SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research



Report for Sequence Feature Glyma.06g030100

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm06
Start:2363752
stop:2370203
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G22100.1AT Inositol-pentakisphosphate 2-kinase family protein JGI N/AIEA
GO:0016310GO-bp phosphorylation EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0032958GO-bp inositol phosphate biosynthetic process EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0052746GO-bp inositol phosphorylation EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005634GO-cc nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000166GO-mf nucleotide binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding JGI N/AIEA
GO:0016301GO-mf kinase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016740GO-mf transferase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0035299GO-mf inositol pentakisphosphate 2-kinase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0035299GO-mf inositol pentakisphosphate 2-kinase activity JGI N/AIEA
KOG4749 KOG Inositol polyphosphate kinase JGI N/AIEA
PTHR14456Panther INOSITOL POLYPHOSPHATE KINASE 1 JGI N/AIEA
PTHR14456:SF6Panther JGI N/AIEA
PF06090PFAM Inositol-pentakisphosphate 2-kinase JGI N/AIEA
PWY-4541SoyCyc9 lipid-dependent phytate biosynthesis I (via Ins(1,4,5)P3) Plant Metabolic Network ISS
PWY-4562SoyCyc9 lipid-dependent phytate biosynthesis II (via Ins(1,3,4)P3) Plant Metabolic Network ISS
PWY-4661SoyCyc9 1D-myo-inositol hexakisphosphate biosynthesis III (Spirodela polyrrhiza) Plant Metabolic Network ISS
PWY-4765SoyCyc9 superpathway of lipid-dependent phytate biosynthesis Plant Metabolic Network ISS
PWY-6369SoyCyc9 inositol pyrophosphates biosynthesis Plant Metabolic Network ISS
PWY-6554SoyCyc9 1D-myo-inositol hexakisphosphate biosynthesis V (from Ins(1,3,4)P3) Plant Metabolic Network ISS
GN7V-56746SoyCyc9-rxn inositol-pentakisphosphate 2-kinase Plant Metabolic Network ISS

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


ParalogEvidenceComments
Glyma.04g030000 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma06g03310 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


>Glyma.06g030100.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.14 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.15 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.16 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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CAAAATTGGAGTTTGAGTCACGACACAACAGATGAAGGATCTGAGCCGCAATTACTGGAACTGGACACAGTAGTATTTTTTCAGTGCATTTTAGCTGTTAGGCAAAAAAGTTGTCGAATGGAGATGATTTTAAGGGAGAAGGACGCAAATGAGTGGGTTTACCGAGGCGAAGGAGCTGCCAATCTTGTTCTCGCATACACCGGATCATCTCCTACGTTTATTGGGAAAGTGATGCGCATTCGTAAGTGTCCAAGGAATGGCGCAGAGGGTATGTGTATGAGGAGCCCCTCTGCTTTGACTGCGCTCGAACGCCTCCTCTGGAAAGACGTTGATGAACTCATTTCATCTTCGGACAATGAAATTGCATGCCAATTATTTGCCCACCACGTTATGAAGCCATTGCTTGGTCCCAAATATGTTGATGCTGGGATGCTTGTTGAGGTGCCAAGGGAATTTCTCGAATTGGTTGAAAAGAATGTTATTCGTCAACGTCCTGCTTGGAGAGTTGATAATGCTCGGGTCGACATGCATCGTGGTTCTGTGCTTCTCATGTCTGATCATTCAGTCTTCACTCATGGTAATCTAGGATCTAGCCCCTGCATATCTGTTGAGATAAAGCCCAAATGTGGATTTATTCCTCTTTCAAGATTCATATCTGAAGGAACTGCTATCAAAAGGAGGATAACTCGCTTTCAAATGCACCAAGCTCTGAAATTGCATCAAGGAGAGATATCATTGCTAAGTAAATACAATCCACTTGATCTGTTCTCTGGATCAAAGGAAAGAATTTATAAAGCTATCAAGGATCTCTTCACTACACCTCAAAACAATTTTCGTGTATTTATGAATGGCTCTCTCATATTTGGTGGTCTGGGAGGTGGTGCAGAAGATACAAACTTTGGTATTGCTAAAGCATTTGAAAATGCACTTAAGTCTGTCATTCAAGCTGATAATGGTCTGTGTACAGAGAACTTGCTTACTCTTGTTGCTGAGGCTGTAAAAAAATCGGGAGTCCTTGATCGGCTCCTGGATGTTCAGAAGCTTGATAATGTTGACATAGAAGGAGCCATCCATGCTTATTATGACATTACCCGTCAACAGTGCATAATATGTAGAGAATTGAGTGAAGAGCAACTGAAAAGATATACCTCTTTGCATTCAGCTTCGTTGGATGAAAGCTTGAGAATTGTAAAGGACTACTTAATAGCAGCAACTGCAAAAGACTGCAGTTTTATGATATGTTTTAGACAAAGGAAAGCAGGGGATTCTGGATCTGGATCTATTTGCAGTAACATATATCTTGAGTCAACTAAGCAAACCTTTGACTTCAAGGTGTATTTCATTGACTTGGATTTGAAGCGAATGAGTAAAATGGAAGAATATTATGAATTAGATAAGAAGATAGTGAGCTGCTATGAAGAAATGATCAAAATGGACCAAGGAATAAATTCACAAACTTGCAAGCCTCTTAAACTGCGTACTGAGTTTTAGCAGGATTTGTTACAGTTACAGATGACACTTGAGGAAGATTGCATTGTTTGAGTAGTAGTACAAAGGGACATGTGAAGGTTGGATTCACAGAAGTGGTCATGCTTTCACTAGTATGCTGAAAACTCTATAGTGTCAGTAAAACTGCTCCGTTCAAGGTGCAGTCAAAAGCAACTTGTAAAGGCATTAATTCCATTGACCTCAAACGGGTCCAAGATCATGGTAACAGTGACTAGCGAAGCCAATGCAGTGAGGATCATCAAGGAAAAAAAATCAGCAGGAATTGAGTAGAGGTGCTGCCGGGGAAAAGATGATGGAAAGGTGCTTTCGTGTTACAGATGCAATGTATGGTATGTGATTGCTGAAGATGGTCATAGACTTATAGTTACTGTCCCATTATGTAATTAACACTCTAATCGATGTGCTTGTTGTACCATTATCAATCATTTTGCCAAGCAAAATAATGTCTATGTTAATTGGTAGTATTTTTTTATATTCTAACGTGATTTCATAAATATTTTAATTAGAATACACTAACAGTATACTGGTTTTTCCTGTTGTCTTCTAATTATAGATTGTCATATAATTGAAAGTTATTGACTTAAGT

