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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT1G18070.1 | AT | Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma family protein | JGI | N/A | IEA |
GO:0002184 | GO-bp | cytoplasmic translational termination | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005829 | GO-cc | cytosol | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0018444 | GO-cc | translation release factor complex | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003747 | GO-mf | translation release factor activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003924 | GO-mf | GTPase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003924 | GO-mf | GTPase activity | JGI | N/A | IEA |
GO:0005525 | GO-mf | GTP binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005525 | GO-mf | GTP binding | JGI | N/A | IEA |
KOG0459 | KOG | Polypeptide release factor 3 | JGI | N/A | IEA |
PTHR23115 | Panther | TRANSLATION FACTOR | JGI | N/A | IEA |
PTHR23115:SF36 | Panther | G1 TO S PHASE TRANSITION 1 | JGI | N/A | IEA |
PF00009 | PFAM | Elongation factor Tu GTP binding domain | JGI | N/A | IEA |
PF03143 | PFAM | Elongation factor Tu C-terminal domain | JGI | N/A | IEA |
PF03144 | PFAM | Elongation factor Tu domain 2 | JGI | N/A | IEA |
Glyma.05g243400 not represented in the dataset |
Glyma.05g243400 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.08g051200 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma05g34120 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.05g243400.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g243400 ID=Glyma.05g243400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.05g243400.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g243400 ID=Glyma.05g243400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 AACATAAGGAAAAGGAAAATAACAGGAAGACAGATAAAGAGTGGCTTAGTCCAAAACCTCACACGACTCCCTTTGTTGCGTTGTGTTTCCTTTCGCCGAAACCCTCGCTCGCAACTTCTACAGAATCCCTTTCACCATGGATATTGAGGAGGACATCCGTTCTTTACAGCTCGATTCAGCAGATCCAAAGCAGGATGTTGAGGCTGAGCCAAAGGCTGTTGAGGCTGAGCCAAAAGTGAAGGATAAGGAGGTTCCTTCTGTTCAAGATGAAGAAGATGAACCAGAGATGACAAAAAGACACTTGAATGTTGTTTTTATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAGTCTACAACTGGAGGCCAGATACTTTTCCTTAGTGGTCAAGTTGATGAGCGGACTATCCAAAAATACGAGAAAGAGGCTAAGGACAAAAGTCGAGAAAGCTGGTATATGGCTTATATAATGGACACGAATGAGGAGGAGAGGGTAAAGGGAAAGACAGTTGAAGTTGGAAGAGCACATTTTGAGACTGAAACAACAAGGTTTACTATTTTGGATGCACCTGGTCACAAAAGCTATGTTCCTAACATGATTAGTGGTGCATCTCAAGCTGATATTGGAGTGTTGGTTATTTCTGCTCGGAAGGGAGAGTTTGAAACTGGATACGAGAGAGGTGGACAAACTCGTGAACATGTCCAGCTTGCAAAAACGCTGGGTGTGTCTAAGCTTCTTGTTGTCGTCAATAAAATGGATGAGCCTACAGTGCAATGGTCGAAAGAAAGGTATGATGAAATTGAGTCGAAGATGGTTCCATTTTTAAAGCAATCTGGATACAACGTAAAAAAAGATGTCTTGTTTTTACCAATATCTGGTCTAATGGGTGCAAACATGAAAACAAGAGTGGATAAAAGCGTTTGTCCATGGTGGAATGGACCTTGCTTATTTGAGGCACTTGACGCTATTGAAGTTCCACTGCGAGATCCCAACGGTCCTTTCAGGATGCCTATTATTGACAAATTCAAAGACATGGGAACTGTTGTTATGGGCAAAGTTGAATCTGGCAGTGTTCGTGAGGGAGATTCCTTGTTGGTCATGCCAAATAAGGATCCAGTGAAAGTTGTTGCCATATTTATTGATGAAGATCGTGTTAAACGTGCTGGACCTGGTGAAAATTTACGGATTAGATTATCTGGTGTTGAAGAAGAAGACATATTGTCTGGGTTTGTTCTATCTAGTGTTGCTAATCCAATACCAGCAGTTACCGAGTTTGTTGCTCAGTTGGTGATCCTTGAATTGCTAGACAATGCTATTTTTACTGCTGGGTACAAGGCTGTTCTGCACATCCACTCTGTGGTTGAGGAATGCGAGATTGTTGAACTCTTGCAGCAAATCGATACAAAGACAAAGAAGCCTATGAAAAAGAAAGTTTTGTTTGTGAAGAATGGAGCTGTTGTAGTGTGCCGTGTTCAGGTTAATAACTCTATTTGCATCGAGAAGTTCTCTGATTTTCCCCAGCTTGGGAGGTTCACTCTTCGCACTGAAGGAAAAACTGTTGCTGTGGGAAAAGTCACTGGTCTGTGAATTTGTAACAATTTTGACTTGAGGACGGGAATTCCTGCACAAATATAGTGGAGTGGCAGCTGAGGCATAATTGACAGCATCAAGTTTACCATATATTCATTTCGGTATTTATTTTGCTTTTACTTGGGGTAGTATTCAGTGAAGAGTTATTTGTTGCCGCTGGTGTCCATGATGTACTTGTATACGGCCTTACAAGGCCTGGCTGCTTCAGTATTTTGCGGTTGGCTGCTTCCAACCGTGCTACTCGTGAGATATAATTTGAAAATGGATGGTTTTAAATCAATCTGCCTTATTAGCTGTGGAATCTGATGACTATTTTAGCCCAACAGCGGTTAAACAAATTTCCTAGTTGTAGTTGACTAGCATATTTAATTCTGATAGTGATATTGTTTTAATGAATCATGTTGCTTAGTAAACGTGATGGAATTTTGCTGAACTGGAAATTTGAAAGTTGGGTTCACCGGCCTGTTTATGATTTGATAATAAATTTATTTGTCAAGACAGAACTTATGCTCTGTGGTTCAGGATGTATATGTGCCTATGTTCTAAATCGACCCTTGTTGGACGAGTTACTTCACCTGAAATACATAGGTTGTCGGACCTTTAT >Glyma.05g243400.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g243400 ID=Glyma.05g243400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.05g243400.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g243400 ID=Glyma.05g243400.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.05g243400.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.05g243400.1.p locus=Glyma.05g243400 ID=Glyma.05g243400.