Glyma.03g244500

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.03g244500): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.03g244500

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm03
Start:	44195906
stop:	44205767
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.03g244500

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT3G05090.1	AT	Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein	JGI	N/A	IEA
GO:0005515	GO-mf	protein binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005515	GO-mf	protein binding	JGI	N/A	IEA
KOG0308	KOG	Conserved WD40 repeat-containing protein	JGI	N/A	IEA
PTHR19862	Panther	FAMILY NOT NAMED	JGI	N/A	IEA
PTHR19862:SF5	Panther		JGI	N/A	IEA
PF00400	PFAM	WD domain, G-beta repeat	JGI	N/A	IEA
PF11816	PFAM	Domain of unknown function (DUF3337)	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.03g244500

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.03g244500 not represented in the dataset	Glyma.03g244500 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

Related Plant Genes

Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.03g244500

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.19g241800	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.03g244500 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma03g40440	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.03g244500

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.03g244500.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g244500.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g244500.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
CTTAATGCTAGTTTCTAGGAGCTCCTGGGATATATGGTTGGGTTAAATGGTTATACCTAACGGTAACGCCTGATGCTTTTCTATATTTATTTTAATGCTGttggcgcaatggtaaagttgcaccttggtgactggttggtcatggtttcaaatccgaaaactgcccttttgcatatgcaaggTTTCTGCAATGCACCGCGTGGGTAGTGCAAGTAATGGAAACAATTCAACTCGCCCTCGTAAGGAGAAGAGATTAACCTACGTGTTGAATGATTCTGATGACATAAAGCATTGTGCAGGCATAAATTGTCTGGCTCTACTTACGTCTGCGGCATCTGATGGGTCTGATTATCTCTTCACCGGCAGCCGTGATGGCAGGTTAAAACGATGGGCACTAGGTGTGGATAGAGCAACATGCTTGGCTACTTTTGAATCTCATGTCGATTGGGTTAATGATGCTGTTCTTGTTGGTGATAGTACACTTGTTTCTTGTTCTTCAGATACAACCCTTAAGACATGGAATGCCTTGTCCTTTGGAACCTGCACTAGGACTCTCCGGCAACACTCTGACTATGTTACTTGCCTCGCAGCAGCAGAAAAAAATAACAATATTGTTGCCTCTGGTGGCCTTGGTGGGGAGGTTTTTATATGGGATATCGAGGCTGCCCTCGCTCCAGTCTCTAAGTGTAATGATGATACAGTTGATGAATCTTCAAATGGTATCAATGGTTCTGGCAACTTACTACCATTGACATCCTTGCGTACTATTAACTCAAGCGACAATATGTCCATGCACACCACTCAAACTCAGGGATACATTCCAATTGCTGCCAAAGGCCATAAAGATTCTGTTTATGCACTGGCTATGAATGAAAGTGGAACAATTCTTGTCTCTGGTGGCACAGAAAAGGTTGTGCGTGTCTGGGACACAAGATCAGGATCAAAGACTCTAAAGCTAAGAGGGCATACAGATAACATCAGGGCTCTGCTTCTGGATTCTAGTGGCAGATATTGTTTATCAGGATCTTCAGACTCTATGATAAGGCTTTGGGATATAGGTCAGCAGAGATGTGTGCATTCTTATGCAGTTCATACAGATTCTGTTTGGGCACTCGCCAGCACCCCAGCATTTAGTCATGTTTATAGTGGCGGGAGAGACTTTTCATTATACTTGACAGATTTGCAAACTAGAGAGAGTAGTTTGCTTTGCACAGGCGAGCACCCTATTCTTCAATTGGCTTTGCATGATGATAGCATATGGGTTGCAACAACAGACTCTTCAGTTCATAGATGGCCAGCTGAAGGATGCAACCCTCAAAAGATTTTCCTGAGAGGCAATTCTTTTTTAGCTGGAAACTTATCCTTTTCAAGAGCAAGAGTGTCACTAGAAGGATCTACTCCTGTTCCTGTATATAAAGAACCTACCTTAACTATCTTGGGTACACCTGCAATAGTACAGCATGAAGTCTTGAATAATAAGAGGCATGTGCTGACGAAGGATGTGTCTGGTTCTGTGAAGCTGTGGGAGATTACCAAAGGTGTTGTGATTGAAGATTATGGAAAGGTTTCATTTGAGGAGAAAAAGGAAGAGCTATTTGAGATGGTTAGCATTTCTGCATGGTTCACAGTGGATACCAGGCTTGGAAGCTTGTCAGTCCATTTGGACACTCCCCAATGTTTTTCAGCAGAGATGTATTCAGCTGATCTTAACATTGTAGGCAAGCCTGAAGATGATAAGGTTAATTTGGCTCGAGAAACCCTTAAAGGGCTACTGGCTCATTGGTTGAGAAAACGAAAGCAAAGAATGGGATCCCCAGCTCCAGCTAATGGAGAATTATTATCTGGAAAGGATATTTCTTCTAGAAGTAGTACCCATTCAAGAATTGAGGCTGATGGTAGTTCTGAGAATGATGCTATGGTTTATCCTCCATTTCAATTCTCAGTTACTTCCCCTCCTTCCATTATTACTGAGGGCTCTCATGGAGGTCCATGGAGAAAAAAAATTACTGATTTAGATGGAACCAAGGATGAGAAAGACTTTCCCTGGTGGTGTCTGGACTGCGTTTTGAATAATCGGTTACCTCCCAGAGAAAATACTAAATGCAGTTTCTATTTGCAACCATGTGAAGGCTCTTCAGTCCAGATCCTCACACAAGGGAAGCTAAGTGCCCCACGTATTTTAAGAATTCACAAAGTTGTTAATTATGTAATAGAGAAGATGTTGCTTGACAAACCTTTGGATAGCTTAAGTGCTGAAGGTAGTATTGCCCCTGGTCTTACTGGGTCACAGTCACAGCATCAAGCAGTTGGGGATGGATCTTTTCGATCTGGATTTCAACCATCGCAAAAGCTTAAACCTTCTATTGAAATATTGTGCAACAACCAGGTGCTGTCTCCTGAAATGAGCTTAGCCACAGTGCGAGCTTATATATGGAAGAAATCAGATGACTTGGTTCTAAATTACAGACTAGTTCAAGGCAGTTGACTACAAATTGCATATGCATCAGAGGTTTTCTTGTGATTATGTAAAAATACTTATCAACACCAATTCTTCTTGGGTTGCCTGCATTGATCGGTGGTATTATAGAAATTTGTAAATTCTGAGCCGTCATTTATCACCAAATTTAGTGACATTCTCCAAACCTGCTTGGATAGTTTTTTCTTTAGTGGAAAGCTGTTACTGTAAATTTTGAACTATATCTTGCTGGCGTGCATACTTCTGCTGGATATGGCGAAATCTTCTGCATCTGGCATGATGATGAAGGTTTTTAATTGACTCTGCTGAGAATTAGGGGGAATCATACTGGCATGGTGGGGTGTTTTTCAGGAAGCAGGTAGTTGATTTAGAGATGACAACGAAAACATTGTAAATTTAAATTGTGCGTTAAATATCTCGGCATAGAAATTATGATGTCCAGGTGCATATTTACATCATAAAATTTTGTTAATTGTTAATTGCTAATAATATTATTCTCATTTATTCAAATTAGTCATTTGACATCCAGTCATGTTTATCAGTGTATGCATATTTGAGTGTATTCAATTTGCAATTCTGAAAATTAGGCAATAAATAGGCATTATCATTACTGTGACGGTATTAATTGTAGCTATGGCATCATTTGCTTTGTAGTTTATATTTCAGATTCATTCTCAAAATGTTGTAACTGATAATCATAGCTTTTTATACTTTAATTTTATGTATTATGGAAACTGCATATGTACATAATGGATGGTACTTTTGTCATCCTGCGA