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>Glyma.06g030100.10 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.10.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.11 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.11.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.12 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.12.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.13 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.13.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGAGATGATTTTAAGGGAGAAGGACGCAAATGAGTGGGTTTACCGAGGCGAAGGAGCTGCCAATCTTGTTCTCGCATACACCGGATCATCTCCTACGTTTATTGGGAAAGTGATGCGCATTCGTAAGTGTCCAAGGAATGGCGCAGAGGGTATGTGTATGAGGAGCCCCTCTGCTTTGACTGCGCTCGAACGCCTCCTCTGGAAAGACGTTGATGAACTCATTTCATCTTCGGACAATGAAATTGCATGCCAATTATTTGCCCACCACGTTATGAAGCCATTGCTTGGTCCCAAATATGTTGATGCTGGGATGCTTGTTGAGGTGCCAAGGGAATTTCTCGAATTGGTTGAAAAGAATGTTATTCGTCAACGTCCTGCTTGGAGAGTTGATAATGCTCGGGTCGACATGCATCGTGGTTCTGTGCTTCTCATGTCTGATCATTCAGTCTTCACTCATGGTAATCTAGGATCTAGCCCCTGCATATCTGTTGAGATAAAGCCCAAATGTGGATTTATTCCTCTTTCAAGATTCATATCTGAAGGAACTGCTATCAAAAGGAGGATAACTCGCTTTCAAATGCACCAAGCTCTGAAATTGCATCAAGGAGAGATATCATTGCTAAGTAAATACAATCCACTTGATCTGTTCTCTGGATCAAAGGAAAGAATTTATAAAGCTATCAAGGATCTCTTCACTACACCTCAAAACAATTTTCGTGTATTTATGAATGGCTCTCTCATATTTGGTGGTCTGGGAGGTGGTGCAGAAGATACAAACTTTGGTATTGCTAAAGCATTTGAAAATGCACTTAAGTCTGTCATTCAAGCTGATAATGGTCTGTGTACAGAGAACTTGCTTACTCTTGTTGCTGAGGCTGTAAAAAAATCGGGAGTCCTTGATCGGCTCCTGGATGTTCAGAAGCTTGATAATGTTGACATAGAAGGAGCCATCCATGCTTATTATGACATTACCCGTCAACAGTGCATAATATGTAGAGAATTGAGTGAAGAGCAACTGAAAAGATATACCTCTTTGCATTCAGCTTCGTTGGATGAAAGCTTGAGAATTGTAAAGGACTACTTAATAGCAGCAACTGCAAAAGACTGCAGTTTTATGATATGTTTTAGACAAAGGAAAGCAGGGGATTCTGGATCTGGATCTATTTGCAGTAACATATATCTTGAGTCAACTAAGCAAACCTTTGACTTCAAGCTTCTGCTGGTAGGTTCAGGACCTCACTTGAGAATGATGTTGATTTTCAAAAGCTTCTGTCCTGTAGGTGCTGTTAAAAAGCTACTGCAAAAGGTGTATTTCATTGACTTGGATTTGAAGCGAATGAGTAAAATGGAAGAATATTATGAATTAGATAAGAAGATAGTGAGCTGCTATGAAGAAATGATCAAAATGGACCAAGGAATAAATTCACAAACTTGCAAGCCTCTTAAACTGCGTACTGAGTTTTAG

>Glyma.06g030100.14 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.14.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.15 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.15.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.16 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.16.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.2.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.3.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.4.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.5.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.8.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g030100.9.p locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g030100.1 locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g030100.11 locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.12.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g030100.12 locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.13.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g030100.13 locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g030100.16.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g030100.16 locus=Glyma.06g030100 ID=Glyma.06g030100.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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