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Report for Sequence Feature Glyma.05g178900

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm05
Start:36683487
stop:36704707
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.05g178900
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT4G39850.1AT peroxisomal ABC transporter 1 JGI N/AIEA
AT4G39850.3AT peroxisomal ABC transporter 1 JGI N/AIEA
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GO:0055085GO-bp transmembrane transport EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane JGI N/AIEA
GO:0016021GO-cc integral component of membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000166GO-mf nucleotide binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding JGI N/AIEA
GO:0016887GO-mf ATPase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016887GO-mf ATPase activity JGI N/AIEA
GO:0042626GO-mf ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances EnsemblGenomesN/AIEA
KOG0060 KOG Long-chain acyl-CoA transporter, ABC superfamily (involved in peroxisome organization and biogenesis) JGI N/AIEA
PTHR11384Panther ATP-BINDING CASSETTE, SUB-FAMILY D MEMBER JGI N/AIEA
PTHR11384:SF4Panther JGI N/AIEA
PF00005PFAM ABC transporter JGI N/AIEA
PF06472PFAM ABC transporter transmembrane region 2 JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.05g178900
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.05g178900 not represented in the dataset
Glyma.05g178900 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Paralogs of Glyma.05g178900
ParalogEvidenceComments
Glyma.08g136400 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.05g178900 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma05g31270 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.05g178900
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>Glyma.05g178900.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g178900 ID=Glyma.05g178900.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g178900.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g178900 ID=Glyma.05g178900.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.05g178900
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>Glyma.05g178900.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.05g178900.5.p locus=Glyma.05g178900 ID=Glyma.05g178900.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g178900.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.05g178900.6.p locus=Glyma.05g178900 ID=Glyma.05g178900.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.05g178900
>Glyma.05g178900.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g178900.1 locus=Glyma.05g178900 ID=Glyma.05g178900.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g178900.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g178900.2 locus=Glyma.05g178900 ID=Glyma.05g178900.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g178900.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g178900.3 locus=Glyma.05g178900 ID=Glyma.05g178900.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g178900.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g178900.4 locus=Glyma.05g178900 ID=Glyma.05g178900.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g178900.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g178900.5 locus=Glyma.05g178900 ID=Glyma.05g178900.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g178900.6.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g178900.6 locus=Glyma.05g178900 ID=Glyma.05g178900.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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