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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.04g074300

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm04
Start:6181177
stop:6193198
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.04g074300
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G49600.1AT ubiquitin-specific protease 26 JGI N/AIEA
GO:0006511GO-bp ubiquitin-dependent protein catabolic process EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0006511GO-bp ubiquitin-dependent protein catabolic process JGI N/AIEA
GO:0016579GO-bp protein deubiquitination EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0004221GO-mf ubiquitin thiolesterase activity JGI N/AIEA
GO:0004843GO-mf thiol-dependent ubiquitin-specific protease activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0036459GO-mf thiol-dependent ubiquitinyl hydrolase activity EnsemblGenomesN/AIEA
KOG1863 KOG Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase JGI N/AIEA
PTHR24006Panther FAMILY NOT NAMED JGI N/AIEA
PTHR24006:SF163Panther JGI N/AIEA
PF00443PFAM Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.04g074300
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Paralogs of Glyma.04g074300
ParalogEvidenceComments
Glyma.06g075500 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.04g074300 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma04g07850 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.04g074300
>Glyma.04g074300.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TCTGGCACAGGAGCTGAGTCCTCTGACTCAAAAACTTTACCCATCCATTCCCCCCTTCTTAGTTCTGAGTTCTGACATGACATTCCCATCCAAACCCAACAAAGTTCTGTCCCCTCTCTCTCTCTCAGCATCATCATCCTGAAAGAATCGCAAGTGTTTTTTTTTTTATCTTGCAGTTCAAAGCAGCTTCGTTTTTCTCCTCTCTGTCTCTCAGGGTTAGGTTGTACTTGTATTATAGAATGAGTAGACCAACAACACGGAGTAAAAATAAAAGACAGAAACAAGGGGATGATGGCAATGGCACTAGTGAAATATGGAGGAAAATTCATAATACAGGGGTGGTATCCAAGGATGACATGAATCAATTGTATATGATTTGGAAGCCAGTTTGTTCAGGCTGCCGTGTCAATACCAAAGATAACCCAAATTGCTTCTGTGCATTGGTTCCACCTCCAAATGGAGCCCGGAAGTCTGGCTTATGGCAAAAGATGTCAGATGTTGTTGAGAGTCTTGGCCATGACCCAACCAAGGATCTTCGAGCTTCTGCTGATTCTCCTGCAGGTCTCACAAATCTGGGAGCAACATGCTATGCCAACTGTATACTCCAGTGCTTGTACATGAATAAATCTTTCCGAGAAGGCATGTTTTCTGTAGAACGAGATGTTTTACAACAACACCCTGTGCTGGATCAGCTGGCTCGACTTTTTGTGCAGTTGCATATTAGTAAAATGGCTTTCATAGATTCTTCTCCATTTGTAAAAACACTGGAATTAGATAATGGAGTTCAGCAGGATAGCCATGAGTTCCTGACATTGCTTCTCTCTTTGCTTGAGCGTTGTCTGAGCCATTCCAAAGTGCCCAAGGCAACAACAATAGTTCAAGATCTTTTCCGAGGAAGTGTTTCTCATGTGACGACGTGCTCACAATGTGGAAGAGACTCTGAAGCTTCTTCCAAAATGGAAGATTTCTATGAATTGGAGTTGAATGTCAAAGGATTGAAAAGTTTAGATGAGAGCCTAGATGAATATCTCACTGCTGAAGAGCTTAATGGGGACAATCAATATTTTTGTGAGTCGTGTAAAACAAGAGTTGATGCTACTCGCAGCATCAAGCTGTGTACATTACCCAAAGTACTTAATTTTCAGCTTAAACGTTATGTCTTCCTTCCTAAGACTACAACAAAGAAGAAAGTTACTTCTGCATTTTCATTTCCTGCTGAACTTGATATGCGGCATAGAATGTCTGAGTTGTCTCAGTTCAACTTGGTATATGACTTGTCAGCTGTACTGATTCACAAGGGAACTGGTGCTAATAGTGGCCATTACATTGCTCACATCAAGGATGTAAACACTGGGCAATGGTGGGAATTTGATGATGAGCATGTTACTAATTTGGGTTTTCATCCATTTGGTGAAGAGTCTTCAAGTTCTACTACTAAATCCATCAAGACTGATGCAATTCATTCTGATAATTCTGAAGCAATGGTAGCTGACAGTAATGGAAATGGTTTAAATGCTACTCATTCACTATCTTCACAAGTGGAGACATTTTTGTCTAGTGATGCGTACATGTTGATGTACCATCTTAAACAAACAAAAAATGTTGGTGAAAGTGGGGGTGTAATTTGTGGTGCTAACCATAAAGAAAGCGAGGGTGTTGTAGTTGCTGTGCAAAATGGTGTTCCTCTTCCATCTCATATTTATGATGAGATTCAAAGTTTCAATGCCTCATATGATGATGCTTGTCGGCGGTACAATAATAGGAAAGAGTTAGAATTGAGTCTTATTAGTGAGAGAAGACAGGAAGTTCGATCTGTTTTAGCTGAAGCTCCTGTTCAACCATTGGAGCAGCCATTTTATTGGATTTCTAGTGAATGGCTTCGTCAATGGGCAGACAACATTATTCCAATTCCTCTTGACAACACGCCGGTCCAATGCTCACATGGGAAAGTCCCAGTTTCAAAGGTTACCTCAATGAAGCGGTTGTCTGCTAAAGCATGGGATACATTGTTCTCCAAGTATGGTGGAGGACCAGCATTGTCTCATGATAACCACTGTCGGGATTGCCTGATTCATGGGGCTATGACAGTGGTGTCAGCTGACACCTATCGGGATAGAAGAGAATCAATGAAGTCACTTGCACGGGATATTCTAGATGGAAACTGCCTAGATGGAAAGTATTACATATCCAGACCATGGTTGCAGCAGTGGTGGAAAAGAAAAGTCCTTGATGCTCCATCTGAAGCTGATGCTGGACCAACAGCAGCCATTAGTTGTCCACATGGTCAATTGATGCCAGAGCAAGCTCCTGGTGCTAAGCGGGTGCTTATTCCTGAGATCTTTTGGCTCTTCTTATATGAAGATGCTGTTTCTGTAAAGCCTGATGATCCTTTGGGTGGCCCAACTTTTTCTTCAGATTCTGATGAGTGTTCCCAATGCAGTAATGAATTATCTGAAGTAGCATGCTTGGAGGACTCCTTGAGATTAGTTAAACAAAAACAACGTCAGAATCATGAGAAATTATTCCAGGCTAAAAGTTTGCAACTTTCTCTGCACAGCAAGTATTTCTTGGTGCCTTTGTCATGGATTTCAAAATGGAGAAATTACATTAGTCCAACCCTGAAGAATTCAGATAAACCTGAAACCTTAGATGGGGTAATTGACTCACTGTTGTGTGAAAAGCACTCACGGCTAATTGAAAGACCTCCTGAATTGGTTTTCAGACGTGGTGCTATAATCCAGAGGGAATCTTCTGCAGGTGGCTTAACCATTGTATCTGAGAATGATTGGAAATGCTTCTGTGAAGAATGGGGCGGTATTGAGACCAAAGGAATATCAGCAACAATTGATCATGTTAATGATTCAGAGAATGTATTGACTGGATCCAGTGAAGAGATGCAAGTATGCAAGGATCAGTTGAGCACAGCAGATAAAATGAATTTTGAAAATGGGACTGGACAAAATTTAATTAAGACTTGTCCTGAGGTTTGTGAAAGTTGCATCGGAGAAAGGGAGAGCTGTGAGCTAATGCAGAAGCTTAACTATTGCAATGAGGACATATGTGTAATTCTTGTTCGTGGTAAGGAGGTACCCAGATCAATATTGGAGGCTTCAAAGGGATTCGTTGAAACAGATCGGCGAGTTTCAAAACGTTCCCGCAAGTCTAAAAATGGGAATTCAATTAGTCTAAAAGTTTCTGCTTCAACATCTTTATATCAGCTGAAAATGATGATATGGGAATCCTTTGGGGTTGTCAAGGAAAACCAGATACTACATAAAGGTGATAGGATAATTGTTGGCGATGATGAATGTGCTACCCTCGCAGATGTGAACATATTTGCTGGAGATCAGATTATAGTGAGGGACTCTGAGATCCATGAAAATCGAGATATTGCTGATGAGCTTTGTGATGATAAAATGGATCTGCAGCATACCGAGGAAGGGTTCCGGGGAACACTTCTCACAGCAAATGTTTCATCCCAGTTGCAGGGGTATTGAACTGTTAAAAAGTTTCTAAATACAATGTTTATGACTTCATGAATTATAGGAGCCTCCACCGAACCATGAATCCCAGCCAGAATCTACTGGATCTTAAACTCCTGCTATAACATGATCACTAGCAATGGAAGCAGTAGATCAGGACCGGATTCAGCGCTTGAAATGACACTGCACAACCACATCGCCCATCTAATTTAGATGATGTGAAGTAACCAAAGACCCTTTGTATGCGATAAGCTTAAGAAAATTGTGTATTTTTGCTTTTTGCAGACAGTCGAGTATCCACGATTGCTTTAAATTTTATCCAATTCTTCTTGCATCATCATATTCATCTTGTTGTAATTATAACCAGGTGTTAGTGAACATTTGTGAGAAAAGTATAAATGTTATTGAGTGAAAAGTACGTCGAGTCATTTGTAGAAGTTTAAGTGATCTAG

