705882
stop:	11712383
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.06g143800

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT2G40540.1	AT	potassium transporter 2	JGI	N/A	IEA
GO:0006811	GO-bp	ion transport	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0006813	GO-bp	potassium ion transport	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0071805	GO-bp	potassium ion transmembrane transport	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0071805	GO-bp	potassium ion transmembrane transport	JGI	N/A	IEA
GO:0005886	GO-cc	plasma membrane	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0016020	GO-cc	membrane	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0016020	GO-cc	membrane	JGI	N/A	IEA
GO:0016021	GO-cc	integral component of membrane	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0015079	GO-mf	potassium ion transmembrane transporter activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0015079	GO-mf	potassium ion transmembrane transporter activity	JGI	N/A	IEA
PF02705	PFAM	K+ potassium transporter	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.06g143800

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology


Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

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Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.06g143800

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.04g221600	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.06g143800 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma06g14890	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.06g143800

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.06g143800.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g143800.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g143800.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.06g143800

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.06g143800.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g143800.2.p locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g143800.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g143800.3.p locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.06g143800

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.06g143800.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g143800.10 locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g143800.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g143800.2 locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g143800.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g143800.3 locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g143800.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g143800.4 locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g143800.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g143800.5 locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g143800.6.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g143800.6 locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g143800.8.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g143800.8 locus=Glyma.06g143800 ID=Glyma.06g143800.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain