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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.04g214200

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm04
Start:48588602
stop:48595244
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.04g214200
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G18640.1AT Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein JGI N/AIEA
GO:0046872GO-mf metal ion binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0046872GO-mf metal ion binding JGI N/AIEA
PF00642PFAM Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.04g214200
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.04g214200 not represented in the dataset
Glyma.04g214200 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.04g214200
ParalogEvidenceComments
Glyma.06g152200 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.04g214200 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma04g39221 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.04g214200
>Glyma.04g214200.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g214200 ID=Glyma.04g214200.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ACAAAAATTCTCACATTTAATAACATTAAACCCTTATTCTCTATAACATCAAATCCTCGATGGAAATGATCTACCACTACTATAACATCTGCAAATTATTATCTAGTAGTGATACAGCTGAGCAAAAAAAAAAAATCTAGTAGTGATGCATTACTAGACGTGGTTATTTAATTATTGTGAAATTTATGATTTACTATTTTACTTAATTATATTGTTGAAATATTTAATTGTTATGTTATTTATAGGTATTTTGTTATTATTTTTATAtttttttttatcagcaaaatataatatattatagatggatgaaagtaccaggggtacTATTAATACAATATTAGTGGTAGGTATGCTGCTGGATCCACTAGTATTATGATCCAAATTGCAGACCTGATATACTATTACAGTGTAATATCCTTCATTTCTGTCCTATATACAAAAAGCTACTGGTAGATTACTAGACCAGTAGTTATAGGACTCTACaaaatctttctccaaccctctaagccatgaccatactagaaatattgcgtcttccaacagcttacttccattaaaaggctcatttaggaaaacatttcgatttctgtgctgccaaatagaccaggtaagggccacccaccagcacttccatctagaatactgctttcctccatttatgccaattggttgctgcatgaagtgttgtcttggattaacagaaaaagctcccatggtttgagtccaggaaagggattcccaccataagggctgtgtctttgggcaatcaaaaaacagAGAACGTTGCTTTTGTCAAAGAGAAGCATTACGATTTTGGCAAGTGAGATGAGTGGAAGTGGCAAAAAGCGCTCTTCAAAGTGGGATTTGAGAGACGATCCTGATTTTTCACCTGATGATAGTCAGCAATTGCGGTCTGGGTGGTCCTCTGCAGGTGATAAATTAAAGCCTGGTATGGGATTTTCATCCAAGGAACCTTTTTCTGGAGGCAGAGGTTCAAATAAGGACGATATTATGAATAAAGACTATAGAGTTTTGGATGCAACAATGGAATGGGATGAGGATGGAAGTTACAACAATGAAATGTCTCCTGGGTTGGAGGGATGGAAACATAATAAGAGACATAGTCAATCCCCCAAAAATGGTTGGAGCAGGAGTAGTCGAAGCAGGAGCCCTCCTCATGGTTTTAGGTGGGATTCAGGAGTCAATGACAGAAATAGAATGCGGGCTGGAGGATCGACACAACCATGTAGAGATTTTGCTGCTGGTAAATGCAGAAGAGGCAGCCACTGCCATTTTCTTCATGATAATCAAAATCATGAGGATAGTTGGGAAGATAAGTACAGGGAAGATGGAGCTCCCAGATATTCTGCTCCCCACGAGGGTAGAGACTATTCTCTTAAGAGTGGTAGATCTAATGAAGCCTGTATTAATTTTCCAAAAGGAAGGTGTAGAATGGGAGCATCATGCAAGTTTGTGCATCATAACAATTCTGATGGACACAGTAAAGTTTCTGTGGATGAATTAGCTAGAGAGAGGGAAATTGATAGAAGGCACAGAGACAGTTCTTTTGAGCAGGGTGGAGGGCATGGGCCAAACCGTAGTGGTGATACTCTTTGCAAATTTTTTGCTAATGGACATTGTCGTAATGGTAAATATTGTAGGTTTTCTCATGATAGGCAAGCATGTAGAAGCCCTAATAGAAGATCAAGAGATGATAGGTGGGCAAGCAATCCTGGAGGAGATTATCATATGCTGGATAGACCGAAATTGAGTGATTCAGTTAGTCCTAATAGAAGGCCAAGGGATGATAGGTGGGGTTCAGATGGTAACAGGGCTGATGCAGATAAAGTTTGGGACAGTCCAAAGCGGAATGATACAGTTGCTGTCTCTGATACAGCAAAGCTGGTTGAGGACAAAAGTGAAAATGTGGTTGCCGCAGAGCAAGGATTCACCCCTTTGGCTACGAGGGATGGATGGGGTCATAGTTTGGATAAGAGCAGAGTGCATGGTGAACAACCATTTTCTAGTGATAAGAAGGAAGCTGACAGTTGGATAACAGGAAATAATGCTGCCAACATGCATGGTTCCCAGTCAATAGGTACAGACATTTGGTTGGGTGATGATGCAAAAATGTCTCCAGATTGGGATTACAGGGTGAGATCTTCCAGCTGTATTGAAGAAAAGCATGAACAGAATAAGCATGGGATAACGCAGGGTTTTATGTATTTAGACACCTCTGAACATGACAGAATACAAATTGCTCCAGGACAAGGTTTTAATCAGAATGCAGTGAGTTTTAATTCTTTGCATTCTTCAAGCTGCCAAGCAGTTGGACAAAGTCAAGTAGCAGTTCCCATTCTACCTTCAAAGGGTGGAATTGTTGATGGTATGCTGAAACAGGAAGTCTCCACTGAGAAAAAGTACACTGCTGAACCAAATATCATGGATGCTGGCTTATCACAAGTTAGTTCAAGAAATCCTCCTCCAACCGCGAACGTGGTAGGCAAAGAACAGCTTGCTCAGCTTACCAATCTCTCAGCCTCGCTGGCTCATATCCTCGGGACAGGGCAACAGCTGCCACAACTTTATGCTGCTTTAAATTCTCATGATGCAAAGGACATATCCTCCCTAGCAAAAACTGAGGTGCCTGCTATGCCTGTTTCCAACACATTCATCAGGCCAGATCCTACTGTTGGACTCCTGAAGCAATATGATCCAATGTGTGACAGTGTTGAGCCAAAGGGTGCTGTTGCAAGTGGGGTACCCCCAGCCATTCCTCCAAGTCAAAAAGTTGCAGATGTAGTGGAAATTCCGTCACAGTCCAACACAGGAAGACAAAATTGTGGTGATTCTTCCAAGGCTGCTGGCTCAGAAGAACTTGTCAAGAGTGATCCTCTAATCCAGTTGCAGCCAGGTCAAAACACTGGGGTTAATAAGGATAATAACAAGGAAATGTTACCTGAGGAAACTCTAAAATCTAAAGATGATCCTAAAAGTACCAAAGAGAGTGGTCCTTTTGAAAACATGGAGCAAACTGATGGTCCTGATGAGGCAAAGAAAATAAAGGGTATGAAGGGGAATCGTGCATTTAAATTTGCATTGGTTGAGTTTGTTAAGGAGCTTCTAAAACCAACATGGAAAGATGGTCAAATCACCAAAGAAGATTATAAAACAATTGTGAAGAAAGTTGTTGATAAAGTAACTGGTTCCATGCAGGGGGTCAATATTCCTCAGACACAGGAGAAAATTGATCACTATTTGTCATTTTCAAAACCAAAGCTTAACAAACTTGTACAGGCGTATGTGGAAAAGGTTCAGAAGGCTTAGTGCAATTGTTGAAATTTGACTGCCAACCCTATCGTTTATATTTTACTCAGCACTGTTGTCTTCAATATGTATTCTCTTCTTTATCTCTGGATTTTTTTGTTTTGTCTTGGCCATTTGTTTGCGTACTTTAGCTCCTTTGCAGCTATTGCATACAAACAATCTGGGAGCATTTTTTGGGCCTTTAATTTTTTTTTTCTTCGTTTCTTTGGGGAAAAATTATTAGGTGTTTGTGCCATTAGACAATAGTTAGGCAGTTATGTGGGATTTAATTTATTTTTCCAGTTTATTGTAATTATAGGAGACAGCTGTTTGCTTTTCAGAACAGTGAGACAGAATGGAACCAAAACATGCTCAAGTCCAATGCTTGATTATTTCAAACTGGACGGAGGAGGTTTCAATGTCTATTTTTAATTATAAATTCTCATGTATGAGTTTGCCTGCATGCATGGTAGTCATTCGCCCAAAATCATAACGAAAAATATTAATTGACATTTTTAATATTTCTTGAA

