Glyma.05g168600

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.05g168600): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.05g168600

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm05
Start:	35904123
stop:	35929996
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.05g168600

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT1G71220.2	AT	UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferases;transferases, transferring hexosyl groups;transferases, transferring glycosyl groups	JGI	N/A	IEA
GO:0006486	GO-bp	protein glycosylation	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0006486	GO-bp	protein glycosylation	JGI	N/A	IEA
GO:0018279	GO-bp	protein N-linked glycosylation via asparagine	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0030968	GO-bp	endoplasmic reticulum unfolded protein response	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0051084	GO-bp	'de novo' posttranslational protein folding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0071712	GO-bp	ER-associated misfolded protein catabolic process	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0097359	GO-bp	UDP-glucosylation	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005783	GO-cc	endoplasmic reticulum	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0003980	GO-mf	UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0003980	GO-mf	UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity	JGI	N/A	IEA
GO:0051082	GO-mf	unfolded protein binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
KOG1879	KOG	UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase	JGI	N/A	IEA
PTHR11226	Panther	UDP-GLUCOSE GLYCOPROTEIN:GLUCOSYLTRANSFERASE	JGI	N/A	IEA
PF06427	PFAM	UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.05g168600

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.05g168600 not represented in the dataset	Glyma.05g168600 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Related Legume Genes

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

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Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.05g168600

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.08g127200	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.05g168600 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma05g30230	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.05g168600

