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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.06g017700

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm06
Start:1307444
stop:1323284
Source:JGI
Version:Wm82.a4.v1
High confidence:yes



Annotations for Glyma.06g017700
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT4G38350.1AT JGI N/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane JGI N/AIEA
GO:0008158GO-mf hedgehog receptor activity JGI N/AIEA
K12385KEGG Transporters JGI N/AIEA
PTHR10796PantherFam PATCHED-RELATED JGI N/AIEA
PF02460Pfam Patched family JGI N/AIEA
PF16414Pfam Niemann-Pick C1 N terminus JGI N/AIEA

Gene model name correspondences to Glyma.06g017700 Gene Call Version Wm82.a4.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma06g02020 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Coding sequences of Glyma.06g017700
>Glyma.06g017700.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g017700.1.p locus=Glyma.06g017700 id=Glyma.06g017700.1.Wm82.a4.v1 annot-version=Wm82.a4.v1
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>Glyma.06g017700.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g017700.3.p locus=Glyma.06g017700 id=Glyma.06g017700.3.Wm82.a4.v1 annot-version=Wm82.a4.v1
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>Glyma.06g017700.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g017700.4.p locus=Glyma.06g017700 id=Glyma.06g017700.4.Wm82.a4.v1 annot-version=Wm82.a4.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.06g017700
>Glyma.06g017700.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g017700.1 locus=Glyma.06g017700 id=Glyma.06g017700.1.p.Wm82.a4.v1 annot-version=Wm82.a4.v1
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>Glyma.06g017700.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g017700.3 locus=Glyma.06g017700 id=Glyma.06g017700.3.p.Wm82.a4.v1 annot-version=Wm82.a4.v1
MDLRLGFFCSLSFLQVFLILSLVEADDLSTRLLLTSNTNTTGERHSEDYCAMYDICGTRSDGKVVNCPHGSPAVKPDDLLSSKIQSLCPTITGNVCCTEAQFETLRTQVQQAIPFLVGCPACLRNFLNLFCELTCSPNQSLFINVTSVDNVSGNSTVGGIDYFVTDAFGEGLYESCKEVKFGTMNSRALQFIGAGAQNFKDWFAFIGRKAAPHGLGSPYAITFRPNATESSDMKPMNVSTYSCGDISLGCSCGDCPSSSVCSSSASTTTNKKDSCSVKIGTLMVKCVDLILAVLYVILICVFLGWGLYHRIRERKPTYRTKSMSNVISDGALYSHSREKDENVPMQIHMMEDAQQNRNRVRLSAVQGYMTNFYRKYGSYVARHPIMVLASSLAIVLLLCLGLIQFKVETRPEKLWVGPGSKAAQEKQFFDTHLAPFYRIEQLILATVPDNVNSTSPRIVTEDNIRFLFEIQKKVDAIRANYSGLTVSLQDICMKPLDKDCATQSVLQYFKMDPKNFDDYGGVEHLNYCFEHYSSADRCMSAFKAPLDPSTVLGGFSGNDYSEASAFIVTYPVNNAINKEGNGTRKAVAWEKTFIQLVKDELLLMVQSRNLTLAFSSESSVEEELKRESTADAITILVSYLVMFAYISLTLGDTLHPSSFYISSKVMLGLSGVILVMLSVLGSVGFFSVLGVKSTLIIMEVIPFLVLAVGVDNMCILVHAVKRQKLELPLEGRISNALVEVGPSITLASVSEVLAFAVGSFISMPAIRVFSMFAALAVLLDFLLQVTAFVALIVLDSLRAEDKRVDCFPCIKVHADPDTGTGRRKPGLLARYMKEVHAPILSIWGVKIVVIAIFVGFALASIALSTRIEPGLEQEIVLPRDSYLQGYFNNVSEYLRIGPPVYFVVKNYNYSSESTHTNQLCSISHCNSDSLLNEIVRAALVPDTSYIAKPAASWLDDFLVWVSPEAFGCCRKFTNGSYCPPDDQPPCCAPGESSCVSVGTCKDCTTCFRHSDLHNDRPSTTQFREKLPWFLSSLPSADCAKGGHGAYTSSVELKGYDNGIIQASSFRTYHTPLNKQVDYVNSMRAAREFSSRVSDSLKIEIFPYSVFYMFFEQYLHIWKTALINLAIAIVFIVCLIFTSSLWSSSIILLVLAMIVVDLMGLMAILNIQLNALSVVNLVMSVGIAVEFCVHMTHSFTVASGDRDQRAKEALGTMGASVFSGITLTKLVGVIVLCFSKTEVFVIYYFRMYLSLVLLGFLHGLVFLPVLLSVFGPPSRCSIIEQGEDRSSTSS*

