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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT1G02145.3 | AT | homolog of asparagine-linked glycosylation 12 | JGI | N/A | IEA |
GO:0006487 | GO-bp | protein N-linked glycosylation | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0097502 | GO-bp | mannosylation | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005783 | GO-cc | endoplasmic reticulum | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005789 | GO-cc | endoplasmic reticulum membrane | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016020 | GO-cc | membrane | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016021 | GO-cc | integral component of membrane | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0000030 | GO-mf | mannosyltransferase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016757 | GO-mf | transferase activity, transferring glycosyl groups | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016757 | GO-mf | transferase activity, transferring glycosyl groups | JGI | N/A | IEA |
KOG2516 | KOG | Protein involved in dolichol pathway for N-glycosylation (mannosyltransferase family) | JGI | N/A | IEA |
PTHR22760 | Panther | GLYCOSYLTRANSFERASE | JGI | N/A | IEA |
PF03901 | PFAM | Alg9-like mannosyltransferase family | JGI | N/A | IEA |
MANNOSYL-CHITO-DOLICHOL-BIOSYNTHESIS | SoyCyc9 | protein N-glycosylation initial phase (eukaryotic) | Plant Metabolic Network | ISS | |
GN7V-50062 | SoyCyc9-rxn | Dol-P-Man:Man7GlcNAc2-PP-Dol α-1,6-mannosyltransferase | Plant Metabolic Network | ISS |
Glyma.03g108200 not represented in the dataset |
Glyma.03g108200 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.07g119300 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma03g25680 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.03g108200.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g108200 ID=Glyma.03g108200.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.03g108200.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g108200 ID=Glyma.03g108200.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.03g108200.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g108200 ID=Glyma.03g108200.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 GGCATTCTACACCCACTCTGAAACAAACCACACAACAATGGCTTCCAGTTCCAAATCGAAGATTTTTCTACAGCGATACGGTTACGATTTTCTGTTGGGATCAATCGCTGCTGTCTACGTAATCACTGTGCCTTACACTAAGGTCGAAGAGAGTTTCAACGTTCAGGCAATGCACGATATTCTCCATCACAGGCTGAACTTAGACAATTATGATCATCTGGAATTTCCTGGGGTGGTTCCTCGAACTTTCCTCGGTGCTTTGCTTGTGTCCATAATTGCATCACCGTTTGTGTTAACTGCAAGTTTGCTGCATTTGCCAAAGTTTTATGCTCTTCTCATAGTTCGGATGGCCCTAGGGGGCATAGTACTATACACGCTAAGATTCTTTCGACATCAGATAAGGAATAAGTTTGGACATCAAGTAGAAGCCTTCTTTGTGATATTAACTGCCACTCAGTTTCATTTTCTGTTCTATTGTACCCGTCCGCTTCCCAACATTCTTGCTCTGAGCCTTGTGAATTTAGCATATGGATACTGGTTCGAGGGACGTTTTTATGCGGCTCTAAACTCTCTGATCTTTGCTACAGCTGTACTCAGATGTGACATGCTGTTACTTCTTTGCCCCATTGGGCTGCAACTTCTTTTGACAAAAAAAATTTCAGTGTGGGGTGCTCTAAAACACTGCACTGGGATGGCTCTCTTCTGCATAGGTCTAACCATATTGGTTGATTCAATTATGTGGAAAAGGTTATTGTGGCCTGAATTTGAAGTCTTTTGGTTTAACTCTGTACTAAACAAGAGCTCTGAATGGGGAACACATGCTTTCCATTGGTACTTCACCTCAGCACTTCCTCGTTCACTACTTGCTGCATATCCACTTTCACTATTTGGCCTTTTTGTAGACAGAAGGGTACGATCTTTCACTTTTCCAGTTCTTGCCTTCATTTTGCTTTATTCTAAGCTTCCCCACAAGGAGCTTCGTTTTATCATAAGTTCAGTTCCAATATTTAACTTGTCTGCTTCAATTGCTTCTAACAGAATTTACAACAATAAGAAAAAGATGATTTGGAACTTGCTTTTCCTCATTTTGTTGGGATTACTTTTAATGAGTCTTGCAGGCACCATCACAAGTTTCATGGCATCATACTGGAACTATCCTAGTGGGCATGCCTTAAAAGAATTGCATGGAATTGGCTTTCATAATGATACTGATGAACGGTGGGTGCACATTGATACATTTTCTGCCATGAATGGAATATCTCGCTTTTGTGAAAGTATTCTAAAGAAGAACAAATTAGCTTGCAAGAATTTCATCAGAGAAATTTTACTTTTCTTATAAATGAACATCCTGCGATCAATGGATTCAAGTGCCTATTTACTGAAGATGGGTTCTCAAGAGTCCGCCTGAAACCTGGCTATCCACCAATTTTACTGGTTAAAGAGCCCAAAGTGTATGTTCATGGAAATTTAGAAAACCAGAATATTTTCAGCCAAAATTGGCCTGGCTGCCCATAATGCTGTGTCTGGTATGATAGTCTATTTGAAATCATCAGGTTTGAAGGGTGTGGGTATCCTTTGCCGCCCTTTTTTCTTAGTTACCAATGAGTAAGGAGTGGGGAGGAAGTGAAAGTTGGTATTGTGACCCCTACTAACAGTCCCGTGTCTTCAGTATTAATTAGAATGTGCATATGGGTACAATAGCTTTTCTTGTAGCATTTCAAACATTGATTCTCGGATGTTGCTATGTCTGATTTTTTAATTTCATATAGAATATTCGGTTCAACAATCTGGTTTGGGATTAACTTCATTTATGCTGGAAAACTTTTTGGCTCAATTCTGGTAATTGGTGTATACTGTTTGCTAGAGCAGAATCTTCGGTTAACTGGCATGATACCTGCGCTTTCG >Glyma.03g108200.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g108200 ID=Glyma.03g108200.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.03g108200.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g108200 ID=Glyma.03g108200.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.03g108200.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g108200 ID=Glyma.03g108200.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.03g108200.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g108200 ID=Glyma.03g108200.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.03g108200.9 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g108200 ID=Glyma.03g108200.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.03g108200.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g108200.1.p locus=Glyma.03g108200 ID=Glyma.03g108200.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.03g108200.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.03g108200.1 locus=Glyma.03g108200 ID=Glyma.03g108200.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MASSSKSKIFLQRYGYDFLLGSIAAVYVITVPYTKVEESFNVQAMHDILHHRLNLDNYDHLEFPGVVPRTFLGALLVSIIASPFVLTASLLHLPKFYALLIVRMALGGIVLYTLRFFRHQIRNKFGHQVEAFFVILTATQFHFLFYCTRPLPNILALSLVNLAYGYWFEGRFYAALNSLIFATAVLRCDMLLLLCPIGLQLLLTKKISVWGALKHCTGMALFCIGLTILVDSIMWKRLLWPEFEVFWFNSVLNKSSEWGTHAFHWYFTSALPRSLLAAYPLSLFGLFVDRRVRSFTFPVLAFILLYSKLPHKELRFIISSVPIFNLSASIASNRIYNNKKKMIWNLLFLILLGLLLMSLAGTITSFMASYWNYPSGHALKELHGIGFHNDTDERWVHIDTFSAMNGISRFCESEFPWRYSKEEQISLQEFHQRNFTFLINEHPAINGFKCLFTEDGFSRVRLKPGYPPILLVKEPKVYVHGNLENQNIFSQNWPGCP* >Glyma.03g108200.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.03g108200.10 locus=Glyma.03g108200 ID=Glyma.03g108200.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||