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Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT3G49600.1 | AT | ubiquitin-specific protease 26 | JGI | N/A | IEA |
GO:0006511 | GO-bp | ubiquitin-dependent protein catabolic process | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0006511 | GO-bp | ubiquitin-dependent protein catabolic process | JGI | N/A | IEA |
GO:0016579 | GO-bp | protein deubiquitination | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0004221 | GO-mf | ubiquitin thiolesterase activity | JGI | N/A | IEA |
GO:0004843 | GO-mf | thiol-dependent ubiquitin-specific protease activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005515 | GO-mf | protein binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0036459 | GO-mf | thiol-dependent ubiquitinyl hydrolase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
KOG1863 | KOG | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase | JGI | N/A | IEA |
PTHR24006 | Panther | FAMILY NOT NAMED | JGI | N/A | IEA |
PTHR24006:SF163 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
PF00443 | PFAM | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase | JGI | N/A | IEA |
PF06337 | PFAM | DUSP domain | JGI | N/A | IEA |
Glyma.06g075500 not represented in the dataset |
Glyma.06g075500 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.04g074300 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma06g07920 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.06g075500.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g075500 ID=Glyma.06g075500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.06g075500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g075500 ID=Glyma.06g075500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.06g075500.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g075500 ID=Glyma.06g075500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||