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Report for Sequence Feature Glyma.02g198100

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm02
Start:37822545
stop:37837514
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.02g198100
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G28430.1AT JGI N/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016021GO-cc integral component of membrane EnsemblGenomesN/AIEA
KOG2219 KOG Uncharacterized conserved protein JGI N/AIEA
PTHR21481Panther UNCHARACTERIZED JGI N/AIEA
PF09758PFAM Uncharacterised conserved protein JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.02g198100
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.02g198100 not represented in the dataset
Glyma.02g198100 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.02g198100
ParalogEvidenceComments
Glyma.10g078700 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.02g198100 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma02g35711 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.02g198100
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>Glyma.02g198100.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g198100 ID=Glyma.02g198100.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g198100.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g198100 ID=Glyma.02g198100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g198100.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g198100 ID=Glyma.02g198100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g198100.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g198100 ID=Glyma.02g198100.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.02g198100
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>Glyma.02g198100.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g198100.9.p locus=Glyma.02g198100 ID=Glyma.02g198100.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.02g198100
>Glyma.02g198100.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g198100.1 locus=Glyma.02g198100 ID=Glyma.02g198100.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g198100.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g198100.10 locus=Glyma.02g198100 ID=Glyma.02g198100.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g198100.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g198100.11 locus=Glyma.02g198100 ID=Glyma.02g198100.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g198100.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g198100.2 locus=Glyma.02g198100 ID=Glyma.02g198100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g198100.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g198100.3 locus=Glyma.02g198100 ID=Glyma.02g198100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g198100.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g198100.4 locus=Glyma.02g198100 ID=Glyma.02g198100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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