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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.06g003000

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm06
Start:236797
stop:258102
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.06g003000
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT5G06120.1AT ARM repeat superfamily protein JGI N/AIEA
AT5G06120.2AT ARM repeat superfamily protein JGI N/AIEA
AT5G06120.4AT ARM repeat superfamily protein JGI N/AIEA
GO:0006611GO-bp protein export from nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005643GO-cc nuclear pore EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005737GO-cc cytoplasm EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005049GO-mf nuclear export signal receptor activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005488GO-mf binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0008536GO-mf Ran GTPase binding EnsemblGenomesN/AIEA
KOG1410 KOG Nuclear transport receptor RanBP16 (importin beta superfamily) JGI N/AIEA
PTHR12596Panther EXPORTIN 4,7-RELATED JGI N/AIEA
PTHR12596:SF2Panther RAN-BINDING PROTEIN 16 JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.06g003000
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.06g003000 not represented in the dataset
Glyma.06g003000 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene information in GlycineMine developed by LIS.


Related Plant Genes

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.06g003000
ParalogEvidenceComments
Glyma.04g003000 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.06g003000 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma06g00523 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.06g003000
>Glyma.06g003000.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g003000.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g003000.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
aaaaaaaagaaaaaCTCCTCTGAAGTCCGAAGGAAGAAAGAGATTGAGAAAACCTAGATGGATCAAGAACAAGAATTTCTTCCGTTTGGCCAATGCGATGTGATCGTAGTCGCGCACTTGTGGTAGAACCAAATCCTCTCTTTATTCCGATTTCTTTACCTTCCCCGTCGTCTCGCGGTTGCCGGCGGCTCCTCCCTCGTCCTCGCCGCCGCCTAGTCGTTGGCATCGCAACCCTAATTATCGTCCGTAGTGAAATCTGAGATTCGCGATGGAGTTGGCACAACTCGAAGCATTGTGTGAGAGGCTATATAATTCGCAGGACTCGGTGGAACGTGCTCACGCGGAGAACACACTGAAATGCTTCTCCATGAACACTGAATACATTTCCCAATGCCAATACATTCTTGATCATGCCTTGACACCCTATGCATTGATGCTGGCTAGTTCCAGTTTGTTGAAACAAGTCACCGAACATAGCCTTGCCTTGAAGCTTCGCCTTGATATATGGACGTACCTTATCAACTATCTAGCGACCAGAGGACCCGAGTTACAGCCATTTGTCACTGCTTCTTTGATCCAACTTTTGTGTCGAGTCACAAAGTTCGGATGGTTTGATGATGACCGATTCCGGGACCTGGTTACAGAGTCCATGAACTTCTTGAGTCAGGCAACACCGGGTCATTATGCCATTGGTTTGAAGATCCTAAGTCAGCTTATCTCTGAGATGAACCAGGCCAATTCTGGTATGCCTGCAACAAATCATCGAAGGGTTGCTTGCTCGTTTAGGGACCAATATCTTTTTCAGATATTTCAGATATCTTTAACATCATTGGGTCAACTGAAGAATGATGGTAAAATGGTTGTCAATCAATTGCAAGAATTGGCACTTGCTCTATCTTTGAAATGTTTATCATTTGATTTTGTGGGGACTTCTGTTGATGAAAGTTCAGATGAGTTTGGCACAGTTCAGATTCCATCACCTTGGAAGCCTGTTTTGGAGGATTCTTCAACCCTACAAATATTTTTTGATTACTATGCCATTACAAAGCCCCCTCTTTCAAAGGAGGCACTGGAGTGCTTGGTGCGACTAGCGTCAGTAAGACGTTCTTTGTTTACAAATGATGCTGCCCGTTCTAAATTTTTGGCCCATTTAATGACAGGAACCAAAGTAATCCTGCAAACAGGGCAAGGTCTTGCAGATCATGATAATTACCATGAGTTTTGTCGTCTTCTTGGTCGGTTCAGAGTGAATTATCAGTTGTCAGAGCTTGTTAATATGGAAGGCTACAGCGATTGGATACGTTTGGTTGCAGAGTTTACTCTCAAATCTTTGCAATCATGGCAGTGGGCTAGCAATAGTGTGTACTACCTGTTAGGGCTGTGGTCTAGATTGGTGTCTTCTGTTCCATATTTAAAAGGTGATGCACCAAGCTTACTGGATGAGTTTGTTCCCAAGATTACTGAAAGTTTCATCACATCAAGATTCAACTCTGTGCAGGCTGGATTACCTGATGATCTTTCTGAGAACCCCTTGGACAATGCTGAACTTCTTCAGGATCAATTAGATTGCTTCCCATGCCTATGTAGATTTCAGTATGAAAGCAGTAGTTTATTTGTAATGAATATAATGGAGCCAGTCCTGCAAATATACACGGAAAGAGCAAGATTACATGTTCCTGATAGCAGTGACCTCACTGTGATTGAAGATAAACTTGCTTGGATTGTTCATATCATTGCTGCAATTCTTAAGATAAAACAATGTACTGGTTGTAGTGTGGAATCCCAGGAAGTGCTTGATGCTGAACTTTCAGCTCGAGTTTTACAGTTGATAAATGTAACAGACAGTGGAATACACAGTCAGAGATATGGTGAGATAAGCAAACAAAGACTAGATAGGGCAATTCTTACTTTCTTTCAGCATTTCCGAAAGTCTTATGTAGGAGATCAGGCTATTCATTCTTCCAAGCAGTTATACGCCCGGTTATCTGAACTTCTTGGCCTACATGATCATCTATTACTGTTGAATGTGATTATTGGCAAGATTGTGACTAACCTTAAGTGCTACACAGAGAGTGAAGAAGTCATTGACCACGCCTTGAGTTTGTTTTTGGAGCTTGCATCTGGCTACATGACCGGAAAGCTACTTCTGAAGTTGGACACAGTGAAATTTATTGTTGCCAATCATACGAGGGAACATTTTCCATTTTTGGAAGCAAAAAGATGCACTCGCAGCAGAACAACTTTCTATTACACTATTGGCTGGTTGATATTCATGGAAGATAGCCCTGTGAAATTTAAATCTTCAATGGATCCACTCCAGCATGTTTTTCTCAGTTTGGAATCAACTCCTGATGCAGTATTTCGAACAGATGCTGTAAGGTATGCACTTGTTGGTTTGATGAGGGACCTTAGAGGAATTGCAATGGCCACAAACAGCCGCCGAACATATGGATTTCTATTTGATTGGTTGTATCCTGCACACATGCCTCTACTCTTAAAAGGCATCTCACATTGGACAGACACCCCAGAGCCCTGTTGACAGCAACTTGGTTTTGTAACCTTTCTGGCATTACCTCAGCTATATTTACTAGTAACTTTTCCTATCATGACTTATGTCA

>Glyma.06g003000.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g003000.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.06g003000
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>Glyma.06g003000.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g003000.2.p locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g003000.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g003000.8.p locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g003000.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.06g003000.9.p locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.06g003000
>Glyma.06g003000.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g003000.1 locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g003000.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g003000.10 locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g003000.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g003000.11 locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g003000.12.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g003000.12 locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.06g003000.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.06g003000.2 locus=Glyma.06g003000 ID=Glyma.06g003000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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