>Glyma.03g244500.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g244500.14 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.03g244500

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.03g244500.14 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g244500.14.p locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g244500.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g244500.2.p locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g244500.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g244500.3.p locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g244500.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g244500.4.p locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g244500.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g244500.5.p locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGCACCGCGTGGGTAGTGCAAGTAATGGAAACAATTCAACTCGCCCTCGTAAGGAGAAGAGATTAACCTACGTGTTGAATGATTCTGATGACATAAAGCATTGTGCAGGCATAAATTGTCTGGCTCTACTTACGTCTGCGGCATCTGATGGGTCTGATTATCTCTTCACCGGCAGCCGTGATGGCAGGTTAAAACGATGGGCACTAGGTGTGGATAGAGCAACATGCTTGGCTACTTTTGAATCTCATGTCGATTGGGTTAATGATGCTGTTCTTGTTGGTGATAGTACACTTGTTTCTTGTTCTTCAGATACAACCCTTAAGACATGGAATGCCTTGTCCTTTGGAACCTGCACTAGGACTCTCCGGCAACACTCTGACTATGTTACTTGCCTCGCAGCAGCAGAAAAAAATAACAATATTGTTGCCTCTGGTGGCCTTGGTGGGGAGGTTTTTATATGGGATATCGAGGCTGCCCTCGCTCCAGTCTCTAAGTGTAATGATGATACAGTTGATGAATCTTCAAATGGTATCAATGGTTCTGGCAACTTACTACCATTGACATCCTTGCGTACTATTAACTCAAGCGACAATATGTCCATGCACACCACTCAAACTCAGGGATACATTCCAATTGCTGCCAAAGGCCATAAAGATTCTGTTTATGCACTGGCTATGAATGAAAGTGGAACAATTCTTGTCTCTGGTGGCACAGAAAAGGTTGTGCGTGTCTGGGACACAAGATCAGGATCAAAGACTCTAAAGCTAAGAGGGCATACAGATAACATCAGGGCTCTGCTTCTGGATTCTAGTGGCAGATATTGTTTATCAGGATCTTCAGACTCTATGATAAGGCTTTGGGATATAGGTCAGCAGAGATGTGTGCATTCTTATGCAGTTCATACAGATTCTGTTTGGGCACTCGCCAGCACCCCAGCATTTAGTCATGTTTATAGTGGCGGGAGAGACTTTTCATTATACTTGACAGATTTGCAAACTAGAGAGAGTAGTTTGCTTTGCACAGGCGAGCACCCTATTCTTCAATTGGCTTTGCATGATGATAGCATATGGGTTGCAACAACAGACTCTTCAGTTCATAGATGGCCAGCTGAAGGATGCAACCCTCAAAAGATTTTCCTGAGAGGCAATTCTTTTTTAGCTGGAAACTTATCCTTTTCAAGAGCAAGAGTGTCACTAGAAGGATCTACTCCTGTTCCTGTATATAAAGAACCTACCTTAACTATCTTGGGTACACCTGCAATAGTACAGCATGAAGTCTTGAATAATAAGAGGCATGTGCTGACGAAGGATGTGTCTGGTTCTGTGAAGCTGTGGGAGATTACCAAAGGTGTTGTGATTGAAGATTATGGAAAGGTTTCATTTGAGGAGAAAAAGGAAGAGCTATTTGAGATGGTTAGCATTTCTGCATGGTTCACAGTGGATACCAGGCTTGGAAGCTTGTCAGTCCATTTGGACACTCCCCAATGTTTTTCAGCAGAGATGTATTCAGCTGATCTTAACATTGTAGGCAAGCCTGAAGATGATAAGGTTAATTTGGCTCGAGAAACCCTTAAAGGGCTACTGGCTCATTGGTTGAGAAAACGAAAGCAAAGAATGGGATCCCCAGCTCCAGCTAATGGAGAATTATTATCTGGAAAGGATATTTCTTCTAGAAGTAGTACCCATTCAAGAATTGAGGCTGATGGTAGTTCTGAGAATGATGCTATGGTTTATCCTCCATTTCAATTCTCAGTTACTTCCCCTCCTTCCATTATTACTGAGGGCTCTCATGGAGGTCCATGGAGAAAAAAAATTACTGATTTAGATGGAACCAAGGATGAGAAAGACTTTCCCTGGTGGTGTCTGGACTGCGTTTTGAATAATCGGTTACCTCCCAGAGAAAATACTAAATGCAGTTTCTATTTGCAACCATGTGAAGGCTCTTCAGTCCAGATCCTCACACAAGGGAAGCTAAGTGCCCCACGTATTTTAAGAATTCACAAAGTTGTTAATTATGTAATAGAGAAGATGTTGCTTGACAAACCTTTGGATAGCTTAAGTGCTGAAGGTAGTATTGCCCCTGGTCTTACTGGGTCACAGTCACAGCATCAAGCAGTTGGGGATGGATCTTTTCGATCTGGATTTCAACCATCGCAAAAGCTTAAACCTTCTATTGAAATATTGTGCAACAACCAGGTGCTGTCTCCTGAAATGAGCTTAGCCACAGTGCGAGCTTATATATGGAAGAAATCAGATGACTTGGTTCTAAATTACAGACTAGTTCAAGGCAGTTGA

>Glyma.03g244500.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g244500.6.p locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g244500.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g244500.7.p locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g244500.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g244500.8.p locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g244500.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g244500.9.p locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.03g244500

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.03g244500.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.03g244500.1 locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g244500.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.03g244500.10 locus=Glyma.03g244500 ID=Glyma.03g244500.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain