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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.05g078300

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm05
Start:10441484
stop:10446972
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.05g078300
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G01910.1AT sulfite oxidase JGI N/AIEA
GO:0042128GO-bp nitrate assimilation EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0055114GO-bp oxidation-reduction process EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0055114GO-bp oxidation-reduction process JGI N/AIEA
GO:0009055GO-mf electron carrier activity JGI N/AIEA
GO:0016491GO-mf oxidoreductase activity EnsemblGenomesN/AIEA
KOG0535 KOG Sulfite oxidase, molybdopterin-binding component JGI N/AIEA
PTHR19372Panther SULFITE REDUCTASE JGI N/AIEA
PF00174PFAM Oxidoreductase molybdopterin binding domain JGI N/AIEA
PWY-5326SoyCyc9 sulfite oxidation IV Plant Metabolic Network ISS
GN7V-41273SoyCyc9-rxn sulfite oxidase Plant Metabolic Network ISS

Expression Patterns of Glyma.05g078300
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.05g078300
ParalogEvidenceComments
Glyma.19g071800 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.05g078300 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma05g14420 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.05g078300
>Glyma.05g078300.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g078300 ID=Glyma.05g078300.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g078300.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g078300 ID=Glyma.05g078300.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g078300.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g078300 ID=Glyma.05g078300.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g078300.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g078300 ID=Glyma.05g078300.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g078300.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g078300 ID=Glyma.05g078300.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g078300.7 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g078300 ID=Glyma.05g078300.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g078300.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g078300 ID=Glyma.05g078300.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.05g078300
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Predicted protein sequences of Glyma.05g078300
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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