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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.05G182500

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm05
Start:37029299
stop:37037313
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.05G182500
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT5G65210.1AT bZIP transcription factor family protein JGI N/AIEA
GO:0006351GO-bp transcription, DNA-templated EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0006351GO-bp transcription, DNA-templated JGI N/AIEA
GO:0006355GO-bp regulation of transcription, DNA-templated EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0006355GO-bp regulation of transcription, DNA-templated JGI N/AIEA
GO:0003700GO-mf DNA binding transcription factor activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003700GO-mf sequence-specific DNA binding transcription factor activity JGI N/AIEA
GO:0043565GO-mf sequence-specific DNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0043565GO-mf sequence-specific DNA binding JGI N/AIEA
PTHR22952Panther CAMP-RESPONSE ELEMENT BINDING PROTEIN-RELATED JGI N/AIEA
PTHR22952:SF57Panther JGI N/AIEA
PF00170PFAM bZIP transcription factor JGI N/AIEA

Proteins Associated with Glyma.05G182500
LocusGene SymbolProtein Name
TGA08 bZIP transcription factor 8
bZIP46 Basic leucine zipper transcription factor-like protein gene 46

Expression Patterns of Glyma.05G182500
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.05G182500 not represented in the dataset
Glyma.05G182500 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Related Plant Genes

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.05G182500
ParalogEvidenceComments
Glyma.08g140100 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.05G182500 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.05g182500 Wm82.a4.v1ISS As supplied by JGI
Glyma05g31623 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.05G182500
>Glyma.05g182500.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g182500 ID=Glyma.05g182500.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
CAACATATAAAACAGACACGCACAAAAATACAACCCTCTCTAATTTTCAATACACCACGTCTCCATACCATTCCTTTTTTTTTTTTTCATATTAAATCCAATTAAAAAAATAGTGGCACCTATTTTCTACGTATTAATTATAATTCTATGCTTTCGCCTTGCCATGAATGTGATGGGAGATTAGGGTAGGGTTGGCAATTGGATAATAGTTTGCGTTGGGAATTTGGTTCTGTTTTTTTTTTTTTTGGTGGTGAGTCACCAATGGAAGGTGGAATGATTTTTGCGTGAAAAAATGCTTCTCACTATTTCTCAAAGTAGCTTTCAAAGGTTCGCCATATTTTTATTATTAAAATAAAAAAAGAATTCCCTTTCTTTTTCTTCTAATTTTAAAGATTTAACTGCCGAGGAAAACGAGGAAGGACCAGATACGAGAGCGAGATACTAAATACATGACAGCTCttttatgtttatgtttttttttttttttGAACTAGTTGCTTGTGTTGTGCGCTTTCTATGATCACCTTCACCGAAGCTTTCTCTATATGTGTATGCACCAAATCGCCGCACTGATAAGTCCATAGAGCATGGATGCTACATCCTCACCGTTTGTTTCCTCAAGAAGAATGGGTGTATATGATCCTATCCACCAAATTAGCACGTGGGAAGAAAATTTCAAAAGTAATGATACTAATAATTTAACTGTATCCACATCCATAATTGGGGAGGTGGACATGAAGTTAGATAATCAGTTTCAGGTGCAATCAGAGGATGATACTCATGGAATATTTGGCACATCTGTGAAGTACGACCAAGACACTAACAGACTTACTGATAAGACACAACGACGTCTAGCACAAAATCGAGAGGCTGCTCGCAAGAGTCGATTGAGGAAAAAGGCATACGTGCAGCAGTTAGAATCATGTCGTTTGAAGCTCTTGCAGTTAGAGCAAGAGGTAGATCATGCAAAACAACAGGGATTGTATATTGGCAACGGATTGGGTTCTAATAATTTGGGTTTTGCTGGCTCTGTAAATTCAGGAATAACCCTTTTCAAGATGGAGTATGGAAACTGGGTGGAGGAACAAAATAGACAAATTTTGGAACTGAGAACTGCTTTAAGTTCTCATATCGGTGACATACAGCTCGGGACACTTGTACAAGGCATAATGAACCACTACACCAAACTCTTTGGCATGAAATCTGCTGCAGCAAAAGCAGATGTTTTCTATGTTATGTCTGGTATGTGGAAGACAACAGCTGAACGATTTTTCTTGTGGATTGGAGGATTTCGCCCCTCTGAACTTCTAAAGGTTCTGGTCCCTCTAAGTGAACCTTTGACAGAGCAACAACGGTTTGATGCCTATGGCCTTGAAAAATCATGCCAGCAAGCAGAAGATGCCCTTTCTCAAGGTATGGAAAAACTTCAGCAAATGCTTTCGGACTCTGTAGGACCAGGACAACTAGTTGAAGGAACCCACATTCCCCAAATGGATACTGCAATGGAGAGGCTAGAAGCTCTTGTGAGCTTTGTGAACCAGGAAAAAAGAGAGGAAGTTGTCTCTTTTCAAGGTTAATGCGTGTTACAAGTAGAGACGAAGCTAAGGGAGAACATGGGTATGCCACATGCATAATTCTATAAATAGGGGGTAAATGGGACAATGTATTGTAATTGGGTAGTTAGAGTCCGTTAGAACAGTTGTGGAAAGCTTTGTATATTACCATTATTGTGAATAACAGAAGCATCAGATTTGTTGGCTCAATTTCCTCTATTCTTCTATGCTATCTTCTCTCTATTCTTCCCCAATTATCCCTTGGTACCATCGCTGGTATCAGAGCTCGACAATGGCAGCGATCAAGGAAGTGGAGGAGCGAAGGTGAGTATCGTGTCCCAACCAGACTTACTCGTCTTGATTTTCCTAAATTTACACAAGATGATGTCACTGGTTGGCTATCAAAATGTGAGAGGTTTTTTTCTCTTGGAGGAAAATAAGGTTACCATGGCTAGTATAGCACTAGATGAAGTTTCCTGCAATTGGTTCCAAGGGTGAGAACAGGGTATTGAAGGTCGTGGGACATGGGGTATGTTGGTAGAAGCACTTCGTATCAGATAAGGGTCCATCTTTGAAGATCCAATGGAGCAATTGAAGCAAGGAGGAAGCTTGAACGAGTATCAAGAAGAATTTGATGCACTGATTTGTGAGGTGAAATCGAGTGAACAACAGAAACTGAGTTGTTACATGGCATGGCTAAAACCTGAAATGGCAGTTGGAGTGAAGTTGTTTGGGTCAAGAACACTTCTTGAAGCTACTAAGTTGGCCAAGTTTCAATTCCATCAAATTCTAAGGGAATTTTGGGAAAACCTAATATGCAGTTCCATCAAAGATTGACACCGAAGGAGTTGGATAAACACAGGATCAAGGGTCTTTGTTACTTTTGTCATGAGAAATTTGGGCCAGGAGATGATTACATTCAGAGAAGGAAAATGTAGGTTTTCCTTATGGAGGTAGAGGAAGAAGAAAAAGTTGAGATAGTTGAGGAAATTGAATAACAAGAGGAACCTTTGATATCCTTAAATGCAATTATGGAAGAGGTGCAGGCAATTAGGGGGTAAGGCAATATTCGACCATGAGGGTCACAGGATGGATAGGAAAAAAAGGATCTTTGTACTGATtgatacaggcagtacacacaatttgcagttggagattaggttatgttaaaacttcagccatacagacagtattccacccatttgaggagttctaaaaaattgtcgccaagatactttggaccttatgagatattacaaagagtaggacaagttgcttacgccctcaagctcccagcttcatctagaattcatcccacattctatgtatcattacttaaacgttgtcccaattcaagcatatctttgcaacaactaccgaatgagtgggggcatctagaatttccaaaagagcctgaaagaatactggatagaaggatgatacagaagaagcatagagcagtcacagaagtattggtgaaatagaaaggggagttagaagaagaaaccacttgggagacttggtatgaactgaagaagaacttcccTATGCTTGTTTAAGCTAGCTCACCTTGAGGACAAGGGTGGTGTTGAGGGGAGGGTACTGATATGCATAATTCTATAAATAGGGGTAAATGAGACAATTCATTGTAATTGGGTAGTTAGAGTCCGTTAGAACAATTGTGGTACGCATTGTATATTACCCTTATTGTGAATAATAGAACCATCAGTACGC

>Glyma.05g182500.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g182500 ID=Glyma.05g182500.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AACTGCCGAGGAAAACGAGGAAGGACCAGATACGAGAGCGAGATACTAAATACATGACAGCTCttttatgtttatgtttttttttttttttGAACTAGTTGCTTGTGTTGTGCGCTTTCTATGATCACCTTCACCGGTACTTTCTTCTCCTGCTTCTATAATCATTTTTTTGTTTTTGTCTTTGAAAAAGTGTGCATACCGGTTTTGGCTTTGCTTTCACGTACGTACCAAAAATGATGATTTTGGTTGTTGTCTTTTTTTGAATGAGGACTAGTAAGTAAGTATCCTAGAATCTATCTATCTATCGCGCGTGTTTTAATTGTTATCTATCTTTGAAGGAATTAAGAATTGATGCGTACTTTGTGCTGCTTTTTGTACTTGTGCATAATCTGTAGTATTTACTTGAAGTCCAAAGTTTGTATTTGTTTACCGTACCTTTATCATTCTCGGCTACCCCTTTATATCTTTTTGTCACCTAAGCAAGAGAACTAGTAGCATGCTTGGTTTCACGTTTCAAACGTAATTTTAAAAAGCTAATTATTACAGCAACTTTCACATCCCAAACGTGATTCCTTCTTTATGAATTTCCAAATACGCTATAAGTTGTAGATCATATTCAACTCTAACATGTCTACAATATTTGACGCCATAAACTTTTTCTTCTCTGGTTCAGTCCCTACCAAACACAATTGTCCACATTTATGGGATATTCAGTGGGGATTGAATTGTTTAATCAGCATTTCTTAAAATGCATCCACCCCCTTCTTTCATTTAATCCAGCTTCTAGATTGGTTACATCACAAGGGAGGCTTGGAGATTTCTTTATTCTTCTGGTCTTACCAATCAAATTGACCTTTTTTTGCTTTGCCCCGGTATGATTCCTTGTGATCAACGTCACTTGTTAATGGTGCATGCAATATGAATAAGTAGTGTATGGAACAGTGCCACCATAAGGTTTCTTTTGTTGTATTCTTTCTTATAACATGGTAGCAGCGGAGGATTTCTGCACCTTTACGGCATTTTTCTTATGAAGCTTTCTCTATATGTGTATGCACCAAATCGCCGCACTGATAAGTCCATAGAGCATGGATGCTACATCCTCACCGTTTGTTTCCTCAAGAAGAATGGGTGTATATGATCCTATCCACCAAATTAGCACGTGGGAAGAAAATTTCAAAAGTAATGATACTAATAATTTAACTGTATCCACATCCATAATTGGGGAGGTGGACATGAAGTTAGATAATCAGTTTCAGGTGCAATCAGAGGATGATACTCATGGAATATTTGGCACATCTGTGAAGTACGACCAAGACACTAACAGACTTACTGATAAGACACAACGACGTCTAGCACAAAATCGAGAGGCTGCTCGCAAGAGTCGATTGAGGAAAAAGGCATACGTGCAGCAGTTAGAATCATGTCGTTTGAAGCTCTTGCAGTTAGAGCAAGAGGTAGATCATGCAAAACAACAGGGATTGTATATTGGCAACGGATTGGGTTCTAATAATTTGGGTTTTGCTGGCTCTGTAAATTCAGGAATAACCCTTTTCAAGATGGAGTATGGAAACTGGGTGGAGGAACAAAATAGACAAATTTTGGAACTGAGAACTGCTTTAAGTTCTCATATCGGTGACATACAGCTCGGGACACTTGTACAAGGCATAATGAACCACTACACCAAACTCTTTGGCATGAAATCTGCTGCAGCAAAAGCAGATGTTTTCTATGTTATGTCTGGTATGTGGAAGACAACAGCTGAACGATTTTTCTTGTGGATTGGAGGATTTCGCCCCTCTGAACTTCTAAAGGTTCTGGTCCCTCTAAGTGAACCTTTGACAGAGCAACAACGGTTTGATGCCTATGGCCTTGAAAAATCATGCCAGCAAGCAGAAGATGCCCTTTCTCAAGGTATGGAAAAACTTCAGCAAATGCTTTCGGACTCTGTAGGACCAGGACAACTAGTTGAAGGAACCCACATTCCCCAAATGGATACTGCAATGGAGAGGCTAGAAGCTCTTGTGAGCTTTGTGAACCAGTCCAATTGAAAGTAGCCCTTCCTAGCCTCTGCATAAAATTTAAAATGGTCGTGGAAAACGTCTGGGAACACGTGTAAAAAACATGCAAGCAAACACTATGTAAATAGATGTGCCGTGAAAACAGACCTAGCTGAAAAGGGAGGTGGTTTTGCTTTGCCCGTTGGCCGTTTTACCGTTATGTTATGCTTGCCTCCACTATACAAGCTACGATAACATATTCTTGTTTTGTACTCTCCAAAAATCGGAGCATAGGCCTGTGAAATAGTAAGGAATCTTGTTCCTTAAATGAGTTGTTTATTTTTTCTCCTTTCTTTACATAGGAAAAAAGAGAGGAAGTTGTCTCTTTTCAAGGTTAATGCGTGTTACAAGTAGAGACGAAGCTAAGGGAGAACATGGGTATGCCACATGCATAATTCTATAAATAGGGGGTAAATGGGACAATGTATTGTAATTGGGTAGTTAGAGTCCGTTAGAACAGTTGTGGAAAGCTTTGTATATTACCATTATTGTGAATAACAGAAGCATCAGATTTGTTGGCTCAATTTCCTCTATTCTTCTATGCTATCTTCTCTCTATTCTTCCCCAATTATCCCTTGGTACCATCGCTGGTATCAGAGCTCGACAATGGCAGCGATCAAGGAAGTGGAGGAGCGAAGGTGAGTATCGTGTCCCAACCAGACTTACTCGTCTTGATTTTCCTAAATTTACACAAGATGATGTCACTGGTTGGCTATCAAAATGTGAGAGGTTTTTTTCTCTTGGAGGAAAATAAGGTTACCATGGCTAGTATAGCACTAGATGAAGTTTCCTGCAATTGGTTCCAAGGGTGAGAACAGGGTATTGAAGGTCGTGGGACATGGGGTATGTTGGTAGAAGCACTTCGTATCAGATAAGGGTCCATCTTTGAAGATCCAATGGAGCAATTGAAGCAAGGAGGAAGCTTGAACGAGTATCAAGAAGAATTTGATGCACTGATTTGTGAGGTGAAATCGAGTGAACAACAGAAACTGAGTTGTTACATGGCATGGCTAAAACCTGAAATGGCAGTTGGAGTGAAGTTGTTTGGGTCAAGAACACTTCTTGAAGCTACTAAGTTGGCCAAGTTTCAATTCCATCAAATTCTAAGGGAATTTTGGGAAAACCTAATATGCAGTTCCATCAAAGATTGACACCGAAGGAGTTGGATAAACACAGGATCAAGGGTCTTTGTTACTTTTGTCATGAGAAATTTGGGCCAGGAGATGATTACATTCAGAGAAGGAAAATGTAGGTTTTCCTTATGGAGGTAGAGGAAGAAGAAAAAGTTGAGATAGTTGAGGAAATTGAATAACAAGAGGAACCTTTGATATCCTTAAATGCAATTATGGAAGAGGTGCAGGCAATTAGGGGGTAAGGCAATATTCGACCATGAGGGTCACAGGATGGATAGGAAAAAAAGGATCTTTGTACTGATtgatacaggcagtacacacaatttgcagttggagattaggttatgttaaaacttcagccatacagacagtattccacccatttgaggagttctaaaaaattgtcgccaagatactttggaccttatgagatattacaaagagtaggacaagttgcttacgccctcaagctcccagcttcatctagaattcatcccacattctatgtatcattacttaaacgttgtcccaattcaagcatatctttgcaacaactaccgaatgagtgggggcatctagaatttccaaaagagcctgaaagaatactggatagaaggatgatacagaagaagcatagagcagtcacagaagtattggtgaaatagaaaggggagttagaagaagaaaccacttgggagacttggtatgaactgaagaagaacttcccTATGCTTGTTTAAGCTAGCTCACCTTGAGGACAAGGGTGGTGTTGAGGGGAGGGTACTGATATGCATAATTCTATAAATAGGGGTAAATGAGACAATTCATTGTAATTGGGTAGTTAGAGTCCGTTAGAACAATTGTGGTACGCATTGTATATTACC

>Glyma.05g182500.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g182500 ID=Glyma.05g182500.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g182500.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g182500 ID=Glyma.05g182500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g182500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g182500 ID=Glyma.05g182500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g182500.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g182500 ID=Glyma.05g182500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g182500.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g182500 ID=Glyma.05g182500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.05g182500.9 sequence-type=transcript locus=Glyma.05g182500 ID=Glyma.05g182500.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.05G182500
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>Glyma.05g182500.11 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.05g182500.11.p locus=Glyma.05g182500 ID=Glyma.05g182500.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.05G182500
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>Glyma.05g182500.9.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.05g182500.9 locus=Glyma.05g182500 ID=Glyma.05g182500.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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