Glyma.04g074300

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.04g074300): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.04g074300

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm04
Start:	6181177
stop:	6193198
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.04g074300

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT3G49600.1	AT	ubiquitin-specific protease 26	JGI	N/A	IEA
GO:0006511	GO-bp	ubiquitin-dependent protein catabolic process	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0006511	GO-bp	ubiquitin-dependent protein catabolic process	JGI	N/A	IEA
GO:0016579	GO-bp	protein deubiquitination	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0004221	GO-mf	ubiquitin thiolesterase activity	JGI	N/A	IEA
GO:0004843	GO-mf	thiol-dependent ubiquitin-specific protease activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0036459	GO-mf	thiol-dependent ubiquitinyl hydrolase activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
KOG1863	KOG	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase	JGI	N/A	IEA
PTHR24006	Panther	FAMILY NOT NAMED	JGI	N/A	IEA
PTHR24006:SF163	Panther		JGI	N/A	IEA
PF00443	PFAM	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.04g074300

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.04g074300 not represented in the dataset	Glyma.04g074300 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Related Legume Genes

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

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Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.04g074300

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.06g075500	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.04g074300 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma04g07850	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.04g074300

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.04g074300.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.04g074300

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.04g074300.16 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g074300.16.p locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g074300.3.p locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g074300.5.p locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g074300.6.p locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.04g074300

Limit To All Plant Sequences

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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain