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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.03g264400): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

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Report for Sequence Feature Glyma.03g264400

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm03
Start:45717027
stop:45730979
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.03g264400
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G72560.1AT ARM repeat superfamily protein JGI N/AIEA
GO:0071528GO-bp tRNA re-export from nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005634GO-cc nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005643GO-cc nuclear pore EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005737GO-cc cytoplasm EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016363GO-cc nuclear matrix EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000049GO-mf tRNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005488GO-mf binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0008536GO-mf Ran GTPase binding EnsemblGenomesN/AIEA
KOG2021 KOG Nuclear mRNA export factor receptor LOS1/Exportin-t (importin beta superfamily) JGI N/AIEA
PTHR15952Panther EXPORTIN-T/LOS1 JGI N/AIEA
PTHR15952:SF11Panther EXPORTIN-T JGI N/AIEA
PF08389PFAM Exportin 1-like protein JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.03g264400
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.03g264400 not represented in the dataset
Glyma.03g264400 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.03g264400
ParalogEvidenceComments
Glyma.19g263400 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.03g264400 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma03g42510 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.03g264400
>Glyma.03g264400.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g264400 ID=Glyma.03g264400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g264400.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g264400 ID=Glyma.03g264400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g264400.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g264400 ID=Glyma.03g264400.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g264400.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g264400 ID=Glyma.03g264400.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g264400.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g264400.2.p locus=Glyma.03g264400 ID=Glyma.03g264400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g264400.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g264400.3.p locus=Glyma.03g264400 ID=Glyma.03g264400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g264400.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g264400.6.p locus=Glyma.03g264400 ID=Glyma.03g264400.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.03g264400
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>Glyma.03g264400.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.03g264400.5 locus=Glyma.03g264400 ID=Glyma.03g264400.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g264400.6.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.03g264400.6 locus=Glyma.03g264400 ID=Glyma.03g264400.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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