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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.06g088500): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1025

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.06g088500

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm06
Start:6855021
stop:6861380
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.06g088500
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT4G32850.5AT nuclear poly(a) polymerase JGI N/AIEA
GO:0006378GO-bp mRNA polyadenylation EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0031123GO-bp RNA 3'-end processing EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0043631GO-bp RNA polyadenylation EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0043631GO-bp RNA polyadenylation JGI N/AIEA
GO:0005634GO-cc nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005634GO-cc nucleus JGI N/AIEA
GO:0000166GO-mf nucleotide binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003723GO-mf RNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003723GO-mf RNA binding JGI N/AIEA
GO:0004652GO-mf polynucleotide adenylyltransferase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0004652GO-mf polynucleotide adenylyltransferase activity JGI N/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016779GO-mf nucleotidyltransferase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016779GO-mf nucleotidyltransferase activity JGI N/AIEA
GO:0046872GO-mf metal ion binding EnsemblGenomesN/AIEA
KOG2245 KOG Poly(A) polymerase and related nucleotidyltransferases JGI N/AIEA
PTHR10682Panther POLY(A) POLYMERASE JGI N/AIEA
PTHR10682:SF5Panther JGI N/AIEA
PF01909PFAM Nucleotidyltransferase domain JGI N/AIEA
PF04926PFAM Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain JGI N/AIEA
PF04928PFAM Poly(A) polymerase central domain JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.06g088500
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.06g088500 not represented in the dataset
Glyma.06g088500 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.06g088500
ParalogEvidenceComments
Glyma.04g086800 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.06g088500 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma06g09310 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.06g088500
>Glyma.06g088500.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g088500 ID=Glyma.06g088500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g088500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g088500 ID=Glyma.06g088500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g088500.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g088500 ID=Glyma.06g088500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g088500.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g088500 ID=Glyma.06g088500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g088500.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g088500.9.p locus=Glyma.06g088500 ID=Glyma.06g088500.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.06g088500
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>Glyma.06g088500.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g088500.3 locus=Glyma.06g088500 ID=Glyma.06g088500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g088500.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g088500.4 locus=Glyma.06g088500 ID=Glyma.06g088500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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