>Glyma.06g017700.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g017700.4 locus=Glyma.06g017700 id=Glyma.06g017700.4.p.Wm82.a4.v1 annot-version=Wm82.a4.v1
MYDICGTRSDGKVVNCPHGSPAVKPDDLLSSKIQSLCPTITGNVCCTEAQFETLRTQVQQAIPFLVGCPACLRNFLNLFCELTCSPNQSLFINVTSVDNVSGNSTVGGIDYFVTDAFGEGLYESCKEVKFGTMNSRALQFIGAGAQNFKDWFAFIGRKAAPHGLGSPYAITFRPNATESSDMKPMNVSTYSCGDISLGCSCGDCPSSSVCSSSASTTTNKKDSCSVKIGTLMVKCVDLILAVLYVILICVFLGWGLYHRIRERKPTYRTKSMSNVISDGALYSHSREKDENVPMQIHMMEDAQQNRNRVRLSAVQGYMTNFYRKYGSYVARHPIMVLASSLAIVLLLCLGLIQFKVETRPEKLWVGPGSKAAQEKQFFDTHLAPFYRIEQLILATVPDNVNSTSPRIVTEDNIRFLFEIQKKVDAIRANYSGLTVSLQDICMKPLDKDCATQSVLQYFKMDPKNFDDYGGVEHLNYCFEHYSSADRCMSAFKAPLDPSTVLGGFSGNDYSEASAFIVTYPVNNAINKEGNGTRKAVAWEKTFIQLVKDELLLMVQSRNLTLAFSSESSVEEELKRESTADAITILVSYLVMFAYISLTLGDTLHPSSFYISSKVMLGLSGVILVMLSVLGSVGFFSVLGVKSTLIIMEVIPFLVLAVGVDNMCILVHAVKRQKLELPLEGRISNALVEVGPSITLASVSEVLAFAVGSFISMPAIRVFSMFAALAVLLDFLLQVTAFVALIVLDSLRAEDKRVDCFPCIKVHADPDTGTGRRKPGLLARYMKEVHAPILSIWGVKIVVIAIFVGFALASIALSTRIEPGLEQEIVLPRDSYLQGYFNNVSEYLRIGPPVYFVVKNYNYSSESTHTNQLCSISHCNSDSLLNEIVRAALVPDTSYIAKPAASWLDDFLVWVSPEAFGCCRKFTNGSYCPPDDQPPCCAPGESSCVSVGTCKDCTTCFRHSDLHNDRPSTTQFREKLPWFLSSLPSADCAKGGHGAYTSSVELKGYDNGIIQASSFRTYHTPLNKQVDYVNSMRAAREFSSRVSDSLKIEIFPYSVFYMFFEQYLHIWKTALINLAIAIGAVFIVCLIFTSSLWSSSIILLVLAMIVVDLMGLMAILNIQLNALSVVNLVMSVGIAVEFCVHMTHSFTVASGDRDQRAKEALGTMGASVFSGITLTKLVGVIVLCFSKTEVFVIYYFRMYLSLVLLGFLHGLVFLPVLLSVFGPPSRCSIIEQGEDRSSTSS*






Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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