>Glyma.04g074300.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TCTGGCACAGGAGCTGAGTCCTCTGACTCAAAAACTTTACCCATCCATTCCCCCCTTCTTAGTTCTGAGTTCTGACATGACATTCCCATCCAAACCCAACAAAGTTCTGTCCCCTCTCTCTCTCTCAGCATCATCATCCTGAAAGTTCAAAGCAGCTTCGTTTTTCTCCTCTCTGTCTCTCAGGGTTAGGTTGTACTTGTATTATAGAATGAGTAGACCAACAACACGGAGTAAAAATAAAAGACAGAAACAAGGGGATGATGGCAATGGCACTAGTGAAATATGGAGGAAAATTCATAATACAGGGGTGGTATCCAAGGATGACATGAATCAATTGTATATGATTTGGAAGCCAGTTTGTTCAGGCTGCCGTGTCAATACCAAAGATAACCCAAATTGCTTCTGTGCATTGGTTCCACCTCCAAATGGAGCCCGGAAGTCTGGCTTATGGCAAAAGATGTCAGATGTTGTTGAGAGTCTTGGCCATGACCCAACCAAGGATCTTCGAGCTTCTGCTGATTCTCCTGCAGGTCTCACAAATCTGGGAGCAACATGCTATGCCAACTGTATACTCCAGTGCTTGTACATGAATAAATCTTTCCGAGAAGGCATGTTTTCTGTAGAACGAGATGTTTTACAACAACACCCTGTGCTGGATCAGCTGGCTCGACTTTTTGTGCAGTTGCATATTAGTAAAATGGCTTTCATAGATTCTTCTCCATTTGTAAAAACACTGGAATTAGATAATGGAGTTCAGCAGGATAGCCATGAGTTCCTGACATTGCTTCTCTCTTTGCTTGAGCGTTGTCTGAGCCATTCCAAAGTGCCCAAGGCAACAACAATAGTTCAAGATCTTTTCCGAGGAAGTGTTTCTCATGTGACGACGTGCTCACAATGTGGAAGAGACTCTGAAGCTTCTTCCAAAATGGAAGATTTCTATGAATTGGAGTTGAATGTCAAAGGATTGAAAAGTTTAGATGAGAGCCTAGATGAATATCTCACTGCTGAAGAGCTTAATGGGGACAATCAATATTTTTGTGAGTCGTGTAAAACAAGAGTTGATGCTACTCGCAGCATCAAGCTGTGTACATTACCCAAAGTACTTAATTTTCAGCTTAAACGTTATGTCTTCCTTCCTAAGACTACAACAAAGAAGAAAGTTACTTCTGCATTTTCATTTCCTGCTGAACTTGATATGCGGCATAGAATGTCTGAGTTGTCTCAGTTCAACTTGGTATATGACTTGTCAGCTGTACTGATTCACAAGGGAACTGGTGCTAATAGTGGCCATTACATTGCTCACATCAAGGATGTAAACACTGGGCAATGGTGGGAATTTGATGATGAGCATGTTACTAATTTGGGTTTTCATCCATTTGGTGAAGAGTCTTCAAGTTCTACTACTAAATCCATCAAGACTGATGCAATTCATTCTGATAATTCTGAAGCAATGGTAGCTGACAGTAATGGAAATGGTTTAAATGCTACTCATTCACTATCTTCACAAGTGGAGACATTTTTGTCTAGTGATGCGTACATGTTGATGTACCATCTTAAACAAACAAAAAATGTTGGTGAAAGTGGGGGTGTAATTTGTGGTGCTAACCATAAAGAAAGCGAGGGTGTTGTAGTTGCTGTGCAAAATGGTGTTCCTCTTCCATCTCATATTTATGATGAGATTCAAAGTTTCAATGCCTCATATGATGATGCTTGTCGGCGGTACAATAATAGGAAAGAGTTAGAATTGAGTCTTATTAGTGAGAGAAGACAGGAAGTTCGATCTGTTTTAGCTGAAGCTCCTGTTCAACCATTGGAGCAGCCATTTTATTGGATTTCTAGTGAATGGCTTCGTCAATGGGCAGACAACATTATTCCAATTCCTCTTGACAACACGCCGGTCCAATGCTCACATGGGAAAGTCCCAGTTTCAAAGGTTACCTCAATGAAGCGGTTGTCTGCTAAAGCATGGGATACATTGTTCTCCAAGTATGGTGGAGGACCAGCATTGTCTCATGATAACCACTGTCGGGATTGCCTGATTCATGGGGCTATGACAGTGGTGTCAGCTGACACCTATCGGGATAGAAGAGAATCAATGAAGTCACTTGCACGGGATATTCTAGATGGAAACTGCCTAGATGGAAAGTATTACATATCCAGACCATGGTTGCAGCAGTGGTGGAAAAGAAAAGTCCTTGATGCTCCATCTGAAGCTGATGCTGGACCAACAGCAGCCATTAGTTGTCCACATGGTCAATTGATGCCAGAGCAAGCTCCTGGTGCTAAGCGGGTGCTTATTCCTGAGATCTTTTGGCTCTTCTTATATGAAGATGCTGTTTCTGTAAAGCCTGATGATCCTTTGGGTGGCCCAACTTTTTCTTCAGATTCTGATGAGTGTTCCCAATGCAGTAATGAATTATCTGAAGTAGCATGCTTGGAGGACTCCTTGAGATTAGTTAAACAAAAACAACGTCAGAATCATGAGAAATTATTCCAGGCTAAAAGTTTGCAACTTTCTCTGCACAGCAAGTATTTCTTGGTGCCTTTGTCATGGATTTCAAAATGGAGAAATTACATTAGTCCAACCCTGAAGAATTCAGATAAACCTGAAACCTTAGATGGGGTAATTGACTCACTGTTGTGTGAAAAGCACTCACGGCTAATTGAAAGACCTCCTGAATTGGTTTTCAGACGTGGTGCTATAATCCAGAGGGAATCTTCTGCAGGTGGCTTAACCATTGTATCTGAGAATGATTGGAAATGCTTCTGTGAAGAATGGGGCGGTATTGAGACCAAAGGAATATCAGCAACAATTGATCATGTTAATGATTCAGAGAATGTATTGACTGGATCCAGTGAAGAGATGCAAGTATGCAAGGATCAGTTGAGCACAGCAGATAAAATGAATTTTGAAAATGGGACTGGACAAAATTTAATTAAGACTTGTCCTGAGGTTTGTGAAAGTTGCATCGGAGAAAGGGAGAGCTGTGAGCTAATGCAGAAGCTTAACTATTGCAATGAGGACATATGTGTAATTCTTGTTCGTGGTAAGGAGGTACCCAGATCAATATTGGAGGCTTCAAAGGGATTCGTTGAAACAGATCGGCGAGTTTCAAAACGTTCCCGCAAGTCTAAAAATGGGAATTCAATTAGTCTAAAAGTTTCTGCTTCAACATCTTTATATCAGCTGAAAATGATGATATGGGAATCCTTTGGGGTTGTCAAGGAAAACCAGATACTACATAAAGGTGATAGGATAATTGTTGGCGATGATGAATGTGCTACCCTCGCAGATGTGAACATATTTGCTGGAGATCAGATTATAGTGAGGGACTCTGAGATCCATGAAAATCGAGATATTGCTGATGAGCTTTGTGATGATAAAATGGATCTGCAGCATACCGAGGAAGGGTTCCGGGGAACACTTCTCACAGCAAATGTTTCATCCCAGTTGCAGGGGTATTGAACTGTTAAAAAGTTTCTAAATACAATGTTTATGACTTCATGAATTATAGGAGCCTCCACCGAACCATGAATCCCAGCCAGAATCTACTGGATCTTAAACTCCTGCTATAACATGATCACTAGCAATGGAAGCAGTAGATCAGGACCGGATTCAGCGCTTGAAATGACACTGCACAACCACATCGCCCATCTAATTTAGATGATGTGAAGTAACCAAAGACCCTTTGTATGCGATAAGCTTAAGAAAATTGTGTATTTTTGCTTTTTGCAGACAGTCGAGTATCCACGATTGCTTTAAATTTTATCCAATTCTTCTTGCATCATCATATTCATCTTGTTGTAATTATAACCAGGTGTTAGTGAACATTTGTGAGAAAAGTATAAATGTTATTGAGTGAAAAGTACGTCGAGTCATTTGTAGAAGTTTAAGTGATCTAG

>Glyma.04g074300.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.04g074300
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>Glyma.04g074300.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g074300.2.p locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g074300.3.p locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g074300.5.p locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g074300.6.p locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g074300.7.p locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.04g074300
>Glyma.04g074300.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g074300.1 locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g074300.10 locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g074300.11 locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.12.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g074300.12 locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g074300.13.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g074300.13 locus=Glyma.04g074300 ID=Glyma.04g074300.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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