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.05g168600.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g168600 ID=Glyma.05g168600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g168600.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g168600 ID=Glyma.05g168600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AAAAAACCTGCGAGTCCTCGAAGTGAGAACAAAGATCGAAACTTTGGAAGCTCCTCTCATTTCCTCAGCTGTCGCACGTGCAAATGGGGCATCAATTCTGAACCCACATTCATTCTCGCTCCACAAATTCAAATGGGGTGCCTTTGGAGATCTCGATGTTGGGTTCTCATTGTGTTGGTGTTGTTGAATATTGGTTCAGCCTTTGCTGACACTCCTCAGAGACCCAAGAATGTTCAAACTGCACTCCGTGCTAAGTGGTCTGGAACTCCCCTGCTTTTGGAAGCTGCTGAATTATTATCTAACGAAAAAAAGGACCTTTTCTGGGACTTCATTGAGATTTGGCTTAATACTGAGAAGGATGCAGCTAGATCTGAAGCAGCTAAAGATTGTGTGAAGAAAATTTTGGAATGTGGGCGCCCTCTTCTAAGGGAACCATTAAAATCATTATTTGAGTTCTCTCTTATGCTGAGATCAGCATCCCCTAGACTGGTGCTCTTCCAGCAATTAGCGGAGGAATCTCTCGCATCTTTTCCCCTAGGCGATGAAAATTACTCAGATGATGAGACTGAGGAAAAGTTGCTAACAGAAAAGAAGATTGAAAGGAGAAAATTAGATCCCCTGCATGGTGTAAACCTGAAAATCCATGGAGGAAAATGTTGTTGGGTGGATACCGGTGAACACTTGTTTTTGGATGTTCATGAATTACTGGCGTGGCTTCAGGGCTCTGTTGAGCTGGTAGGTGATTCGTTTCCGAGACCTGAAATATTTGATTTTGATCACATCTATTATGAGTTAAGTGTTGGAAGTCCAGTTGCTATCCTTTACGGTGCACTTGGAACCAATTGTTTTAAGGAGTTTCATGTTGCTTTAGTTAAAGCTGCCAAAGAGGGGAAAGTTAAGTATGTTTTACGGCCAGTGTTGCCTGCTGGATGTGAATCAAAAATCAATCATTGTGGTTCTGTTGGTGCCGGTGAATCAGTGAACTTGGGTGGTTATGGTGTGGAACTTGCACTGAAGAATATGGAATATAAGGCCATGGATGACAGTACGGTAAAAAAAGGTGTGACTTTGGAGGATCCTCGAACTGAAGATCTTAGCCAGGAAGTCAGAGGATTCATATTCTCTAAAATTCTGGAACGTAAAACTGAGTTAACATCTGAGGTCATGGCTTTTCGGGATTATCTATTGTCATCAACTGTATCAGACACACTTGATGTTTGGGAATTAAAGGATCTAGGACATCAAACTGTACAGAGAATTGTCCGAGCTTCGGATCCTCTGCAGTCAATGCAGGAAATTAATCAAAACTTCCCTAGCATAGTTTCTTCCTTGTCTCGCACAAAGCTTGATGATTCTATTCGAGATGAAATAATGGCAAACCAGCGGATGGTCCCACCTGGCAAGTCTTTAATGGCTCTCAATGGTGCTTTAGTCAATGTTGAAGATGTTGACCTCTATCTGTTGATTGACTTGATCCATCAGGATCTCTTGTTGGCTGATCAGTTCTCAAAATTGAAGATTCCTCAAGGCACTTTGAAGAAATTGCTCTCGACTTCACCTCCTTCAGAGTCCAGTATATTTCGAGTTGATTTTCATTCTAGTCATGTTCATTATCTCAACAACTTGGAAGAAGATGCTAAATATAAACGGTGGAGGAACAATTTAGATGAGTTCTTGATGCCAGTCTTCCCTGGGCAGCTACGCTACATCCGTAAAAACCTTTTCCATGCTGTCTTTGTTCTTGATCCAGCAACCCGTTGTGGTCTGGTGTCCATTGATATGATCATATCATTGTATGAAAATAATTTTCCTGTGAGGTTTGGGATTGTGTTGTATTCTTCGAAGTTTGTTATGCAGTTAGAAAATCATGCTACAAAAGAGCACAGCGATGAAGATATTTCGACTACGATTATATGTCTCTTCAGTTATATCAACGAGAATTATGGTGCTGAAATGGCTTACCGGTTTTTGAGCAATGTTAACAAATTACGTATTGAGTCAGATGGCAATGCGGATGATGCTCTTGAACTGCACCATGTTGAAGGAGTGTTTGTGGAAACAATATTATCAAAGGTAAAGTCCCCACCTCAAGAGATATTACTAAAGCTGTATAAGAATCAAAAGTTGAAGGAATTGTCACAAGAAAGCTCTAAGTTTGTATTTAAGCTTGGTTTGTCTAAGCTTCAATGTTCGTTATTGATGAATGGCCTTGTTATTGATCCCACTGAGGAAGCTCTTATAAATGCCTTAAATGATGAGACTCCAAGAATACAGGAACAAGTATATTTTGGACAAATAATGTCTGACACTGATGTATTAGCTAAGTTTCTATCAGAAGCTGGTATACAGCGTTATAATCCTAAGATTATTTCTGATAGCAAACCAAGGTTCATATCTCTGTCAATGTTTACTTTTGGGGAGGAATCTATACTAAATGACATTGTCTACTTGCATTCTCCTGGAACAATGGATGATACGAAGGCTGTGACGCATCTTCTTGCTGTTGATATCACTTCAAGGAATGGGATGAAATTACTTCAACAAGGCATACATTATCTGATAGAAGGATCCAAAAATGCTCGTGTAGGTCTTCTGTTTAATGCCAATCGGAGTCCTAATTTGTTTAGCCTCCTATTTGTTAAGGTCTTTGAAATCACTGCATCCTTGTATAGTCATAAGACGAATGTATTGGACTTCTTGAATCAGCTTTGCTCACTATATGAGAAGAATTACATCCTTTCACCTCCTATGGAAGCTGAGAGCACTCAAGCATTTGTTGATATGGTTTGCGAGCTTGGTGAAGCTAATGGGTTACCATCTAAGGGCTATAGGTCTGCCCTCCTAGAATTTCCTGCTGGTGAAGTGAGAAAGCATTTGACTAAGGTGCAGAATTCTTTGTATAGGGTGCTTGGGCTTGAATCTGGTGCCAATGCTGTCTTCACTAATGGAAGGGTAACTTATCCAATAGATGAAAGCTCATTTTTGAGCGCTGATCTGCATCTTCTGGAATCAATAGAATTTAAACAAAGGACAAAGCACATTGTGGAAATTATTGAAGAGGTGGAATGGCATGATGTTGACCCCGACACACTAACAAGCAAATTCATTAGTGATATTGTCATGGCCTTATCATCTTCAATGGCCATGCGGGAGCGGAATTCTGAAAGTGCTCGTTTTGAGATTCTGAATGATCAGCATAGTGTCATTATTCTAAATAATGTAAATTCAAGTATTCATATTGATGCGGTTCTTGATCCTTTAAGTCCAACCAGCCAGAGGTTGTCTGGAATTCTTCGAGTTTTGTGGAAATACATTCAGCCCAGCATGAGAATTGTACTGAATCCAGTGAGTTCTCTTGCTGATCTTCCTCTGAAGAGCTACTACAGATATGTAGTACCAACAATGGATGATTTTAGCAACACTGACTCTGCAATAAATGGCCCACAAGCACTCTTTGCAAACATGCCACTGTCTAAGACTCTCACCATGAATCTTGATGTTCCTGAGTCTTGGCTTGTTGAGCCCGTTATTGCATTCCATGACCTGGATAACATTCTTCTTGAGAACCTTGGTGACACAAGCACATTGCAAGCAGTTTTTGAGCTTGAAGCTCTTGTCCTCACTGGTCATTGTTCTGAGAAAGATCACGATCCTCCTCGGGGACTTCAGCTGATCCTTGGGACGAAAACTGCTCCCCATTTAGTTGACACCCTTGTGATGGCCAACCTGGGATATTGGCAAATGAAAGTCTCACCTGGAGTTTGGTACTTGCAGCTTGCTCCTGGAAGAAGTTCCGAGCTTTACATTTTAAAGGAAGATGGTGAAGGAAGTTATGATAAACAATCATCAAAACTCATTACTATTAATGATTTACGGGGTAAACTATTTCATATGGAAGTACTGAAAAAAAAGGGAAAGGAGCATGAGGAATTACTCCTTCCTGATGACAACGCACAAGATGAGAAGAAAGGAAGTGGCTTGAATTCCAACTTCTTAGAATGGGCTTCTGGTTTCATTGGTGGCAACAAATTATCTAAAAAGGCTGAAAAAAGTTCACAAGAGAAAGGAAGGGGTGGACGGCATGGAAAAACTATTAATATGGTTTCTATTGCTTCTGGGCACCTATATGAACGCTTTATGAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACTCATCGTCCAGTTAAATTCTGGTTCATAAAGAACTACCTCTCTCCTCCTTTTAAGGACTTAATTCCACACATGGCCCTAGAGTATGGTTTTGAATATGAACTAGTCACGTACAAGTGGCCCACATGGTTGCATAAGCAGAAAGAAAAGCAGCGAATAATTTGGGCATATAAAATCTTATTCCTAGATGTCATTTTCCCCCTTTCTTTGGAGAAGGGTTTCTGGAATGATCATTTGCAGGGAAAACCATACCATATTAGTGCTTTATATGTTGTTGATCTGAAGAAGTTCCGAGAGACTGCAGCTGGAGATAATCTTAGAGTTATTTATGAAACACTAAGCAGGGATCCAAATAGTCTAGCCAACTTGGATCAGGATCTTCCTAATTATGCTCAGCATACCGTGCCAATTTTCTCTTTGCCGCAAGAGTGGCTATGGTGTGAATCATGGTGTGGTAATGCTACAAAATACAAGGCAAAAACCATTGATCTGTGCAACAATCCCATGACAAAAGAACCCAAACTGCAGGGTGCTAGACGAATAGTTTCTGAGTGGCCAGACCTGGATTTTGAGGCAAGAAGATTCACAGCACGAATCTTGGGCGATGATCAAGAATCAGAATCAATACTGCCCCCTAATCAATCCAAGAACTTGAATAGTGAAGATTCGTCGAATGAGGACATGGAATCCAGGGCTGAGTTATGAACAAGGGACAGATGCTGTGCAAGTTGAAATTTATTCAAGAAATCTATGATCCTTGCAGCAGTTTGTCGCCATGTAGCATCATGACTTCTTTCCATCTAACCAGTGCCCATCTGATATATCGGCAT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Coding sequences of Glyma.05g168600

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.05g168600.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.05g168600.4.p locus=Glyma.05g168600 ID=Glyma.05g168600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g168600.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.05g168600.6.p locus=Glyma.05g168600 ID=Glyma.05g168600.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g168600.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.05g168600.7.p locus=Glyma.05g168600 ID=Glyma.05g168600.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.05g168600

Limit To All Plant Sequences

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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain