Report for Sequence Feature Glyma.04g053300
Feature Type: gene_model
Chromosome: Gm04
Start: 4339608
stop: 4346200
Source: JGI
Version: Wm82.a2.v1
High confidence: yes
A previous version of this gene model can be found here:
Annotations for Glyma.04g053300
Expression Patterns of Glyma.04g053300
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
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Related Legume Genes
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS .
Gene information in GlycineMine developed by LIS .
Related Plant Genes
Gene families from PhyloGenes .
Paralogs of Glyma.04g053300
Paralog Evidence Comments
Glyma.06g053800 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.
Gene model name correspondences to Glyma.04g053300 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding Name Annotation Version Evidence Comments
Glyma04g05620 Wm82.a1.v1.1 IGC As supplied by JGI
Transcripts of Glyma.04g053300
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.04g053300.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g053300 ID=Glyma.04g053300.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g053300.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g053300 ID=Glyma.04g053300.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ACAATCTCTATAAATAGTAGTAAATACCCACCCAACCTCAGATTTGACTCTCAACTTGTTTCGTTCCGTGTGAATTTGTGCAAACACAATAAACAGATGGATCAGTTCAAAGGACAGCCTCGCCTTCCGAAATTCGTCGTTCCGAAACGCTATGACATTAGGCTCAAGCCCGACCTCGTCGCGCACCGTTTTGCAGGTTCCGTCGCCGTCAACCTCGACATCGTCGCCGCCACCTCTTTCATCGTTCTCAATGCCGCCGAACTCGACGTTAGCAACGACGCCGTTTCATTCACCAACCAAGATTCCTCCAAGGTTATTAAACCTTCTCGAGTTGAGTTGTTTGAAAATGATGAGATTCTGGTTTTGGAGTTCCCAGAGGAATTACCTATTGGCTTCGGTGTCTTGTCCATTCGCTTTGAAGGAATCTTGAATGATAGAATGAAAGGCTTCTACCGAAGTACCTATGAGCACAATGGTGAGAAGAAGACTATGGCAGTTACACAGTTTGAACCAGCTGATGCCAGGCGATGCTTTCCTTGTTGGGATGAACCTGCTTGCAAGGCTACTTTCAAGATCACATTGGATGTGCCTTCAGAGCTCGTTGCTCTTTCCAACATGCCAATTGTTGAAGAAATAACAGACGGAGATCTGAAAACAGTCTCGTATCAAGAATCACCAATTATGTCTACATATTTGGTTGCGGTTGTTGTTGGTTTATTTGATTATGTGGAAGATCATACCTCAGATGGGGTCAAAGTCCGGGTGTATTGTCAAGTTGGTAAGGCAAACCAGGGGAAATTTGCACTTGATGTAGCTGTGAAAACTTTGGAACTATACAAGGGTTACTTTGCCACTCCCTACTCGCTGCCAAAATTGGATATGATTGCAATCCCTGATTTCGCTGCTGGAGCCATGGAGAACTATGGTTTAGTTACATATCGGGAGACTGCTTTGCTATATGATGACCAGCATTCTGCTGCTGCAAATAAACAGAGGGTTGCAACTGTAGTAGCTCATGAACTAGCACACCAGTGGTTTGGCAACCTTGTTACAATGGAGTGGTGGACACATTTGTGGCTGAATGAGGGGTTTGCAACATGGGTGAGCTATTTAGCCACTGATAGCTGTTTTCCTGAGTGGAAAATATGGTCTCAATTTCTTCATGAATCTACTGAGGGTCTTAAGCTGGATGGACTTGCGGAGTCCCACCCAATTGAGGTAGAGATCAATCATGCTTGTGAGATTGATGAAATATTTGATGCAATAAGTTATAGAAAAGGTGCATCTGTAATTAGGATGCTGCAAAGCTATCTTGGTGCCGAATGCTTTCAGAGGTCGCTGGCTTCATATATAAAAAGACATGCTTGCTCAAATGCTAAGACTGAGGATCTATGGGCTGCACTTGAGGAAGGATCTGGTGAACCTGTGAACAAGTTAATGACCTCATGGACAAAGCAGAAGGGATATCCTGTTGTATCTGTTAAAGTCAATGATCAGAAATTGGAATTTAATCAGTCGCAATTCTTGTCAAGCGGTGCTCAAGGAGAAGGCCATTGGATTGTTCCAATAACATTATGCTTTGGCTCTTATGATGTCCACAAGAGTTTCCTCTTGCAATCAAAATCTGAAACACATGATGTCAAAGATTTCCTTGGTTCCACACACAAAGGTTTAAATTGTTGGATTAAACTTAATGTGGATCAGGCTGGTTTCTACAGGGTGAAGTATGATGAGCTGCTTGCTGCTAGACTTAGATATGCAGTAGAGAAACAACTCTTATCTGCATCAGACCGATTTGGCATTTTGGATGATTCATTTGCACTTTGTATGGCTCGCCAGGAATCATTGACCTCCTTGATTAACTTGATGGGATCTTACAGGGAGGAAGTTGATTATACCGTGTTGTCTAACCTGATAACTATAAGTCTTAAAGTTCAACGTATTGCAGCTGATGCAGTACCAGACTTACTAGAATATTTCAAGCAGTTCTTTATTAACCTTTTTCAGTACTCTGCTGAGAGGCTTGGTTGGGAGCCTAAACCAGGAGAGAGTCATGTAGATGCAATGTTGAGAGGAGAAATTTTGACTGCCCTTGCTATGTTTGGTCACGATTTAACACTGGATGAAGCAAGCAAGCGTTTTCAGGCATTCTTAGAAAACAGAAATACACCACTTCTTCCACCTGATATAAGAAAGGCGGCATATGTAGCTGTAATGCAACGGGCAAGCAAATCTAACAGATCGGGTTATGAATCCCTTTTGAAAGTATATAAGGAAGCTGACCTAAGTCAGGAGAAAACGCGTATTCTGGGCTCTCTGGCATCTTCACGTGATCCAGATCTAATTCTTGAAGCTCTAAACTTCATGTTGTCATCTGAGGTTCGTAGTCAGGATGCTGTTTTTGGACTTGCTGTTACCCGGGAAGGACGAGATGTAGCTTGGGCATGGCTTAAGGAAAATTGGGAACACCTCATAAAAACATATGGTTCAGGATTTTTGATAACTCGGTTTGTCGGTGCAGTTGTCTCACCGTTTGCTTCCTTTGAGAAGGCCAAGGAGGTAGAGGAATTCTTTGCTACCCACGCTATGCCATCCATTGCTAGAACGTTAAGGCAGAGCCTTGAGCGGGTCAATATCAATGCAAATTGGGTTCAGAGTGTTCAGAACGAAAATAGGCTTGGTGATGCTATGAAGGAATTGGCATACAGAGTTTACTAGGCTCTTGTCTAGAGCGCTTTTCCATAAATAAAAAAAAGAAGTGTGGTGTCGTGCGATTTTGGTTTGAGATGACAAAAATACCCTCACTCTTGGATATTTGCGGACAAAATTTCGTAACGGATAGAAGATAAATACTTAAATGAGTGTTCATGGATGATGAAGACAAATATTAGAGTACTTGTTTCGTACATATTCATTATAATAAAATTACATAAATGTCTTTGTTTAACTAAGGACTTGTGAGATTTAAGTATGTATCTTATTAACTTTGGTTTACACTTATGAAATTGAATTATTTAGTTTTGTGGTCCATAATC