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 ATGGATATTGAGGAGGACATCCGTTCTTTACAGCTCGATTCAGCAGCAGAAGACAATAATGGGGTGGTAAATGCAGAGGATGGAAGGCCAGAAGAAGTTGAGAAATCTGATAAGATGGATGAAGATCCAAAGCAGGATGTTGAGGCTGAGCCAAAGGCTGTTGAGGCTGAGCCAAAAGTGAAGGATAAGGAGGTTCCTTCTGTTCAAGATGAAGAAGATGAACCAGAGATGACAAAAAGACACTTGAATGTTGTTTTTATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAGTCTACAACTGGAGGCCAGATACTTTTCCTTAGTGGTCAAGTTGATGAGCGGACTATCCAAAAATACGAGAAAGAGGCTAAGGACAAAAGTCGAGAAAGCTGGTATATGGCTTATATAATGGACACGAATGAGGAGGAGAGGGTAAAGGGAAAGACAGTTGAAGTTGGAAGAGCACATTTTGAGACTGAAACAACAAGGTTTACTATTTTGGATGCACCTGGTCACAAAAGCTATGTTCCTAACATGATTAGTGGTGCATCTCAAGCTGATATTGGAGTGTTGGTTATTTCTGCTCGGAAGGGAGAGTTTGAAACTGGATACGAGAGAGGTGGACAAACTCGTGAACATGTCCAGCTTGCAAAAACGCTGGGTGTGTCTAAGCTTCTTGTTGTCGTCAATAAAATGGATGAGCCTACAGTGCAATGGTCGAAAGAAAGGTATGATGAAATTGAGTCGAAGATGGTTCCATTTTTAAAGCAATCTGGATACAACGTAAAAAAAGATGTCTTGTTTTTACCAATATCTGGTCTAATGGGTGCAAACATGAAAACAAGAGTGGATAAAAGCGTTTGTCCATGGTGGAATGGACCTTGCTTATTTGAGGCACTTGACGCTATTGAAGTTCCACTGCGAGATCCCAACGGTCCTTTCAGGATGCCTATTATTGACAAATTCAAAGACATGGGAACTGTTGTTATGGGCAAAGTTGAATCTGGCAGTGTTCGTGAGGGAGATTCCTTGTTGGTCATGCCAAATAAGGATCCAGTGAAAGTTGTTGCCATATTTATTGATGAAGATCGTGTTAAACGTGCTGGACCTGGTGAAAATTTACGGATTAGATTATCTGGTGTTGAAGAAGAAGACATATTGTCTGGGTTTGTTCTATCTAGTGTTGCTAATCCAATACCAGCAGTTACCGAGTTTGTTGCTCAGTTGGTGATCCTTGAATTGCTAGACAATGCTATTTTTACTGCTGGGTACAAGGCTGTTCTGCACATCCACTCTGTGGTTGAGGAATGCGAGATTGTTGAACTCTTGCAGCAAATCGATACAAAGACAAAGAAGCCTATGAAAAAGAAAGTTTTGTTTGTGAAGAATGGAGCTGTTGTAGTGTGCCGTGTTCAGGTTAATAACTCTATTTGCATCGAGAAGTTCTCTGATTTTCCCCAGCTTGGGAGGTTCACTCTTCGCACTGAAGGAAAAACTGTTGCTGTGGGAAAAGTCACTGGTCTGTGA 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>Glyma.05g243400.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g243400.1 locus=Glyma.05g243400 ID=Glyma.05g243400.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MDIEEDIRSLQLDSAAEDNNGVVNAEDGRPEEVEKSDKMDEDPKQDVEAEPKAVEAEPKVKDKEVPSVQDEEDEPEMTKRHLNVVFIGHVDAGKSTTGGQILFLSGQVDERTIQKYEKEAKDKSRESWYMAYIMDTNEEERVKGKTVEVGRAHFETETTRFTILDAPGHKSYVPNMISGASQADIGVLVISARKGEFETGYERGGQTREHVQLAKTLGVSKLLVVVNKMDEPTVQWSKERYDEIESKMVPFLKQSGYNVKKDVLFLPISGLMGANMKTRVDKSVCPWWNGPCLFEALDAIEVPLRDPNGPFRMPIIDKFKDMGTVVMGKVESGSVREGDSLLVMPNKDPVKVVAIFIDEDRVKRAGPGENLRIRLSGVEEEDILSGFVLSSVANPIPAVTEFVAQLVILELLDNAIFTAGYKAVLHIHSVVEECEIVELLQQIDTKTKKPMKKKVLFVKNGAVVVCRVQVNNSICIEKFSDFPQLGRFTLRTEGKTVAVGKVTGL* >Glyma.05g243400.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g243400.2 locus=Glyma.05g243400 ID=Glyma.05g243400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MDIEEDIRSLQLDSAEDNNGVVNAEDGRPEEVEKSDKMDEDPKQDVEAEPKAVEAEPKVKDKEVPSVQDEEDEPEMTKRHLNVVFIGHVDAGKSTTGGQILFLSGQVDERTIQKYEKEAKDKSRESWYMAYIMDTNEEERVKGKTVEVGRAHFETETTRFTILDAPGHKSYVPNMISGASQADIGVLVISARKGEFETGYERGGQTREHVQLAKTLGVSKLLVVVNKMDEPTVQWSKERYDEIESKMVPFLKQSGYNVKKDVLFLPISGLMGANMKTRVDKSVCPWWNGPCLFEALDAIEVPLRDPNGPFRMPIIDKFKDMGTVVMGKVESGSVREGDSLLVMPNKDPVKVVAIFIDEDRVKRAGPGENLRIRLSGVEEEDILSGFVLSSVANPIPAVTEFVAQLVILELLDNAIFTAGYKAVLHIHSVVEECEIVELLQQIDTKTKKPMKKKVLFVKNGAVVVCRVQVNNSICIEKFSDFPQLGRFTLRTEGKTVAVGKVTGL* >Glyma.05g243400.