Glyma.04g221600

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.04g221600): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.04g221600

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm04
Start:	49235336
stop:	49243952
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.04g221600

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT2G40540.1	AT	potassium transporter 2	JGI	N/A	IEA
GO:0006811	GO-bp	ion transport	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0006813	GO-bp	potassium ion transport	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0071805	GO-bp	potassium ion transmembrane transport	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0071805	GO-bp	potassium ion transmembrane transport	JGI	N/A	IEA
GO:0005886	GO-cc	plasma membrane	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0016020	GO-cc	membrane	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0016020	GO-cc	membrane	JGI	N/A	IEA
GO:0016021	GO-cc	integral component of membrane	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0015079	GO-mf	potassium ion transmembrane transporter activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0015079	GO-mf	potassium ion transmembrane transporter activity	JGI	N/A	IEA
PF02705	PFAM	K+ potassium transporter	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.04g221600

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.04g221600 not represented in the dataset	Glyma.04g221600 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Related Legume Genes

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

Related Plant Genes

Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.04g221600

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.06g143800	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.04g221600 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma04g39960	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.04g221600

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.04g221600.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g221600 ID=Glyma.04g221600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g221600.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g221600 ID=Glyma.04g221600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g221600.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g221600 ID=Glyma.04g221600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g221600.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g221600 ID=Glyma.04g221600.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g221600.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g221600 ID=Glyma.04g221600.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.04g221600

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.04g221600.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g221600.5.p locus=Glyma.04g221600 ID=Glyma.04g221600.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g221600.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g221600.6.p locus=Glyma.04g221600 ID=Glyma.04g221600.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGATCTTGAATCCAGCAAGTGTTGGGACACATCAAAGGACTCTTGGAAGACAATTCTGCTCTTGGCCTACCAAAGCCTTGGTGTGGTATATGGGGACTTGAGCATTTCTCCATTGTATGTTTACACCAGCACATTTGCTGAAGATATTGAACATTCAGAGACCAATGAAGAGATTTTTGGTGCCCTTTCTTTTGTCTTCTGGACTCTGACACTGGTGCCGCTCTTCAAGTACGTTTTTGTGGTTCTTCGAGCTGATGATAATGGAGAGGGAGGTACTTTTGCTCTATATTCCTTGATCTGTAGGCATGCTAAAGTTAGTCTCCTTCCAAATCGACAACATGCGGATGAAGCGCTCTCTACATATAAGATGGAGGAGGCTCCGGAGAAAGATACTTCTAAAGTGAAGATGGTGCTTGAGAAATATAAGGGCTTGCATACAGCTCTCCTAATTGTGGTTCTACTTGGCACTTGTATGGTAATAGGGGATGGACTACTTACCCCAGCTATTTCTGTTTTCTCGGCAGTATCTGGTCTTGAGGTATCTATGTCCAAGAAACACCACCAGTATGCTGTGATTCCCATCACTTGCTTCATACTGGTGTGTTTGTTTGCACTGCAACACTATGGTACACATAGGGTGGGATTCCTTTTTGCTCCAATTGTGTTGGCATGGCTGTTGTGCATCAGCACACTTGGTTTATATAATATATTCAAATGGAATCCACATGTATATAAAGCTCTTTCACCATATTATATGTTCAAGTTCTTGAAGAAGACAAGGATAAGTGGATGGATGTCTTTGGGTGGAATATTACTGTGCATAACAGGCTCAGAAGCTATGTTTGCTGATCTTGGCCATTTCTCATATATGGCCATTCAGATTGCATTCACCTTTCTGGTGTATCCTGCGCTTATATTGGCATATATGGGTCAAGCTGCTTATTTGTCACATCATCATGATTCCGAACTCCAAATAAGTTTCTATGTCTCAGTTCCAGAAAGTGTGAGGTGGCCGGTGCTTATCTTAGCTATTCTAGCTTCTGTTGTGGGAAGCCAAGCAATCATCAGTGGAACATTTTCTATCATAAACCAGAGCCAATCTCTGGGTTGCTTCCCAAGAGTTAAGGTTGTTCATACATCTGACAAGATACATGGTCAGGTCTACATCCCTGAAATTAATTGGTTACTCATGATCCTCTGCATTGCTGTGACCATTGGATTTAGGGACACAAAACACATGGGAAATGCTTCAGGGTTAGCAGTGATGACCGTGATGCTGGTGACAACATGCCTTACTTCCTTAGTAATCGTAGTTTGTTGGCATAAACCCCCTATTATAGCCCTTTGCTTCCTGTTGTTCTTTGGCTTTATTGAGCTGCTGTATTTCTCAGCTTCACTGACAAAATTTTGTGAGGGTGCCTGGTTACCTATTCTGCTGGCCCTATTCCTCATGATTATAATGTACCTTTGGCACTATGCAACCATCAGAAAATATGAATATGACCTTCACAACAAGGTATCACTAGATTGGCTTCTTGCCTTGGGTCCAAGCTTGGGAATTGCTAGAGTCCCTGGAATAGGCCTAGTGTTCACTGACCTCACCACTGGCATCCCTGCAAACTTCTCCCGCTTTGTCACCAACCTTCCTGCATATCACCGCATCCTTGTTTTTGTTTGTGTGAAATCAGTGCCTGTCCCTCACGTCCCTGCTGCTGAGAGGTATCTAGTAGGCCGTGTAGGACCACCTGCTCATCGGTCCTACCGGTGCATAGTCAGATATGGATATCGCGATGTGCATCAAGATATTGATTCCTTTGAGTCTGAACTTGTAGCAAGGCTTGCTGATTTCATCCAATATGATTGGTACCGATCTAGGAGGAGTAGCATGAGCATTGACGATGATGCCTCAAACTCCAATGAATCATCAAGTTACAGATTAACCGTAATTGGAACAACTGGTTTCACTATCCAACCAGGATATGAAAGTGGTGGGGAGAGTATGCAGCAAGCAAGTGTATCTGTTGGTTTCCCCTCTGTACAAAGTGTGACTGATGTTATTGAGATGGAACCGGTTGTGACTGAGAGGAGAGTGAGGTTTGCAATTGATGATGAGCCTGAGAGTGATGCAAGGTCTGAGGCAGGAGTGCAAATGCAGGAAGAGTTAGAAGATCTTTATGCTGCACAAGAAGCTGGGATTGCCTTCATTCTTGGACATTCTCATGTAAGAGCAAAGCAAGGCTCATCTGTACTAAAGAAATTGGCACTTAACTATGGCTACAATTTCTTGAGAAGGAATTGTAGAGGCCCTGATGTGGCACTTAAGGTTCCCCCAGTTTCTCTTTTGGAGGTTGGCATGGTCTATATTGTGTAG

>Glyma.04g221600.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g221600.7.p locus=Glyma.04g221600 ID=Glyma.04g221600.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g221600.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g221600.8.p locus=Glyma.04g221600 ID=Glyma.04g221600.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.04g221600

Limit To All Plant Sequences

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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain