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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.03g243400): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1025

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.03g243400

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm03
Start:44101016
stop:44114662
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.03g243400
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G05040.1AT ARM repeat superfamily protein JGI N/AIEA
GO:0006405GO-bp RNA export from nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0006611GO-bp protein export from nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0046825GO-bp regulation of protein export from nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005634GO-cc nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005737GO-cc cytoplasm EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0042565GO-cc RNA nuclear export complex EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003723GO-mf RNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005049GO-mf nuclear export signal receptor activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005488GO-mf binding EnsemblGenomesN/AIEA
PTHR11223Panther EXPORTIN 1/5 JGI N/AIEA
PTHR11223:SF3Panther EXPORTIN-5 JGI N/AIEA
PF08389PFAM Exportin 1-like protein JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.03g243400
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.03g243400 not represented in the dataset
Glyma.03g243400 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.03g243400
ParalogEvidenceComments
Glyma.19g240700 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.03g243400 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma03g40320 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.03g243400
>Glyma.03g243400.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g243400 ID=Glyma.03g243400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
CAAAACCCAAACGAAACGAGACTTTGTGTTGACATAAAACCGAATCTCTCTCAAGTCTGAACATTAACAATAGAAGGAAAAGTGCAAGGAAATTACACAGAACAGTTGCAGTTGAAGTTAAGAATGGAGGATAGTGTTAGTAGCAGCAACATGAATGCCACCAATGTGGCGCAAGCTATACACACCGCCCTTGATTGGGCCTCTACTCCCAACGCGAGACAAAACGCCGTCGCTTTTCTCGATTCCATAAAAAACGGCGATGTACGGGTATTAGCAAACACATCATTCCTTCTGGTGAAAAAGAGCTGGTCATCTGAAATCCGGTTACATGCCTTTAAAATGCTGCAGCATTTGGTGCGCTTACGTTGGGAGGAATTAAGACCTGCAGAGCACAAGAACTTTGCAAATCTTTCTGTTGATTTGATGTCTGAGATTGCTGATCCTTGTGAAAATTGGGCTCTCAAAAGCCAGACAGCTGCCCTTGTTGCTGAGGTAGTTAGAAGAGAGGGTCTTAATTTATGGCAAGAAATGCTTCCATCTTTGGTTTCTCTATCCAGCAAGGGTCCAATAGAAGCGGAGTTGGTTGCAATGATGCTGCGGTGGCTTCCTGAAGATATTACAGTTCACAATGAAGACTTAGAAGGTGACCGGCGAAGGCTACTTTTGCGTGGGCTAACTCAATCATTGCCTGAAATTTTGCCCCTATTATACACTTTACTAGAAAGGCACTTTACAGCTGCAATGAATGAAGCTGGTAGGAAACAGATGGATATTGCCAAACAGCATGCTGCCACTGTAACAGCTACTCTAAATGCTGTGAATGCATATGCTGAGTGGGCTCCATTGTCAGATTTTGCTAAGTCTGGCATCATTCATGGTTGTGGTGTACTACTATCTGCACCGGATTTTCGTCTTCATGCTTCGGAGTTTTTCAAACTTGTCTCTCCAAGGAAGAGGCCTATTGATGCATCTGCTTCTGAATTTGACCAAGCTATGAGCAGCATCTTTCAAATATTGATGAATGTATCTAGAGAATTTTTGTATAGATCTGGTTCAGGTCCTGGGTCCATGGATGAGGGCGAATATGAATTTGCTGAATTTATATGTGAAAGTATGGTGTCGCTGGGTTCTTATAACTTGCAAAGTATTGCTGGTGATAGCACCATACTTCCACTTTACCTTGAACAGATGCTGGGATTTTTCCAACATTTCAAGTTTGGTATTCATTTTCAATCCATGCACTTCTGGCTGGTGCTAATGAGGGATTTGATGTCAAAGCCAAAAAATTCCACACATTCAGCTGCTGACAGTTCAGCTGTGAGTAGCACAGGTTCTGGAGAAGTTGAAAATGCTAAGAAAAAGACTCTAAGCTTTGTGAGTGATGATTTTTGTGGTGCAATTTTAGATACATCTTTCCCTCGCATGCTCAAGAGAGAGAAAATTCTGCATGAGACTGCCATTTCTTTAGGGGCATTAGAGTTGTGGAGTGACGATTTTGAGGGCAAGGGAACTTTCAGCCAGTATCGTTCTAGACTGTTGGAGTTGATTAGGTTTGTTTCCTTTTACAAACCCCTGATAGCTGCTACTAAAGTTTCTGAAAAAATTGATACAATCATCAAAGGTCTCTTGCTTTCATCAGCACCAACTCAGGACTTAGCTGTGATGGAAAGCATGCAGTTGGCTTTAGAGAATGTTGTAAATGCAGCTTTTGATGGATCAAATGACTTTACCAAGGCAAATGCTGAAGTTCAGTTAGCATTATGTAGAACGTTTGAAGGTTTACTTCAACAATTTATTTCCTTAAAATGGACGGAGCCTGCACTTGTTGAAGTACTTGTTCACTATTTGGATGCTATGGGCCCCTTTTTGAAGTATTTCCCAGATGCAGTTGGCAGTGTTATCAATAAATTATTTGAACTTTTAACATCTATTCCCCTTGTAATCAAGGATATGTCAATGCATAATGCACGGCATGCAAGGCTGCAGACCTGTACATCATTTATTCGGATAGCAAAAACTGCTGACAAAAGCATCTTGCCTCATATGAAGGGTATTGCTGATACAATGGGATGTTTGCAAAGGGAGGGTCGTTTGCTTCAGGGAGAGCATAATCTTTTAGGTGAAGCTTTTCTTGTTATGGCTTCTTCTGCTGGGATCCAACAGCAACAAGATGTTTTAAGGTGGTTACTAGAACCTTTGAGCATTCAGTGGACACAATCGGAGTGGCAGGATAAATATTTGTCAGGTCCACACGGTTTGGTTCAGTTGTGCTCAGATGCGCCTGTTATGTGGTCAATTTTTCATACATTGACATTCTTTGAGAGGGCACTTAAGAGGAGTGGATTGAAGAAAGCCAATTGGAATTCAGAAAACAGCTCAACACCAAACTCAACTCCTTTAAATCCAATGGCCTCTCACATATCATGGATGGTGACTCCTCTCTTGAAACTACTGCGCTGTATACATTCCCTTTGGTCTCCATCTGTAAGTCAAGCTTTACCTGGTGAGGTCAGAGCTGCAATGGTCATGGGTGATGTTGAGAGGTTCAGTCTTCTTGGAGAAGGGAACTCTAAATTACCAAAGGGTGTCACAGATGGATCTAAGGTTGACATGAATAAAGAAGGATATGCTGAACCCAATGAATCAGATATACGAAACTGGTTTAAAGGCATCAGAGACAGTGGATATAATGTATTGGGTTTGTCAACAACCGTTGGGGATTCTTTTTTCAAATATTTGGATGTGCACTCTGTTGCTGTTGCACTAATGGAGAATATACAGTCAATGGAGTTCAGGCATATAAGGCAGCTTGTTCATTCCACTTTGATTCCTTTGGTTAAAAATTGTCCTTTGGATATGTGGGAGATTTGGCTGGAAAAGCTTCTACACCCATTGTTTGTCCATGCTCAGCAGGCACTTAGCTGTTCATGGTCTAGTCTTCTACAAGATGGTAGAGCAAAGGTTCCAGATGTTCATGACATTCTTAGTGGATCAGACTTGAAAGTGGAAGTGATGGAGGAAACAATTCTGAGGGATCTCACACGTGAGATGTGTTCACTCCTCTCTGTCATTGCTTCTCCTCCCCTTAATACTGGAATCCCTTCTTTGGAACAATCTGGGCATGTTAGTCGATTAGATATGTCTTCTCTAAAAAACTTGGATACAGTTGCATCATGCTCCATGGTTGGCATGAAGGTCTGGCCCTTCCAACACTACGAATGTGTTTGGAAGCTTTTACATGGACAGACGGTGAAGCTGTGACTAAAATTTCTTCATATTGCTCTGCATTGGTAGTTCTTGCGATAGTAACAAATCACGCAGAACTCATTGAATATGTTTCTAGAGATCTTTTTACATCCATTATTAAAGGTTTAGCCCTTGAATCAAATGCAATAATCAGTGCTGATCTAGTTGGCATTTGTCGTGAAATATTTGTTTACCTTTGTGATAGACACCCAGCTCCCAGGCAGGTTTTGATGTCTCTCCCCAATATTACCACTCATGATTTAGTTGCCTTTGAGGAATCTTTAACGAAAACATTCAGTCCAAAGGAACAAAAGCAGCTTACGAGAAGCTTGTTTCAATTAGCAACTGGTAACAAATTGAAAGCACTTGCAGCACAGAAAACCGTGAATATCATTACAAATGTTTCAACAAGACCGCGCCCAGCCAATGCTCCTGAGTCCAAAGTTGATGATGGTGATGTTGTGGGGTTGGCAGCCATCATGTGATATTTGTTTTGAGCTCACGGAAGGTTTTGTGTACAGGAGTGAGCTCGTATTGAGAAGATTTTGGCTTTTCATTATTTACTAACAAAGGGTGAGAAAACATTTCCTTCCCCTTCACAACATTAACAAGCAAATTTGGTGGGAGTACAAAAATTTTATGCCCTTCCTCTTTATTCATAGCAACTTGTGAATCAGGTTTACACTATGCACAATTTACTTGATTTGCAGTATATCTCTTCAGCATAACAGAACCACACCTGGCAGTTCAGACTTTTGTATTTAGTTTTTTCCAGAATTCAAAGTCCGGCTGCGATCAGATTAAAATTTCGTTATTTTAAGTAACTTCACATATTTATTTGTTATTAGTTGAAATTCATGTAGATGTGGTAAACCCCACTAGATGTAGGATGAGATCCACTTCATTTGATGGGATCTATATACATTTCAGCAGGGTGTTTGGTTCAGAATCGTGTTAGAATATCCAATAACCTAATTTAATTTTCCGTTGAGAAATTGGTCGAATTAAAGCAATTTTATAT

>Glyma.03g243400.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g243400 ID=Glyma.03g243400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g243400.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g243400 ID=Glyma.03g243400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g243400.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g243400 ID=Glyma.03g243400.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.03g243400
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Predicted protein sequences of Glyma.03g243400
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>Glyma.03g243400.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.03g243400.3 locus=Glyma.03g243400 ID=Glyma.03g243400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g243400.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.03g243400.4 locus=Glyma.03g243400 ID=Glyma.03g243400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g243400.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.03g243400.5 locus=Glyma.03g243400 ID=Glyma.03g243400.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g243400.6.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.03g243400.6 locus=Glyma.03g243400 ID=Glyma.03g243400.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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