>Glyma.04g214200.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g214200 ID=Glyma.04g214200.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATATACTATTACAGTGTAATATCCTTCATTTCTGTCCTATATACAAAAAGCTACTGGTAGATTACTAGACCAGTAGTTATAGGACTCTACaaaatctttctccaaccctctaagccatgaccatactagaaatattgcgtcttccaacagcttacttccattaaaaggctcatttaggaaaacatttcgatttctgtgctgccaaatagaccaggtaagggccacccaccagcacttccatctagaatactgctttcctccatttatgccaattggttgctgcatgaagtgttgtcttggattaacagaaaaagctcccatggtttgagtccaggaaagggattcccaccataagggctgtgtctttgggcaatcaaaaaacagAGAACGTTGCTTTTGTCAAAGAGAAGCATTACGATTTTGGCAAGTGAGATGAGTGGAAGTGGCAAAAAGCGCTCTTCAAAGTGGGATTTGAGAGACGATCCTGATTTTTCACCTGATGATAGTCAGCAATTGCGGTCTGGGTGGTCCTCTGCAGGTGATAAATTAAAGCCTGGTATGGGATTTTCATCCAAGGAACCTTTTTCTGGAGGCAGAGGTTCAAATAAGGACGATATTATGAATAAAGACTATAGAGTTTTGGATGCAACAATGGAATGGGATGAGGATGGAAGTTACAACAATGAAATGTCTCCTGGGTTGGAGGGATGGAAACATAATAAGAGACATAGTCAATCCCCCAAAAATGGTTGGAGCAGGTCAGTCAGGAGTAGTCGAAGCAGGAGCCCTCCTCATGGTTTTAGGTGGGATTCAGGAGTCAATGACAGAAATAGAATGCGGGCTGGAGGATCGACACAACCATGTAGAGATTTTGCTGCTGGTAAATGCAGAAGAGGCAGCCACTGCCATTTTCTTCATGATAATCAAAATCATGAGGATAGTTGGGAAGATAAGTACAGGGAAGATGGAGCTCCCAGATATTCTGCTCCCCACGAGGGTAGAGACTATTCTCTTAAGAGTGGTAGATCTAATGAAGCCTGTATTAATTTTCCAAAAGGAAGGTGTAGAATGGGAGCATCATGCAAGTTTGTGCATCATAACAATTCTGATGGACACAGTAAAGTTTCTGTGGATGAATTAGCTAGAGAGAGGGAAATTGATAGAAGGCACAGAGACAGTTCTTTTGAGCAGGGTGGAGGGCATGGGCCAAACCGTAGTGGTGATACTCTTTGCAAATTTTTTGCTAATGGACATTGTCGTAATGGTAAATATTGTAGGTTTTCTCATGATAGGCAAGCATGTAGAAGCCCTAATAGAAGATCAAGAGATGATAGGTGGGCAAGCAATCCTGGAGGAGATTATCATATGCTGGATAGACCGAAATTGAGTGATTCAGTTAGTCCTAATAGAAGGCCAAGGGATGATAGGTGGGGTTCAGATGGTAACAGGGCTGATGCAGATAAAGTTTGGGACAGTCCAAAGCGGAATGATACAGTTGCTGTCTCTGATACAGCAAAGCTGGTTGAGGACAAAAGTGAAAATGTGGTTGCCGCAGAGCAAGGATTCACCCCTTTGGCTACGAGGGATGGATGGGGTCATAGTTTGGATAAGAGCAGAGTGCATGGTGAACAACCATTTTCTAGTGATAAGAAGGAAGCTGACAGTTGGATAACAGGAAATAATGCTGCCAACATGCATGGTTCCCAGTCAATAGGTACAGACATTTGGTTGGGTGATGATGCAAAAATGTCTCCAGATTGGGATTACAGGGTGAGATCTTCCAGCTGTATTGAAGAAAAGCATGAACAGAATAAGCATGGGATAACGCAGGGTTTTATGTATTTAGACACCTCTGAACATGACAGAATACAAATTGCTCCAGGACAAGGTTTTAATCAGAATGCAGTGAGTTTTAATTCTTTGCATTCTTCAAGCTGCCAAGCAGTTGGACAAAGTCAAGTAGCAGTTCCCATTCTACCTTCAAAGGGTGGAATTGTTGATGGTATGCTGAAACAGGAAGTCTCCACTGAGAAAAAGTACACTGCTGAACCAAATATCATGGATGCTGGCTTATCACAAGTTAGTTCAAGAAATCCTCCTCCAACCGCGAACGTGGTAGGCAAAGAACAGCTTGCTCAGCTTACCAATCTCTCAGCCTCGCTGGCTCATATCCTCGGGACAGGGCAACAGCTGCCACAACTTTATGCTGCTTTAAATTCTCATGATGCAAAGGACATATCCTCCCTAGCAAAAACTGAGGTGCCTGCTATGCCTGTTTCCAACACATTCATCAGGCCAGATCCTACTGTTGGACTCCTGAAGCAATATGATCCAATGTGTGACAGTGTTGAGCCAAAGGGTGCTGTTGCAAGTGGGGTACCCCCAGCCATTCCTCCAAGTCAAAAAGTTGCAGATGTAGTGGAAATTCCGTCACAGTCCAACACAGGAAGACAAAATTGTGGTGATTCTTCCAAGGCTGCTGGCTCAGAAGAACTTGTCAAGAGTGATCCTCTAATCCAGTTGCAGCCAGGTCAAAACACTGGGGTTAATAAGGATAATAACAAGGAAATGTTACCTGAGGAAACTCTAAAATCTAAAGATGATCCTAAAAGTACCAAAGAGAGTGGTCCTTTTGAAAACATGGAGCAAACTGATGGTCCTGATGAGGCAAAGAAAATAAAGGGTATGAAGGGGAATCGTGCATTTAAATTTGCATTGGTTGAGTTTGTTAAGGAGCTTCTAAAACCAACATGGAAAGATGGTCAAATCACCAAAGAAGATTATAAAACAATTGTGAAGAAAGTTGTTGATAAAGTAACTGGTTCCATGCAGGGGGTCAATATTCCTCAGACACAGGAGAAAATTGATCACTATTTGTCATTTTCAAAACCAAAGCTTAACAAACTTGTACAGGCGTATGTGGAAAAGGTTCAGAAGGCTTAGTGCAATTGTTGAAATTTGACTGCCAACCCTATCGTTTATATTTTACTCAGCACTGTTGTCTTCAATATGTATTCTCTTCTTTATCTCTGGATTTTTTTGTTTTGTCTTGGCCATTTGTTTGCGTACTTTAGCTCCTTTGCAGCTATTGCATACAAACAATCTGGGAGCATTTTTTGGGCCTTTAATTTTTTTTTTCTTCGTTTCTTTGGGGAAAAATTATTAGGTGTTTGTGCCATTAGACAATAGTTAGGCAGTTATGTGGGATTTAATTTATTTTTCCAGTTTATTGTAATTATAGGAGACAGCTGTTTGCTTTTCAGAACAGTGAGACAGAATGGAACCAAAACATGCTCAAGTCCAATGCTTGATTATTTCAAACTGGACGGAGGAGGTCTAGTTTCTGGTCTGTTATGGTACTGCAGATCTGTTTGCAACAGGGAGAACTAAAACAATACGCAATATTTTTAGCAGTTTGTGGGAATGTTCCTTTACCTTATGTTCTAGTAATTTGCTGTCAGCATGCTTACTTTGTAATTAGGTTTGAATGTCTCTTGTATTTAACGTAG

>Glyma.04g214200.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g214200 ID=Glyma.04g214200.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g214200.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g214200 ID=Glyma.04g214200.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g214200.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g214200 ID=Glyma.04g214200.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.04g214200
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Predicted protein sequences of Glyma.04g214200
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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