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Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT5G04070.1 | AT | NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein | JGI | N/A | IEA |
GO:0008152 | GO-bp | metabolic process | JGI | N/A | IEA |
GO:0016020 | GO-cc | membrane | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016021 | GO-cc | integral component of membrane | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016491 | GO-mf | oxidoreductase activity | JGI | N/A | IEA |
KOG1014 | KOG | 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 3, HSD17B3 | JGI | N/A | IEA |
KOG1208 | KOG | Dehydrogenases with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenases) | JGI | N/A | IEA |
PTHR24319 | Panther | FAMILY NOT NAMED | JGI | N/A | IEA |
PTHR24319:SF102 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
PF00106 | PFAM | short chain dehydrogenase | JGI | N/A | IEA |
GN7V-65234 | SoyCyc9-rxn | NADP-retinol dehydrogenase | Plant Metabolic Network | ISS |
Glyma.04g237500 not represented in the dataset |
Glyma.04g237500 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.06g126500 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma04g41620 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
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>Glyma.04g237500.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g237500.1.p locus=Glyma.04g237500 ID=Glyma.04g237500.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.04g237500.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g237500.11 locus=Glyma.04g237500 ID=Glyma.04g237500.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MRCILRIPVVNAVGRSQQLLSETITKIKDWNEDAHLEAFQVDLSSIESVVKFKMSLQQWLLDSDLHCSIQILINNAGILATSPRVTAEGYDQMIGTNYIGAFALTKLLLPLLESSPVSSKIVNVSSFTHRAVTDVQVDEGTVSGKRFFRSIQYPCAHIYEYSKLCLILFSYELHRQLCLMGKSHQIFVTVADPGVVQTKLMQEVPAILSWLALYVLKRLQLLQSPECGVDSIIDAALAPPGTSGAYFFGGKGRTLNPSPLSRNAKLARELWESTSKLLSVTPFGAEGNSW* >Glyma.04g237500.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g237500.2 locus=Glyma.04g237500 ID=Glyma.04g237500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MGLIKVVKELWRAFFFLCSPQFWRMALLWTFSILYSYYQLFKPLIHEKCSLFSHKLVSYPRCSPFTTTFKPVCVITGATSGLGLAAAYQLSKEGYFVVLVGRSQQLLSETITKIKDWNEDAHLEAFQVDLSSIESVVKFKMSLQQWLLDSDLHCSIQILINNAGILATSPRVTAEGYDQMIGTNYIGAFALTKLLLPLLESSPVSSKIVNVSSFTHRAVTDVQVDEGTVSGKRFFRSIQYPCAHIYEYSKLCLILFSYELHRQLCLMGKSHQIFVTNPGSVPQLPSSPKFPNTPFVAPLRKATSFKGSISTPAFN* >Glyma.04g237500.3.p sequence-type=predicted peptide 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||