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g243400.3 locus=Glyma.05g243400 ID=Glyma.05g243400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MDIEEDIRSLQLDSADPKQDVEAEPKAVEAEPKVKDKEVPSVQDEEDEPEMTKRHLNVVFIGHVDAGKSTTGGQILFLSGQVDERTIQKYEKEAKDKSRESWYMAYIMDTNEEERVKGKTVEVGRAHFETETTRFTILDAPGHKSYVPNMISGASQADIGVLVISARKGEFETGYERGGQTREHVQLAKTLGVSKLLVVVNKMDEPTVQWSKERYDEIESKMVPFLKQSGYNVKKDVLFLPISGLMGANMKTRVDKSVCPWWNGPCLFEALDAIEVPLRDPNGPFRMPIIDKFKDMGTVVMGKVESGSVREGDSLLVMPNKDPVKVVAIFIDEDRVKRAGPGENLRIRLSGVEEEDILSGFVLSSVANPIPAVTEFVAQLVILELLDNAIFTAGYKAVLHIHSVVEECEIVELLQQIDTKTKKPMKKKVLFVKNGAVVVCRVQVNNSICIEKFSDFPQLGRFTLRTEGKTVAVGKVTGL* >Glyma.05g243400.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g243400.4 locus=Glyma.05g243400 ID=Glyma.05g243400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MDIEEDIRSLQLDSAEDNNGVVNAEDGRPEEVEKSDKMDEDPKQDVEAEPKAVEAEPKVKDKEVPSVQDEEDEPEMTKRHLNVVFIGHVDAGKSTTGGQILFLSGQVDERTIQKYEKEAKDKSRESWYMAYIMDTNEEERVKGKTVEVGRAHFETETTRFTILDAPGHKSYVPNMISGASQADIGVLVISARKGEFETGYERGGQTREHVQLAKTLGVSKLLVVVNKMDEPTVQWSKERYDEIESKMVPFLKQSGYNVKKDVLFLPISGLMGANMKTRVDKSVCPWWNGPCLFEALDAIEVPLRDPNGPFRMPIIDKFKDMGTVVMGKVESGSVREGDSLLVMPNKDPVKVVAIFIDEDRVKRAGPGENLRIRLSGVEEEDILSGFVLSSVANPIPAVTEFVAQLVILELLDNAIFTAGYKAVLHIHSVVEECEIVELLQQIDTKTKKPMKKKVLFVKNGAVVVCRVQVNNSICIEKFSDFPQLGRFTLRTEGKTVAVGKVTGL* >Glyma.05g243400.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g243400.5 locus=Glyma.05g243400 ID=Glyma.05g243400.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MDIEEDIRSLQLDSAEDNNGVVNAEDGRPEEVEKSDKMDEDPKQDVEAEPKAVEAEPKVKDKEVPSVQDEEDEPEMTKRHLNVVFIGHVDAGKSTTGGQILFLSGQVDERTIQKYEKEAKDKSRESWYMAYIMDTNEEERVKGKTVEVGRAHFETETTRFTILDAPGHKSYVPNMISGASQADIGVLVISARKGEFETGYERGGQTREHVQLAKTLGVSKLLVVVNKMDEPTVQWSKERYDEIESKMVPFLKQSGYNVKKDVLFLPISGLMGANMKTRVDKSVCPWWNGPCLFEALDAIEVPLRDPNGPFRMPIIDKFKDMGTVVMGKVESGSVREGDSLLVMPNKDPVKVVAIFIDEDRVKRAGPGENLRIRLSGVEEEDILSGFVLSSVANPIPAVTEFVAQLVILELLDNAIFTAGYKAVLHIHSVVEECEIVELLQQIDTKTKKPMKKKVLFVKNGAVVVCRVQVNNSICIEKFSDFPQLGRFTLRTEGKTVAVGKVTGL*
Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||