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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.04g046100

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm04
Start:3685153
stop:3691012
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.04g046100
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT5G22370.1AT P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein JGI N/AIEA
GO:0044376GO-bp obsolete RNA polymerase II complex import to nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:1990022GO-bp obsolete RNA polymerase III complex import into nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005737GO-cc cytoplasm EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000166GO-mf nucleotide binding JGI N/AIEA
GO:0003924GO-mf GTPase activity EnsemblGenomesN/AIEA
KOG1533 KOG Predicted GTPase JGI N/AIEA
PTHR21231Panther XPA-BINDING PROTEIN 1-RELATED JGI N/AIEA
PTHR21231:SF3Panther GPN-LOOP GTPASE 2 JGI N/AIEA
PF03029PFAM Conserved hypothetical ATP binding protein JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.04g046100
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.04g046100
ParalogEvidenceComments
Glyma.06g046900 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.04g046100 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma04g04870 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.04g046100
>Glyma.04g046100.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.04g046100
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>Glyma.04g046100.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g046100.2.p locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g046100.5.p locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g046100.6.p locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g046100.7.p locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.04g046100.8.p locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.04g046100
>Glyma.04g046100.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g046100.1 locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g046100.2 locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g046100.3 locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g046100.4 locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g046100.5 locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.6.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g046100.6 locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.7.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g046100.7 locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g046100.8.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g046100.8 locus=Glyma.04g046100 ID=Glyma.04g046100.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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