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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.03G008500): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

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Report for Sequence Feature Glyma.03G008500

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm03
Start:822155
stop:829401
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.03G008500
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G61415.1AT SKP1-like 21 JGI N/AIEA
AT3G61415.2AT SKP1-like 21 JGI N/AIEA
GO:0006511GO-bp ubiquitin-dependent protein catabolic process EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0006511GO-bp ubiquitin-dependent protein catabolic process JGI N/AIEA
KOG1724 KOG SCF ubiquitin ligase, Skp1 component JGI N/AIEA
PTHR11165Panther SKP1 JGI N/AIEA
PTHR11165:SF5Panther JGI N/AIEA
PF01466PFAM Skp1 family, dimerisation domain JGI N/AIEA
PF03931PFAM Skp1 family, tetramerisation domain JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.03G008500
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.03G008500 not represented in the dataset
Glyma.03G008500 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.03G008500
ParalogEvidenceComments
Glyma.07g069800 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.03G008500 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.03g008500 Wm82.a4.v1ISS As supplied by JGI
Glyma03g01091 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.03G008500
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>Glyma.03g008500.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g008500 ID=Glyma.03g008500.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g008500.15 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g008500 ID=Glyma.03g008500.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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GCGAAATCTGTGCGATAATTAGGAGGTTGCAGAAACGAAAAAGTTAAACTCTTTTTCACTTCATAAATGAGCATGGGAATGCGTACGACTGATTCTGGAACTATGGTGTGATGGGATATCCTTCACCAAAAAAAAATGATTTTGTTTTCTGATTTCAATGGAAAAATAATGTTAAAAAAACTAAAAATTTAGGTTAGTGTTTTTTTTTATATAAAAAAAACAGTTGATTTATCTGCTTATTTTTGACTTTTTATTTCTTTCATTTTTGCGTGTAAATTTAAAATAATTTTAGTTGGATAATGCCAGCCAAGTAAGAATTACTCGAAGTTCAATTTATGAATGTTTTTAGCATAATACTATGAATGTTCCTGCAATAATTCAGTTAAAGATAGGTGTAGATAGCTTTTAATATTTGTTTGGTTGTCTGGAACCACACCAATAAATAAGGGTTTTCGTAGACCAGTTTTTGGTTGTAGGAGGTTGCTGTGATGATGGTTCACTAATTCCTAATGTCCGTAGAAATTAATGCTCCCTCCATTCCTATTTATAAGACCCAATTACCTAATTCATTTAGATTAAGAAAAATGGTTAATTTAATTAATAACAACAAATTTATCTTAAATTTATAACTTTTTTCAAAACTATCCTTGTCATTAATATTTTTTCTCTTCTAATTATTTGTCAATATATTCTCTCTCTTCTTTTGATTAGGGGTATTTTTAGTCTAAAAATAATTAATGAAGGAAACATTATAGATTAAGTCCTATAAAAAGAAACAAACACCATTTCAAACTTGGGTCCATTAAATAGGACCAGAAGGAGTACAATAGGTTGACTTAAAGTCTAAAACAGACAACTTAGAAAATACTTAGGAAAATTTACACAATTCTACACTATTATAAGTTTATGAATTAGGTATAGTGGACAAATATATTTTTGTACGCATTTGGTGTTGACAAACTTCGATCACTAAAGTAGAAAGTAAAGTTGGATAAAATTTACTATTTGCTTCAATTTGTTGTAGTCTTTTTCATATACAATATGCTAATGCTTGTGTTTTGGCCATGCTTAATATTGGGGTAGTATATTTTTATCTGCTCTTCATTTCTATATTGTCATCTACTGCAGTTATTGACTTCTTATCCTTAACTTTGCACCTTTCTTTTTGATTTTGAGAGGTACCAAATCATTCTTCATTCTTCTCTTTGGCAAGTTCACGCCTGTTTTACTTACTGGTTGAAATATTGTGATAGAGATTTGTGTAACATTGCAAATTCTCCCGTGGACCTTGTGGATTCGAGTAATGTTGCTCAAGTATCATCATCCTATTGCAGAAGTCCTTTGGAAGGTGGACATATTAAGTTGTTGTTTGGATTTGAAGTTTAATTTTTTAAATCAGGAATTCCTTGCACCATAAAGAAACTTCCAGTATCCCTGTATTTCTCTTTTCAAATTGTTGTCAGATGTCAGAAATTGACTTGGCAGTTATTAAACCTGAGATGATGAAGCTGTATGTCTGGCTTCAGACTTCAGATGATTCAATCCAACAAGTGGAACAAGAAATTGCAATGTTTTGCCCACTGATATGTCAAGAAATAATACAAAAAGGCATGGGATCTTCCAAGAGTTGTGCAATATGTCTTCCTCAACAAGTCAGTCCTGCCATGTTGAGCTTAATTCTTGACTATTGTCGGTTTCATCAAGTACCAGGCCGTTCAAACAAGGAACGTAAATCTTATGATGAGAAATTTGTTAGGATAGACACAGAGAGGCTTTGTGAGTTGACATCTGCTGCAGACAGCCTTCAGTTAAAACCTTTGGTGGATCTTACCAGTCGTGCACTTGCTCGAATAATTGAAGGGAAAACACCGGAGGAGATACGTGATATATTTCATTTGCCTGATGATCTTACAGAGGAAGAAAAGTTGGAGCCCTTGAGAAATATAACGGCTGACCCAAGGATCAGGCTTTTGAACCGTTTGTATGCCAAAAAGAGAAAAGAACTAAAAGAGCGTGAAAGGTTAAAGTTATATATTGTTTTGGGTTTGGCCGCACAATTTTTTTGCTTCTTCTACCAAAGCTGTCAAACACAAAATGTTGAAGTTGAGGAAGAGCATGTTGATGAACGTTCAGTTGATGACCTTTTGTCTTTTATTAATGGAAATGATGGAGATCCAAAGGGAGTTAAAACATCAAAGAATAAAAAGAAGAACCGGAGGAAAAAAGAGCAACAGAAGAGCTCTTCTTTGAAGGAGGAATCTGAACTGAACAAAAAGGAGGTAAATGGTCATGATATCAGACACCAAAGTTCTGAAGCTGAGAGAATTAGCGAGACCTTGTATTTACCCTATGCAGATGATGACACATTTTCTCCTAAGGTTGAGTTtgatgatggtgatatagatgatgagatcgatCCTGCTTTAAAGGAAAAAATTGACAGGGAAGTGGAAGATTTTGCCCGCAGATTAAATTCTGACTGGCCAGAAAGAATGCAAGAACTTTTATCTTCAGGGCAAGAACGGGAGACAATACTTTTTACTACAGATGGTTTTCTAAGGCGACATGCTTGACTGGACTTAGAATGGAATTATGGAAATGAATCCTTATCAGAGGCTTCAACAATTTTGAGATGCTGGCGGGAGCAAGAAAAGTTTTGCATGCCAGTTGTttttctttttttgcatttccattgttatattctattctttgcagttcattttTGGTGCCCAATTTTATTCCGGGGACTCTTGTACTTTAAGGTCATAAAAAAAAAAAGCTCCTAGTTTGTATGGAATATTAATCCTTTATTTTTGTGCCTTTGCAATTTTGGTTTTTTATTTGTATGGAATACATTGATTTTTTTTAAGACATTTGGTGTGGGGGTAAGGATTAATCTTCACTGCTTCACGAGTAAAATTC

>Glyma.03g008500.25 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g008500 ID=Glyma.03g008500.25.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GCGAAATCTGTGCGATAATTAGGAGGTTGCAGAAACGAAAAAGTTAAACTCTTTTTCACTTCATAAATGAGCATGGGAATGCGTACGACTGATTCTGGAACTATGGTGTGATGGGATATCCTTCACCAAAAAAAAATGATTTTGTTTTCTGATTTCAATGGAAAAATAATGTTAAAAAAACTAAAAATTTAGGTTAGTGTTTTTTTTTATATAAAAAAAACAGTTGATTTATCTGCTTATTTTTGACTTTTTATTTCTTTCATTTTTGCGTGTAAATTTAAAATAATTTTAGTTGGATAATGCCAGCCAAGTAAGAATTACTCGAAGTTCAATTTATGAATGTTTTTAGCATAATACTATGAATGTTCCTGCAATAATTCAGTTAAAGATAGGTGTAGATAGCTTTTAATATTTGTTTGGTTGTCTGGAACCACACCAATAAATAAGGGTTTTCGTAGACCAGTTTTTGGTTGTAGGAGGTTGCTGTGATGATGGTTCACTAATTCCTAATGTCCGTAGAAATTAATGCTCCCTCCATTCCTATTTATAAGACCCAATTACCTAATTCATTTAGATTAAGAAAAATGGTTAATTTAATTAATAACAACAAATTTATCTTAAATTTATAACTTTTTTCAAAACTATCCTTGTCATTAATATTTTTTCTCTTCTAATTATTTGTCAATATATTCTCTCTCTTCTTTTGATTAGGGGTATTTTTAGTCTAAAAATAATTAATGAAGGAAACATTATAGATTAAGTCCTATAAAAAGAAACAAACACCATTTCAAACTTGGGTCCATTAAATAGGACCAGAAGGAGTACAATAGGTTGACTTAAAGTCTAAAACAGACAACTTAGAAAATACTTAGGAAAATTTACACAATTCTACACTATTATAAGTTTATGAATTAGGTATAGTGGACAAATATATTTTTGTACGCATTTGGTGTTGACAAACTTCGATCACTAAAGTAGAAAGTAAAGTTGGATAAAATTTACTATTTGCTTCAATTTGTTGTAGTCTTTTTCATATACAATATGCTAATGCTTGTGTTTTGGCCATGCTTAATATTGGGGTAGTATATTTTTATCTGCTCTTCATTTCTATATTGTCATCTACTGCAGTTATTGACTTCTTATCCTTAACTTTGCACCTTTCTTTTTGATTTTGAGAGGTACCAAATCATTCTTCATTCTTCTCTTTGGCAAGTTCACGCCTGTTTTACTTACTGGTTGAAATATTGTGATAGAGATTTGTGTAACATTGCAAATTCTCCCGTGGACCTTGTGGATTCGAGTAATGTTGCTCAAGTATCATCATCCTATTGCAGAAGTCCTTTGGAAGGTGGACATATTAAGTTGTTGTTTGGATTTGAAGTTTAATTTTTTAAATCAGGAATTCCTTGCACCATAAAGAAACTTCCAGTATCCCTGTATTTCTCTTTTCAAATTGTTGTCAGATGTCAGAAATTGACTTGGCAGTTATTAAACCTGAGATGATGAAGCTGTATGTCTGGCTTCAGACTTCAGATGATTCAATCCAACAAGTGGAACAAGAAATTGCAATGTTTTGCCCACTGATATGTCAAGAAATAATACAAAAAGGCATGGGATCTTCCAAGAGTTGTGCAATATGTCTTCCTCAACAAGTCAGTCCTGCCATGTTGAGCTTAATTCTTGACTATTGTCGGTTTCATCAAGTACCAGGCCGTTCAAACAAGGAACGTAAATCTTATGATGAGAAATTTGTTAGGATAGACACAGAGAGGCTTTGTGAGTTGACATCTGCTGCAGACAGCCTTCAGTTAAAACCTTTGGTGGATCTTACCAGTCGTGCACTTGCTCGAATAATTGAAGGGAAAACACCGGAGGAGATACGTGATATATTTCATTTGCCTGATGATCTTACAGAGGAAGAAAAGTTGGAGCCCTTGAGAAATATAACGGCTGACCCAAGGATCAGGCTTTTGAACCGTTTGTATGCCAAAAAGAGAAAAGAACTAAAAGAGCGTGAAAGGTTAAAGTTATATATTGTTTTGGGTTTGGCCGCACAATTTTTTTGCTTCTTCTACCAAAGCTGTCAAACACAAGTAAGCATCTCATCCGTTGCTTCTATTCCAAAGATGCACCACCAACCATTGACAAAACTGAATGTTGAAGTTGAGGAAGAGCATGTTGATGAACGTTCAGTTGATGACCTTTTGTCTTTTATTAATGGAAATGATGGAGATCCAAAGGGAGTTAAAACATCAAAGAATAAAAAGAAGAACCGGAGGAAAAAAGAGCAACAGAAGAGCTCTTCTTTGAAGGAGGAATCTGAACTGAACAAAAAGGAGGTAAATGGTCATGATATCAGACACCAAAGTTCTGAAGCTGAGAGAATTAGCGAGACCTTGTATTTACCCTATGCAGATGATGACACATTTTCTCCTAAGGTTGAGTTtgatgatggtgatatagatgatgagatcgatCCTGCTTTAAAGGAAAAAATTGACAGGGAAGTGGAAGATTTTGCCCGCAGATTAAATTCTGACTGGCCAGAAAGAATGCAAGAACTTTTATCTTCAGGGCAAGAACGGGAGACAATACTTTTTACTACAGATGGTTTTCTAAGGCGACATGCTTGACTGGACTTAGAATGGAATTATGGAAATGAATCCTTATCAGAGGCTTCAACAATTTTGAGATGCTGGCGGGAGCAAGAAAAGTTTTGCATGCCAGTTGTttttctttttttgcatttccattgttatattctattctttgcagttcattttTGGTGCCCAATTTTATTCCGGGGACTCTTGTACTTTAAGGTCATAAAAAAAAAAAGCTCCTAGTTTGTATGGAATATTAATCCTTTATTTTTGTGCCTTTGCAATTTTGGTTTTTTATTTGTATGGAATACATTGATTTTTTTTAAGACATTTGGTGTGGGGGTAAGGATTAATCTTCACTGCTTCACGAGTAAAATTC

>Glyma.03g008500.26 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g008500 ID=Glyma.03g008500.26.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g008500.27 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g008500 ID=Glyma.03g008500.27.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g008500.28 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g008500 ID=Glyma.03g008500.28.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.03g008500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.03g008500 ID=Glyma.03g008500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.03G008500
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>Glyma.03g008500.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.03g008500.3.p locus=Glyma.03g008500 ID=Glyma.03g008500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.03G008500
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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