>Glyma.04g053300.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g053300 ID=Glyma.04g053300.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AGATTTGACTCTCAACTTGTTTCGTTCCGTGTGAATTTGTGCAAACACAATAAACAGATGGATCAGTTCAAAGGACAGCCTCGCCTTCCGAAATTCGTCGTTCCGAAACGCTATGACATTAGGCTCAAGCCCGACCTCGTCGCGCACCGTTTTGCAGGTTCCGTCGCCGTCAACCTCGACATCGTCGCCGCCACCTCTTTCATCGTTCTCAATGCCGCCGAACTCGACGTTAGCAACGACGCCGTTTCATTCACCAACCAAGATTCCTCCAAGGTTATTAAACCTTCTCGAGTTGAGTTGTTTGAAAATGATGAGATTCTGGTTTTGGAGTTCCCAGAGGAATTACCTATTGGCTTCGGTGTCTTGTCCATTCGCTTTGAAGGAATCTTGAATGATAGAATGAAAGGCTTCTACCGAAGTACCTATGAGCACAATGGTGAGAAGAAGACTATGGCAGTTACACAGTTTGAACCAGCTGATGCCAGGCGATGCTTTCCTTGTTGGGATGAACCTGCTTGCAAGGCTACTTTCAAGATCACATTGGATGTGCCTTCAGAGCTCGTTGCTCTTTCCAACATGCCAATTGTTGAAGAAATAACAGACGGAGATCTGAAAACAGTCTCGTATCAAGAATCACCAATTATGTCTACATATTTGGTTGCGGTTGTTGTTGGTTTATTTGATTATGTGGAAGATCATACCTCAGATGGGGTCAAAGTCCGGGTGTATTGTCAAGTTGGTAAGGCAAACCAGGGGAAATTTGCACTTGATGTAGCTGTGAAAACTTTGGAACTATACAAGGGTTACTTTGCCACTCCCTACTCGCTGCCAAAATTGGATATGATTGCAATCCCTGATTTCGCTGCTGGAGCCATGGAGAACTATGGTTTAGTTACATATCGGGAGACTGCTTTGCTATATGATGACCAGCATTCTGCTGCTGCAAATAAACAGAGGGTTGCAACTGTAGTAGCTCATGAACTAGCACACCAGTGGTTTGGCAACCTTGTTACAATGGAGTGGTGGACACATTTGTGGCTGAATGAGGGGTTTGCAACATGGGTGAGCTATTTAGCCACTGATAGCTGTTTTCCTGAGTGGAAAATATGGTCTCAATTTCTTCATGAATCTACTGAGGGTCTTAAGCTGGATGGACTTGCGGAGTCCCACCCAATTGAGGTAGAGATCAATCATGCTTGTGAGATTGATGAAATATTTGATGCAATAAGTTATAGAAAAGGTGCATCTGTAATTAGGATGCTGCAAAGCTATCTTGGTGCCGAATGCTTTCAGAGGTCGCTGGCTTCATATATAAAAAGACATGCTTGCTCAAATGCTAAGACTGAGGATCTATGGGCTGCACTTGAGGAAGGATCTGGTGAACCTGTGAACAAGTTAATGACCTCATGGACAAAGCAGAAGGGATATCCTGTTGTATCTGTTAAAGTCAATGATCAGAAATTGGAATTTAATCAGTCGCAATTCTTGTCAAGCGGTGCTCAAGGAGAAGGCCATTGGATTGTTCCAATAACATTATGCTTTGGCTCTTATGATGTCCACAAGAGTTTCCTCTTGCAATCAAAATCTGAAACACATGATGTCAAAGATTTCCTTGGTTCCACACACAAAGGTTTAAATTGTTGGATTAAACTTAATGTGGATCAGGCTGGTTTCTACAGGGTGAAGTATGATGAGCTGCTTGCTGCTAGACTTAGATATGCAGTAGAGAAACAACTCTTATCTGCATCAGACCGATTTGGCATTTTGGATGATTCATTTGCACTTTGTATGGCTCGCCAGGAATCATTGACCTCCTTGATTAACTTGATGGGATCTTACAGGGAGGAAGTTGATTATACCGTGTTGTCTAACCTGATAACTGTAATGTTATTTTTCAAATCTTGTTCATTCATTACTTGGGTTATATATGTTGGACATAATTCCAATTCTTTTGTTTGGCAGATAAGTCTTAAAGTTCAACGTATTGCAGCTGATGCAGTACCAGACTTACTAGAATATTTCAAGCAGTTCTTTATTAACCTTTTTCAGTACTCTGCTGAGAGGCTTGGTTGGGAGCCTAAACCAGGAGAGAGTCATGTAGATGCAATGTTGAGAGGAGAAATTTTGACTGCCCTTGCTATGTTTGGTCACGATTTAACACTGGATGAAGCAAGCAAGCGTTTTCAGGCATTCTTAGAAAACAGAAATACACCACTTCTTCCACCTGATATAAGAAAGGCGGCATATGTAGCTGTAATGCAACGGGCAAGCAAATCTAACAGATCGGGTTATGAATCCCTTTTGAAAGTATATAAGGAAGCTGACCTAAGTCAGGAGAAAACGCGTATTCTGGGCTCTCTGGCATCTTCACGTGATCCAGATCTAATTCTTGAAGCTCTAAACTTCATGTTGTCATCTGAGGTAACCTTTCTTCAGATATTTTATAAGTCAGAATGCACATACATACATTATTAGCATATTATTTTTTTATTTATGCATAATGGATATTCATATGTTGTTAACTTGCTATATATTGTTAAGGTTCGTAGTCAGGATGCTGTTTTTGGACTTGCTGTTACCCGGGAAGGACGAGATGTAGCTTGGGCATGGCTTAAGGAAAATTGGGAACACCTCATAAAAACATATGGTTCAGGATTTTTGATAACTCGGTTTGTCGGTGCAGTTGTCTCACCGTTTGCTTCCTTTGAGAAGGCCAAGGAGGTAGAGGAATTCTTTGCTACCCACGCTATGCCATCCATTGCTAGAACGTTAAGGCAGAGCCTTGAGCGGGTCAATATCAATGCAAATTGGGTTCAGAGTGTTCAGAACGAAAATAGGCTTGGTGATGCTATGAAGGAATTGGCATACAGAGTTTACTAGGCTCTTGTCTAGAGCGCTTTTCCATAAATAAAAAAAAGAAGTGTGGTGGTAATTTCAACTTTCTTCTGTCTGTCAATGTTACCGTCTTTTGCTAAGCATGGACCTTGCCAGTTGCCTGACATGGGAATAATGTTTTGTGTGCCCTTTTTAAATCTGCAGTCGTGCGATTTTGGTTTGAGATGACAAAAATACCCTCACTCTTGGATATTTGCGGACAAAATTTCGTAACGGATAGAAGATAAATACTTAAATGAGTGTTCATGGATGATGAAGACAAATATTAGAGTACTTGTTTCGTACATATTCATTATAATAAAATTACATAAATGTCTTTGTTTAACTAAGGACTTGTGAGATTTAAGTATGTATCTTATTAACTTTGGTTTACACTTATGAAATTGAATTATTTAGTTTTGTGGTCCATAATC
Coding sequences of Glyma.04g053300
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.04g053300.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g053300.1.p locus=Glyma.04g053300 ID=Glyma.04g053300.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGATCAGTTCAAAGGACAGCCTCGCCTTCCGAAATTCGTCGTTCCGAAACGCTATGACATTAGGCTCAAGCCCGACCTCGTCGCGCACCGTTTTGCAGGTTCCGTCGCCGTCAACCTCGACATCGTCGCCGCCACCTCTTTCATCGTTCTCAATGCCGCCGAACTCGACGTTAGCAACGACGCCGTTTCATTCACCAACCAAGATTCCTCCAAGGTTATTAAACCTTCTCGAGTTGAGTTGTTTGAAAATGATGAGATTCTGGTTTTGGAGTTCCCAGAGGAATTACCTATTGGCTTCGGTGTCTTGTCCATTCGCTTTGAAGGAATCTTGAATGATAGAATGAAAGGCTTCTACCGAAGTACCTATGAGCACAATGGTGAGAAGAAGACTATGGCAGTTACACAGTTTGAACCAGCTGATGCCAGGCGATGCTTTCCTTGTTGGGATGAACCTGCTTGCAAGGCTACTTTCAAGATCACATTGGATGTGCCTTCAGAGCTCGTTGCTCTTTCCAACATGCCAATTGTTGAAGAAATAACAGACGGAGATCTGAAAACAGTCTCGTATCAAGAATCACCAATTATGTCTACATATTTGGTTGCGGTTGTTGTTGGTTTATTTGATTATGTGGAAGATCATACCTCAGATGGGGTCAAAGTCCGGGTGTATTGTCAAGTTGGTAAGGCAAACCAGGGGAAATTTGCACTTGATGTAGCTGTGAAAACTTTGGAACTATACAAGGGTTACTTTGCCACTCCCTACTCGCTGCCAAAATTGGATATGATTGCAATCCCTGATTTCGCTGCTGGAGCCATGGAGAACTATGGTTTAGTTACATATCGGGAGACTGCTTTGCTATATGATGACCAGCATTCTGCTGCTGCAAATAAACAGAGGGTTGCAACTGTAGTAGCTCATGAACTAGCACACCAGTGGTTTGGCAACCTTGTTACAATGGAGTGGTGGACACATTTGTGGCTGAATGAGGGGTTTGCAACATGGGTGAGCTATTTAGCCACTGATAGCTGTTTTCCTGAGTGGAAAATATGGTCTCAATTTCTTCATGAATCTACTGAGGGTCTTAAGCTGGATGGACTTGCGGAGTCCCACCCAATTGAGGTAGAGATCAATCATGCTTGTGAGATTGATGAAATATTTGATGCAATAAGTTATAGAAAAGGTGCATCTGTAATTAGGATGCTGCAAAGCTATCTTGGTGCCGAATGCTTTCAGAGGTCGCTGGCTTCATATATAAAAAGACATGCTTGCTCAAATGCTAAGACTGAGGATCTATGGGCTGCACTTGAGGAAGGATCTGGTGAACCTGTGAACAAGTTAATGACCTCATGGACAAAGCAGAAGGGATATCCTGTTGTATCTGTTAAAGTCAATGATCAGAAATTGGAATTTAATCAGTCGCAATTCTTGTCAAGCGGTGCTCAAGGAGAAGGCCATTGGATTGTTCCAATAACATTATGCTTTGGCTCTTATGATGTCCACAAGAGTTTCCTCTTGCAATCAAAATCTGAAACACATGATGTCAAAGATTTCCTTGGTTCCACACACAAAGGTTTAAATTGTTGGATTAAACTTAATGTGGATCAGGCTGGTTTCTACAGGGTGAAGTATGATGAGCTGCTTGCTGCTAGACTTAGATATGCAGTAGAGAAACAACTCTTATCTGCATCAGACCGATTTGGCATTTTGGATGATTCATTTGCACTTTGTATGGCTCGCCAGGAATCATTGACCTCCTTGATTAACTTGATGGGATCTTACAGGGAGGAAGTTGATTATACCGTGTTGTCTAACCTGATAACTGTAATGTTATTTTTCAAATCTTGTTCATTCATTACTTGGGTTATATATGTTGGACATAATTCCAATTCTTTTGTTTGGCAGATAAGTCTTAAAGTTCAACGTATTGCAGCTGATGCAGTACCAGACTTACTAGAATATTTCAAGCAGTTCTTTATTAACCTTTTTCAGTACTCTGCTGAGAGGCTTGGTTGGGAGCCTAAACCAGGAGAGAGTCATGTAGATGCAATGTTGAGAGGAGAAATTTTGACTGCCCTTGCTATGTTTGGTCACGATTTAACACTGGATGAAGCAAGCAAGCGTTTTCAGGCATTCTTAGAAAACAGAAATACACCACTTCTTCCACCTGATATAAGAAAGGCGGCATATGTAGCTGTAATGCAACGGGCAAGCAAATCTAACAGATCGGGTTATGAATCCCTTTTGAAAGTATATAAGGAAGCTGACCTAAGTCAGGAGAAAACGCGTATTCTGGGCTCTCTGGCATCTTCACGTGATCCAGATCTAATTCTTGAAGCTCTAAACTTCATGTTGTCATCTGAGGTTCGTAGTCAGGATGCTGTTTTTGGACTTGCTGTTACCCGGGAAGGACGAGATGTAGCTTGGGCATGGCTTAAGGAAAATTGGGAACACCTCATAAAAACATATGGTTCAGGATTTTTGATAACTCGGTTTGTCGGTGCAGTTGTCTCACCGTTTGCTTCCTTTGAGAAGGCCAAGGAGGTAGAGGAATTCTTTGCTACCCACGCTATGCCATCCATTGCTAGAACGTTAAGGCAGAGCCTTGAGCGGGTCAATATCAATGCAAATTGGGTTCAGAGTGTTCAGAACGAAAATAGGCTTGGTGATGCTATGAAGGAATTGGCATACAGAGTTTACTAG
>Glyma.04g053300.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g053300.2.p locus=Glyma.04g053300 ID=Glyma.04g053300.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g053300.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g053300.3.p locus=Glyma.04g053300 ID=Glyma.04g053300.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.04g053300
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NR Limit To All Plant Sequences
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>Glyma.04g053300.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g053300.4 locus=Glyma.04g053300 ID=Glyma.04g053300.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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